问题标签 [tsne]

我有 67382 行数据的 pandas DataFrame。其中目标 - 时间戳中的日期时间。

我创建了用于绘图、计算 T-sne 的代码，并在下面的代码中显示了 T-sne 点：

但是，可以将列的标签映射到点（确定哪个点到哪个列）和图例，如下图所示？例如：

其中，人口 A - TDS7，人口 B - TDS8，人口 C - TDS9。

我正在使用 TSNE 绘制经过训练的 word2vec 模型（从 gensim 创建）：

就像内置的 gensim 方法“most_similar”一样，每个 ex。

将输出 20 个与“单词”最相似的单词，我只想绘制给定单词中最相似的单词 (n=20)。关于如何修改情节以做到这一点的任何建议？

我一直在使用 DBSCAN 处理我的数据的 t-SNE。然后我将获得的值分配给原始数据框，然后用 seaborn 散点图绘制它。这是代码：

这是图像的显示方式：

我已经看到人们计算集群的大小（单元格数量、百分比等）并进行其他我没有找到任何类型代码的分析后工作。现在有没有人可以例如圈出确切的集群，显示其中的单元格数量等等......我有几个这样的图表，它真的会帮助我让他们的结果看起来更容易理解。

运行此模块时发生错误，clustimage。错误是指“embedding='tsne'”时的“embedding”设置。如果我在“embedding='none'”时运行代码，它工作正常。值得关注的是，嵌入对于视觉目的非常实用，应该使用。任何想法为什么会发生此错误以及如何解决它？

clustimage 资源链接： https ://erdogant.github.io/clustimage/pages/html/Abstract.html

集群图像模块

_t_sne.py 代码

错误

所以，我有一个训练有素的 ML 模型，它以 7 个变量作为输入（每个变量的范围从 -1 到 1）并输出一个图像。我生成了 100 张这样的图像，并根据它们的视觉相似性将它们分成 10 个簇。使用降维，我将生成如下图所示的图形。我希望用户能够将鼠标移动到图形上，并根据鼠标悬停的点，在屏幕上显示不同的设计或设计集群。所以，我的第一个问题是：我不确定如何让图形像这样交互。 此外，我希望图表右侧有 7 个滑块，它们代表 7 个不同的变量（同样，每个图像都由这 7 个变量的不同组合表示）。当用户将鼠标悬停在某个点上时，我希望滑块调整并反映代表该点/图像的 7 个变量。我的第二个问题是：我该如何实现这些滑块？

如果有人至少可以向我指出与这些问题相关的一些在线资源，那就太好了——我只知道基本的 python，所以不确定我应该寻找什么来编码/实现这两个交互元素。

尝试使用 openTSNE 是因为它能够将嵌入转换为现有的嵌入空间。

我正在尝试保存适合/训练过的嵌入对象，以便以后可以使用它，但总是在酸洗时出错。

这是我想要实现的示例，我总是得到 PermissionError: WinError 32 The process cannot access the file because it is being used by another process: ...\AppData\Local\Temp\tmp703si9k_\tmp.ann'

还是我做错了什么？我也在尝试将我的嵌入保存为 numpy 数组并使用 numpy 数组作为 embeddigns 重新初始化 openTSNE.TSNEEmbedding 类对象，但是我将需要一个相似对象以及我也无法腌制的对象。问题是什么？或者什么是解决这个问题的最佳解决方案？

我编写了一个 R 脚本，它从 fcs 文件导入数据，通过 FlowSOM 执行聚类，我想检查它并在 t-SNE 上可视化我的数据。它适用于少量数据，但是当我尝试处理大量数据（大约 4000 个单元格）时，它会在达到 310 000 个单元格时崩溃而没有任何错误消息。

data_Rtsne 是一个 4000000*10 的矩阵。

使用较小的数据集（大约 500 000 个单元格），它可以毫无问题地工作。所以应该是内存限制问题。

有人可以向我解释为什么我没有来自 R 的任何错误消息（它关闭，仅此而已）以及为什么我在 Windows 的任务管理器上看不到 RAM 饱和？

提前感谢您的帮助！

编辑：好的，我再次尝试使用较小的数据集（大约 500 000 个单元格），它可以正常工作。所以应该是内存限制问题。有人可以向我解释为什么我没有来自 R 的任何错误消息（它关闭，仅此而已）以及为什么我在 Windows 的任务管理器上看不到 RAM 饱和？

我有 7 个数据集，每个数据集都有两种类型的数据框：元数据，包含一个超级重要的列，显示谁是响应者，谁不是响应者，以及一个关于细胞类型的数据框。

使用 dput的示例：这是来自其中一个数据集的示例。第一个数据帧是细胞数据帧，第二个是元数据，其中包含有关药物益处（响应/无响应）的信息：

这些数据集是关于癌症治疗的。中的列cells1是样本，行是单元格类型。这是所有 7 个数据集中的方式。所有的行都完全相同，而样本不同（因此在每个数据集中都有不同数量的样本）。其中一些样本是响应者，有些是非响应者。

元数据：

目标：加入单元格数据框（我使用 cbind 完成），现在在我有一个包含 1000 多列且只有 38 行的大数据框后，我需要构建两个t-SNE 图，一个是按数据集（cells1）为样本着色, cells2, cells6 ...) ，第二个是通过响应（响应/无响应）对样本进行着色。

我的代码：我尝试按数据集着色，我认为示例名称列表是个好主意，但被困在那里：

如果需要任何其他信息，请告诉我