问题标签 [zcat]

我有许多 GB+ 大小的 gz 档案，由于磁盘空间的原因，我无法解压缩。每个档案都有一个特定的标识号（例如 test365.gz）和如下结构：

###### 定义块之间的行数是可变的。

我有一个 ZINC 实体 + 目标档案的标识符列表：

目前我做：

我得到：

哪个工作正常。如果 ZINC000077407100 有 N 个块，我会在 zcat 上提取 N 个块，并且不介意以 ##### 开头的行。

问题是我需要为 N 个标识符 / ZINC_NUMBER 读取存档 N 次我想要的信息。由于我有数千个提取物，因此需要很长时间。

所以我想找到一种方法来传递一个数组或标识符列表/ZINC_NUMBER，以根据数组/列表中的标识符将zcat读取输出到几个不同的文件。

换句话说，我想使用 zcat 进行单次读取，并为一组标识符提取数据，而不仅仅是一个。

谢谢你的帮助！

我正在使用 zcat 命令并通过管道操作流式传输 .tar.gz 文件。我想在 zcat 读取文件时跳过第一行。这怎么可能？

在我的根 crontab ( sudo crontab -e) 中，我有这个工作来生成 Go Access 日志报告：

它工作得很好。我也有这份工作来生成跨越多天的报告：

Cron 说它运行，但它实际上似乎并没有运行。我环顾四周并尝试了很多事情（包括遵循此处的列表 - https://stackoverflow.com/a/22744360/3761310），但仍然无法运行这项工作。如果我自己运行命令，它会按预期生成文件。我还尝试了管道之前的部分，输出到一个 txt 文件中并且有效。所以我怀疑这是与 Go Access 的一些交互。

当我启用 cron 日志记录时，这就是该作业运行时的内容：

任何指针？谢谢！

我使用了以下这些命令的指南：

我用echo "accession\taccession.version\ttaxid\tgi" > reference_proteomes.taxid_map&zcat *.idmapping.gz | grep "NCBI_TaxID" | awk '{print $1 "\t" $1 "\t" $3 "\t" 0}' >> reference_proteomes.taxid_map

但我收到参数列表太长的消息：/usr/bin/zcat: Argument list too long

所以我在这个中尝试了 xargs：find /Volumes/My\ Passport\ for\ Mac/uniprot | xargs zcat *.idmapping.gz | grep "NCBI_TaxID" | awk '{print $1 "\t" $1 "\t" $3 "\t" 0}' >> reference_proteomes.taxid_map 但仍然收到长列表参数消息-bash: /usr/bin/xargs: Argument list too long，有什么建议吗？

在线OQMD数据库可以在这里找到：http ://www.oqmd.org/download/ ，我不知道如何查看数据库里面的资料。

我试过这个命令行

但是什么都没有出来。

如何从 OQMD 数据库中读取数据，有没有办法将其转换为 ase db？

像这样的问题在这里被问过，但从未回答过。

我需要将 fastq 文件作为选项传递给不接受 gzip 输入的工具。除了解压缩它们之外真的没有其他选择吗？

当我通过 gzip 压缩版本时它失败了：

出于绝望，我已经尝试过（显然不起作用）：

我不能直接通过管道传输它，但是有没有比我在下面确定的更简单/更直接的方法？

它很慢，而且对于大量文件来说似乎是很多不必要的麻烦。我不是最擅长编码的人，而且总是学习新技巧。

谢谢！

我正在尝试paste <(zcat f1.gz) <(zcat f2.gz)使用子进程运行。这是我到目前为止所做的：

但我不确定如何为 ps3 提供 ps1.stdout 和 ps2.stdout 作为输入。如果你们能帮助我并让我知道我是否走在正确的轨道上，我将不胜感激。