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我一直在探索 R Markdown 并遇到了这个问题。我在网上找到的所有可重现的示例报告，例如http://jeromyanglim.blogspot.ca/2012/05/example-reproducile-report-using-r.html都有代码和结果。

我只想得到结果，因此向观众隐藏代码。例如，我只想显示 ggplot2 或 googlevis 的最终结果，而不显示加载数据和编码的长行。

有没有办法这样做？

我想知道我是否可以使用knitr降价来即时创建一个包含来自我当前工作区的对象的报告。重现性不是这里的问题。我也在这里阅读了这个非常好的线程。

但是我仍然收到一条错误消息，抱怨找不到特定的对象。

1）假设我打开一个新的降价文档并保存它。

2）在我的工作区中写一个引用某个lm对象的块。称呼summary(mylmobject)

3）编织它。

不幸的是，报告已生成，但无法显示回归输出，因为找不到对象。请注意，如果我只是将对象保存到 .Rdata 然后直接从降价文件加载它，它通常可以工作。

有没有办法使用当前工作区中的 R markdown 中的对象？这将是非常好的向非 R 人展示一些输出，同时仍然工作。

我正在使用 GIT，我注意到如果我只是在 Windows 中移动整个文件夹（或重命名它），它会破坏所有路径。然后我陷入无限循环，试图退出 Rstudio 并且 Rstudio 无法找到要保存（或不保存）的文件路径。

有没有办法移动项目文件夹的位置，同时保持它完好无损？

对不起，让我说得更清楚一点。

1. 启动 Rstudio 并创建一个版本控制的项目（我正在使用 GIT）
2. 意识到您将项目放在计算机的错误文件夹中
3. 通过 (a) 使用 Windows 资源管理器将 Rstudio 和 GIT 文件移动到另一个位置，将项目移动到新文件夹。（断开所有链接）或（b）在“正确”位置开始一个新项目。（丢失您的编辑版本）。

我对 RStudio 服务器上的 R.oo 包安装失败感到困惑，知道如何解决它吗？

我正在着手进行 knitr 设置。我在 Windows 7 Enterprise 机器上安装了最新版本的 R (2.15.1)、Lyx 2.0（包括 MiKTex 2.9 发行版）和 RStudio 0.96.304。如果我打开 Lyx 并简单地查看教程，我可以获得 pdflatex 输出，因此基本系统正在运行。然后我下载了最小的 Rnw 示例，将其作为 testknitr.Snw 保存在我的工作目录中，在 RStudio 中打开该文件，然后按下编译 PDF 按钮。knitr 输出以关于解析器包的单个警告完成，并生成文件 testknitr.tex。pdflatex.exe 然后运行，但失败，日志文件中的特定错误似乎是

尝试使用 TexWorks 编译 testknitr.tex 时，我收到了同样的错误。我使用 knit("testknitr.Rnw") 从 R 内部创建了该文件 - 由于 RStudio 中的默认设置，扩展名不同。我确实告诉 MikTek 在编译时自动更新包。对CTAN的一些研究表明 alltt 环境是 ltxbase 包的一部分，当我查看包管理器时会安装该包。事实上，它似乎是整个事情的核心部分！

好的 - 我正在阅读最小示例页面上的评论，并发现了解决该问题的方法，并且它是 19 小时前的一个已知错误。是的，我仔细检查了 RStudio 设置为使用 knitr，而不是 sweave。我现在收到一个新错误：

编辑：好的！事实证明，这个错误并不是致命的——如果花时间看的话，工作目录中有一个可爱的 pdf 最小示例。RStudio 认为编译失败而实际上却失败了，这有点令人担忧？

我喜欢将包含多个 R Markdown 和 Markdown 文件的存储库上传到 github。

这是github 上此类降价文件的示例。这是一个屏幕抓取。

而我认为它需要参考

我考虑的事情：

imgur：我可以通过添加以下代码来使用外部图像托管（例如，参见此示例）：

但是，由于各种原因，我不想这样做（我在防火墙后面上传时遇到问题；它很慢；它会产生不必要的依赖）

Rpubs：还有非常酷的Rpubs 。但是，在发布时，它似乎更适合单个降价文档而不是多个 R 降价文档。而且它没有在源 R Markdown 和 Markdown 文档之间提供如此紧密的联系。

问题

• 是否有使用 R Markdown 和 knitr 生成 Markdown 文件的工作流程，这些文件在上传到 github 时允许 Markdown 文件显示存储在 github 存储库中的图像？

我正在尝试在 Ubuntu 10.04 中编写一个 Bash 脚本，该脚本打开一个导出 CSV 的 Python 文件，然后运行以下 Rscript，目标是导出带有 Dashboard.Rmd 绘图的 HTML：

Dashboard.Rmd 是一个 R 降价，它从第一步开始在 csv 上调用 read.csv，制作数据框并创建绘图，但该部分工作正常。据此，我认为Rscript应该复制在R Studio中按下“Knit HTML”的动作。但是，它创建的 html 与上次按下 Knit HTML 时相同；即即使CSV 不同，html 也不会反映更改。

我还尝试为 knit 和 markdownToHTML 使用单独的行，效果相同。执行 knit 时，它似乎没有从 Rmd 获取代码。当我在打开 Dashboard.Rmd 的情况下将该 Rscript 中的命令输入 R Studio 的控制台时，它确实会正确更新 html。但是我不确定如何将其转换为 Bash 脚本。我还尝试了使用 envir=new.env()、envir=R_GlobalEnv 和 envir=parent.frame() 的 knit2html，但没有成功。任何帮助，将不胜感激！

我试图在 R Studio 中使用 R-Markdown 功能，我试图打印在函数内部生成的绘图。这是我正在尝试做的一个基本的失败示例。

测试此代码的人，请确保将其保存为“.Rmd”文件，然后在 RStudio 工具栏中运行knithtml()。上面的这段代码完全适用于我想要的那种 html 输出。但是，当我用基于 ggplot 的代码替换基本绘图功能时，我无法让knithtml()生成我之前得到的 10 个绘图的 ggplot 输出。上面的基本绘图代码现在替换为以下代码

我在这里错过了一些非常简单的东西吗？

主播

我在新的 Mac 上安装了 R (2.15.1) 和 RStudio (0.96.316)。现在，每次我获取 R 脚本时，都会收到以下警告消息。不管剧本长什么样。在下一个案例中，我只使用了一个 cat('Hello World) 参数。

我总是收到与我的代码行相同数量的警告。具有四行输入的脚本会产生四个警告：

但是，除了警告消息之外，R 脚本也可以正常工作。

我在R News上找到了以下信息：

• source() 现在使用 withVisible() 而不是 .Internal(eval.with.vis)。这有时会稍微改变回溯。

我认为这是我的问题的原因，但我不知道解决方案。如何禁用或避免警告？

我真的很喜欢knitr在 Rstudio 中使用，并且一直在使用它来编写 Markdown 演示文稿和数据分析。我想在论文中使用相同的代码和结果，并希望将 Rmd 文件中的代码块转换为 Rnw 文件```{r}的块<< >>= @。

这也允许使用为主要论文的演示而编写的相同文档和代码。

有没有办法在 markdown 和 Rnw 文件的代码块之间进行转换？

或整个文件本身，除了代码块的语法差异之外，它们在标记中非常相似（使用 pandoc 将文本转换为乳胶很容易）