问题标签 [vegdist]

我正在尝试在 R 中使用 vegan 包在一个数据集上执行 NMDS，该数据集将图作为列，物种计数作为列。我的数据采用文本文件格式（制表符分隔）并包含大量“0”物种计数。但是，当我尝试创建距离矩阵时，我收到以下错误消息：

警告消息： 1：在 vegdist(data1, method = "bray") 中：您有空行：它们的不同之处在方法“bray”中可能毫无意义 2：在 vegdist(data1, method = "bray") 中：结果中缺少值

这使我无法执行 NMDS：

if (any(dist < -sqrt(.Machine$double.eps))) 中的错误警告（“一些差异是负面的——这是故意的吗？”）：需要 TRUE/FALSE 的缺失值另外：警告消息：1 ：在 distfun(comm, method = distance, ...) 中：您有空行：它们的不同之处在方法“bray”中可能毫无意义 2：在 distfun(comm, method = distance, ...) 中：结果中缺少值

我怎样才能解决这个问题？

谢谢您的回答！

我一直在对我在不同采样点拥有丰富物种的数据集进行一些排序。我正在使用metaMDS()素食主义者来做到这一点。使用此功能，您可以：

1. 直接输入社区数据（行中的站点和列中的物种）并指定您希望它使用的距离类型（即 jaccard、brays curtis、euclidean 等）以及vegdist()执行此操作的函数调用。

另一方面，您可以

2. 给出metaMDS您已经创建的距离矩阵，可能使用vegdist()（与函数分开metaMDS()）。

我感到困惑的是，如果我执行第一个策略，我会得到一个答案，而当我执行第二个策略时（然后将该距离矩阵放入metaMDS()函数中），我会得到一个完全不同的答案（非常不同的应力值，不同的排序坐标） . 当我调用在第一个策略中创建的距离矩阵时，距离与我从vegdist()函数中得到的完全不同。我顺便读到，研究其他东西，当metaMDS()调用该vegdist()函数时，它正在寻找多维空间中的距离，而仅使用vegdist()是在一维空间中。

本质上我要问的是如何metaMDS()调用和计算距离vegdist()（它是在多维空间中进行的吗？），这与简单地使用vegdist()自身有何不同？希望在理解这些差异时，我可以辨别出哪种方法对我的数据集来说是最好和最合适的。

我想通过使用以下代码来计算 IN R 中的不同矩阵。

软件R放了以下答案

我进入我的数据框搜索我是否有空行，但情况并非如此我该怎么办？

我正在尝试使用二进制数据进行层次聚类分析，对于距离矩阵，我应用了vegdist()vegan 包中的函数：

接下来，我使用了函数 hclust 但我不确定是否应该使用由以下生成的相异矩阵vegdist()：

或尝试这样的事情（如我所见）：

因为该函数hclust()需要“由 dist 产生的不同结构”。但另一方面，vegan 包说“应该提供一个替代 dist 并返回相同类型的距离对象”和“该函数是 dist 的替代品”。申请对我来说没有多大意义，dist(dist.jac)但我已经看到这样做了，所以如果有人能向我解释我应该使用哪一个，我将非常感激！

我正在使用 vegan Mantel 和部分 Mantel 测试来推断这两个矩阵之间的相关性。由于我的距离范围从 0 到 400 公里，我想将这些矩阵分成两组：

1. Mantel 比较 A 和 B 从 0 到 114 公里（莫兰 I 自相关的阈值）；
2. Mantel 比较 A 和 B 从 >114 到 400 公里。

提前致谢！

这是我正在使用的代码：

我在 R 中使用 Complexheatmap 函数（或“热图”），想知道是否有办法使用 Bray-Curtis 方法计算列/行距离（使用 ward.D2 聚类方法），因为它不是受支持的方法在复杂热图中。不幸的是，我需要使用这个函数而不是 heatmap.2 和 pheatmap。

这是一些虚构的鱼类数量数据（我的实际数据有 47 个站点（行）和 32 个季节，但我不确定如何在这里重新创建）：