问题标签 [ruffus]

我正在使用 ruffus 编写管道。我有一个被并行调用多次的函数，它创建了几个文件。我想创建一个函数“combineFiles()”，在创建所有这些文件后调用该函数。由于它们在集群上并行运行，因此它们不会一起完成。我编写了一个函数“getFilenames()”，它返回需要创建的文件名集，但我怎样才能让 combineFiles() 等待它们出现呢？

我尝试了以下方法：

我也试过装饰器：

但这也不起作用。在生成 getFilenames 给出的文件之前，combineFiles 仍然会被错误地调用。如何使 combineFiles 以这些文件的存在为条件？

谢谢。

我对开发自我记录的管道很感兴趣。

我可以将Ruffus任务包装在Pweave块中吗？

我感觉 Ruffus 装饰器正在抛弃 Pweave：

也许有解决方法？

Ruffus 管道文档似乎假设一个人的代码和数据在同一个目录中。所有示例都有输入和输出文件说明符，没有任何相对路径。如果要转换的文件不在当前目录中，应该如何修改下面的语法？

我正在尝试使用 Ruffus 将多个脚本与 python 框架一起流水线化。

我从我的 main.cpp 文件中调用了多个 .cpp 和 .h 文件。

我的 makefile 在 shell 中运行得很好。

如何使用可以调用和编译我的脚本的 Ruffus 创建基于 python 的管道？

我的生成文件如下所示：

我想用 Python 的 Ruffus 包创建一个管道，我正在努力解决它最简单的概念。两个任务应该一个接一个地执行。第二个任务取决于第一个任务的输出。在 Ruffus 文档中，所有内容都是为从外部文件导入/导出而设计的。我想处理字典等内部数据类型。

问题是@follows 不接受输入，@transform 不接受字典。我错过了什么吗？

最终，管道应该在一个类中组合一组函数，这些函数可以随时更新类对象。

我在 Python 2.7 中有一个 ruffus 管道，但是当我用-nor调用它时，--just_print它仍然运行所有实际任务，而不是像预期的那样打印管道。我：
* 没有-n可以取代内置参数的参数（尽管我确实有其他命令行参数）
* 有一堆带有@transform()或@merge()装饰器的函数 * 以调用
结束管道run_pipeline()

有没有其他人遇到过这个问题？非常感谢！

我是生物信息学领域的新手，也是 Python 初学者。

我正在使用一个名为 Ruffus 的框架来运行一个管道，使文件通过工具导航以获得有趣的输出。

在我的管道的一部分（第三步）中，我需要做一些解决方法来让 Ruffus 考虑我的文件：使用的工具几乎可以任意更改输出名称。

我的问题如下：我必须第一次运行管道以使其运行到第三步，它说每个文件都已完成。然后当我重新运行时，它从第 3 次到最后。我认为问题是我使用了与特定模式有关的 glob，该 glob 函数应该在我的脚本开始时运行，但我正在寻找的文件 (.*avinput) 尚未创建。然后，一旦我重新运行它，它们就可以了，然后该过程可以继续进行。但这是不现实的。

我如何“强制”这样的 var 等到特定时刻运行，或者在达到某个步骤时重新运行它？

最好的，