问题标签 [unmarked-package]
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r - R 不会运行模型，因为它坚持数据不是 UnmarkedFrame Occu 主题
我正在尝试使用unmarkedFrameOccuMulti. 我已经成功地制作了 UMF，甚至得到了检测的基本图，但是当我尝试运行单个模型时，我收到了错误消息；
Error in occu(~1, ~Vill_Dist, umf) : Data is not an unmarkedFrameOccu object.
我已经确保 csv 具有相同的行数等。我有点迷惑了，因为我在网上找不到很多东西，而且 UMF 本身运行得很好，只是 R 似乎无法分离它的各个方面?
S <- 2 # number of species
M <- 354 #number of sites- 即具有实际数据的站点数量（#ie 不是 NAs/已采集的样带 - 一些样带进行了 14 次，其他仅 2 次） J <- 9.07 #每个样带的平均访问次数
所以上面是我在 unmarkedoccumulti 的 R 帮助中遵循的代码。数字的排序基于 rbinom 函数。即 0.033% 的被调查地点发现了狼。
obscov <- read.csv("grazcov2.csv")
错误消息是 ObsCovData 需要 M*obsNum of rows
m1 <- occu(~1, ~Vill_Dist, umf)- 这是不起作用的代码 - Vill_Dist 是 csv 中的协变量之一 - 拼写正确/相同等。
我被期望生成一个模型，该模型将根据协变量预测豹/狼的出现。
当我写这篇文章时，我对可能出现的问题有了一个想法。我以前无法让模型工作，因为我以 csv 格式输入检测数据，而不是使用简单的二项式函数。仅仅是 R 不能混合 csv/导入的数据和二项式数据吗？
r - 测试 R 中占用模型的协变量的多重共线性
我正在尝试在 R 的占用模型中测试我的协变量之间的多重共线性。我正在使用unmarked这些占用模型的包。我曾尝试使用 VIF，但此软件包似乎不支持它。
有谁知道我如何测试入住模型的多重共线性？
我有 26 个协变量，所以知道我是否可以消除其中的一些会很有帮助。
下面是我的 umf：
谢谢！
r - R 未标记的错误：obsCovData 没有 M*obsNum 行
我对 R 相当陌生，并试图为我的物种（Lepilemur）模拟入住概率。我有 21 个站点、2 个站点协变量和 3 个观察协变量。我的代码如下：
但是，当我运行最后一行代码时，我收到以下错误：validObject(.Object) 中的错误：无效类“unmarkedFrame”对象：obsCovData 没有 M*obsNum 行
在我的全球环境中，它说我有 3 个变量的 21 个观察值。
您可以为我提供的任何帮助将不胜感激。
谢谢，
巴菲
r - 如何让 R 以分类而不是连续的方式读取数据（对于 S4 模型）
我正在运行一个未标记的占用模型，并且我的协变量之一是受保护状态。这个协变量有 3 个级别 0、1 和 2。我需要对协变量和入住率的影响进行模型平均估计。目前，R 正在将协变量读取为连续变量而不是分类变量，因此我需要调整我的代码。不幸的是，我可以在 R 上找到的所有用于使数据分类而不是连续的方法都适用于“S3 模型”，这是一个“S4 模型”。我还尝试告诉 R 数据是一个因素，如下面的代码所示。
但是当我尝试进行模型平均估计时，我收到了错误消息
数据是标记为“TN1”“TN2”“TN3”等的 111 个站点，尽管在形成占用框架之前已将其删除，因此与此无关。我想问题是有多个站点具有相同的受保护状态，因此具有相同的“因子值”，但我不知道如何解决这个问题。
r - 使用 sjPlot::tab_model 时出错；错误：$ 运算符对原子向量无效；使用未标记的 pcount() 函数时
早上好，
我正在使用未标记包中的 pcount() 函数对丰度进行建模，并在尝试创建表以汇总估计值、aics 等时收到错误“$ 运算符对原子向量无效”。我已阅读以前的一些帖子并已更新洞察力和 sjPlot 都使用 github 函数。我想知道是否有人可以提供帮助。
也欢迎使用此模型类型的任何其他包/功能。
在此先感谢，泰
r - 错误：采用变量子集的索引超出范围
我对 JAGS 比较陌生。我的数据包括 15 周内 5 个流的幼虫计数（两个观察/周和流）。为此，我使用一个包含 150 行、2 列和 15 个条目 (y) 的数组。我的目标是在一个开放的 N 混合模型的帮助下估计每周的欧米茄。我也尝试使用未标记的包，但无法弄清楚这将如何与 pcountopen() 一起使用。
这给了我以下错误： jags.model 中的错误（file = model.file, data = data, inits = inits, n.chains = n.chains, : RUNTIME ERROR: Compilation error on line 12. Index out of rangetaking欧米茄的子集
谢谢你的帮助！
r - R未标记的动态模型 - 对比错误
如果没有正确完成，第一次向我发布如此赤裸裸的问题。当运行季节相关的殖民和灭绝以及未标记的完全时间相关的模型时，我收到“对比”消息中的错误。我已经用以前的数据集运行了一个非常相似的脚本并且它有效，我的变量都没有少于两个因素，所以我很茫然。参见示例：
输入（站点协变量）
输入（HistDet）
#season 依赖殖民和灭绝
#完全依赖时间
我会很感激任何建议。
r - 为什么在进行参数引导拟合优度测试时我不能做超过 nsim=99 的事情？
这是我的拟合优度测试：
我可以做到 nsim=99，然后我尝试 nsim=100，结果如下：
我想知道这是否是未标记包中的错误？
r - 预测物种密度的连续变量
我正在使用 unmarked 对一个物种进行距离抽样分析。我想使用连续变量来预测某些协变量将如何影响物种的密度，例如，回归到我研究区域内所有道路的距离或植被覆盖 (NDVI) 对物种密度的影响物种密度。我一直在关注的示例是使用分类变量来确定每个协变量水平（在本例中为每个栖息地类型）的物种预测值，如下所示，我想知道是否有人可以建议我如何使用连续数据来做到这一点？或者我最好将我的连续数据转换为分类数据，例如 0-10m、10-20m 等？
r - 匹配栅格在 foreach 循环中不起作用
我正在研究涵盖整个怀俄明州的栖息地占用率预测。某些站点协变量栅格在预测中起作用，而其他具有匹配分辨率、范围等的栅格则不起作用。
下面是我的代码的一个简短的可复制示例。经过广泛的故障排除后，我发现我需要使用 5 个栅格中的 3 个栅格，导致该脚本失败，所有栅格都出现相同的错误。我假设我的栅格以某种方式损坏（？）但想看看是否有人对可能发生的事情有其他想法。
数据在这个链接。数据是未标记的对象（另存为 .rds）和 2 个非常小的剪辑：1. 工作的栅格和 2. 不起作用的栅格之一