python - 在 Python 2.7 中使用 Ruffus 库，just_print 标志失败

Question

我在 Python 2.7 中有一个 ruffus 管道，但是当我用-nor调用它时，--just_print它仍然运行所有实际任务，而不是像预期的那样打印管道。我：
* 没有-n可以取代内置参数的参数（尽管我确实有其他命令行参数）
* 有一堆带有@transform()或@merge()装饰器的函数 * 以调用
结束管道run_pipeline()

有没有其他人遇到过这个问题？非常感谢！

Answer 1

从 ruffus 2.4 版开始，您可以使用内置模块，该模块ruffus.cmdline通过使用 的模块存储适当的标志，例如：cmdline.pyargparse

from ruffus import *
parser = cmdline.get_argparse(description='Example pipeline')
options = parser.parse_args()

@originate("test_out.txt")
def run_testFunction(output):
        with open(output,"w") as f:
            f.write("it's working!\n")

cmdline.run(options)

然后使用以下命令从终端运行您的管道：

python script.py --verbose 6 --target_tasks run_testFunction --just_print

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如果您想手动执行此操作（这对于旧版本的 ruffus 是必需的），您可以调用pipeline_printout()而不是pipeline_run()，使用argparse以便--just_print标志导致适当的调用，例如：

from ruffus import *
import argparse
import sys

parser = argparse.ArgumentParser(description='Example pipeline')
parser.add_argument('--just_print', dest='feature', action='store_true')
parser.set_defaults(feature=False)
args = parser.parse_args()

@originate("test_out.txt")
def run_testFunction(output):
        with open(output,"w") as f:
            f.write("it's working!\n")

if args.feature:
    pipeline_printout(sys.stdout, run_testFunction, verbose = 6)
else:
    pipeline_run(run_testFunction, verbose = 6)

然后，您将运行以下命令：

python script.py --just_print