问题标签 [vignette]

我对 R 知之甚少，目前正在尝试运行预先编写的 R 脚本。

我的关键问题是其中一个库（lme4 - 线性混合效果库）似乎没有安装。

该脚本以以下依赖项开头 -

输出如下，最后出现错误。

我尝试查找与它相关的任何内容match.arg以及它可能在哪里设置选项，"verbatim", "tex", "hide"但没有运气。

关于可能是错误来源的任何想法？

谢谢！

我正在创建一个 R 包，并在我的数据文件夹中有一个 graph.rda 文件。

在 .rmd 小插图文件的 RStudio 中，我读取了以下数据：

但是当我“编织 HTML”.rmd 小插图文件时，我在上面的两行中收到错误消息：

我曾尝试研究解决方案并尝试了一些建议（如添加库（knitr）），但无济于事。

任何意见是极大的赞赏！

我试图创建一个类似的 r 包小插图，就像我在 DESeq2 ( http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/DESeq2/inst/doc/DESeq2.pdf ) 中看到的那样。我喜欢目录以及它与小插图其余部分之间的链接、页数等。它看起来整洁而专业。

我已经看到了有关 knitrBootstrap ( https://github.com/jimhester/knitrBootstrap ) 和 buildVignettes 的信息（我无法发布链接 - 第三个问题 - 作为 Stackoverflow 的新成员 - 抱歉！）但我没有不认为他们是我正在寻找的。

是否可以为我自己的包轻松定制 DESeq2 小插图的示例格式？任何建议表示赞赏！

我已经为我的一个包写了一个小插图形式的教程。

它工作正常，但它只创建小插图的 html 版本。有没有办法可以同时创建我的小插图的 html 和 pdf 版本？

我试图在我的 .Rmd 文件的输出字段中附加 rmarkdown::pdf ，但它没有用。

我的公司从旧的 CMS 合并到新的 CMS 中，最终按逻辑顺序构建了网站。我现在需要找到大约 500 个页面，现在是 404 个页面才能找到新页面并将该信息插入重定向文件中。这 500 页将作为来自旧网站的列表提供给我，我必须从中找到该内容的新网站版本。

当然，没有一个 URL 匹配（旧的带有 ID，新的带有友好的 URL）。但是对于绝大多数人来说，内容是相同的。请注意，我可以访问旧站点的暂存版本，而新站点是实时的并且被很好地引用。

知道了这一点，我想知道是否有人可以告诉我一些技巧来自动化或至少减轻手动抓取两个站点以查找相关版本的“痛苦”。

非常感谢

我通过 ssh 连接到我的工作计算机（Linux Mint OS）。我正在尝试使用一个包，但我需要阅读文档。文档可通过 browseVignettes("package_name") 获得。但是，由于我是通过 ssh 连接的，因此无法打开 pdf 文件。如何将 pdf 下载到本地机器或通过 ssh 阅读？包名称是 CODEX。

编辑：我在 Mac OS

R 包使用私有用户名和密码与商业数据库通信以建立连接。在 package_vignette.Rmd 文件中有一段代码：

我无权向 CRAN 提供实际的用户名和密码，因此我无法在包中提供真正的“connection.config”文件。因此，当然，此代码片段会在 CRAN 检查期间导致错误。

我知道两种绕过 CRAN 检查的方法：

1. 使用 knitr 选项：eval = FALSE.

2. 在 R.rsp包的帮助下制作静态小插图。

第一种方法太耗时了，因为有很多块，我经常重写/重建小插图。第二种方式对我来说更好。但是可能有更好的模式如何支持这样的小插曲？例如，在包的测试中，我testthat::skip_on_cran()用来避免 CRAN 检查。

我花了一些时间为 R 包制作了一个内容丰富的小插曲：

https://github.com/Robinlovelace/stplanr/blob/master/vignettes/introducing-stplanr.Rmd

它在所有测试中都能正常编译，但在我下载时没有出现。

测试：

任何想法是什么导致了这种奇怪的行为？确定它曾经工作过。

我的包有一个小插图，当使用Rscript -e 'rmarkdown::render("tmod.rmd")'. 但是，当我编译和安装包时，启动 R 并键入vignette("mypackagename")，会打开一个浏览器窗口，其中包含难看的 HTML、没有标题、没有目录和没有引用。

但是，如果我在创建包之前手动将小插图编译为 pdf，它会显示得很好。

什么地方出了错？为什么我编译包时我的 PDF 没有自动生成？

在降价文件头中，我有

在包说明文件中，我有

我正在准备一个要提交给CRAN的包。我使用R CMD build myPackagethen R CMD check myPackage --as-cran，它通过了所有检查，没有任何注释或警告。但是，每次我尝试提交时，我都会从 CRAN 维护人员那里收到以下错误消息：

包有一个 VignetteBuilder 字段，但没有预建的小插图索引。

首先，我希望能够在我自己的系统（R version 3.0.1）上重现上述错误消息。

小插图.Rnw文件如下所示：

我尝试INDEX在根目录中添加一个文件，其中包含这样的小插图条目：

同样，这通过了，R CMD check myPackage --as-cran但我收到了相同的错误消息。

我也试图R CMD build myPackage --md5强制创建MD5文件，但无济于事。

当我查看时，myPackage.Rcheck/00_pkg_src/myPackage/inst/doc我发现了小插图文件，.Rnw并且.pdf符合预期。

包DESCRIPTION文件具有以下条目：

当我查看时，myPackage.Rcheck/myPackage/Meta我看到一个条目vignette.rds。然而，这似乎是一个二进制文件，所以我无法理解它。

这是来自“编写 R 扩展”：

在安装时，包中所有小插曲的 HTML 索引会自动从 \VignetteIndexEntry 语句创建，除非目录“inst/doc”中存在文件“index.html”。该索引链接自该包的 HTML 帮助索引。如果您确实提供了“inst/doc/index.html”文件，它应该只包含指向已安装“doc”目录下文件的相对链接，或者可能（不是真正的索引）指向 HTML 帮助文件或“DESCRIPTION”文件的相对链接.

那么我是否需要手动创建index.html，任何人都可以指出一个应该是什么样子的例子吗？

这个问题似乎密切相关，但我（故意）没有.Rbuildignore文件。这也是相关的，尽管我不devtools用于创建包。我也看过这个问题，但没有看到一个简单的答案。

7 月 1 日更新

对于可重现的示例，该包可在 github 上找到。下载和安装（例如 withdevtools::install_github()应该允许重现此错误。