像这样的问题在这里被问过,但从未回答过。
我需要将 fastq 文件作为选项传递给不接受 gzip 输入的工具。除了解压缩它们之外真的没有其他选择吗?
当我通过 gzip 压缩版本时它失败了:
mytool -s sample.fastq.gz -f fastq -o output
出于绝望,我已经尝试过(显然不起作用):
mytool -s <(zcat | sample.fastq.gz) -f fastq -o output
我不能直接通过管道传输它,但是有没有比我在下面确定的更简单/更直接的方法?
zcat sample.fastq.gz > sample.fastq
mytool -s sample.fastq -f fastq -o output
rm sample.fastq
它很慢,而且对于大量文件来说似乎是很多不必要的麻烦。我不是最擅长编码的人,而且总是学习新技巧。
谢谢!