我有这篇文章的相反问题。似乎 roxygen 正在引入\n我的默认参数值，这导致 R CMD 检查警告

这是我的函数定义：

这是警告：

我在这里错过了什么吗？

假设我正在编写一个小型 R 包，其中包括两个函数，除了一个之外，它们的参数完全相同。这是一个例子：

在我的第一个函数的 roxygen2 文档中，我使用以下标签：

对于第二个功能，我使用以下标签：

在使用 roxygenize 处理我的代码后，函数 fct2 的 .Rd 文件按以下顺序显示参数：p、r、K。我希望它们的顺序与使用部分中的顺序相同，即：r， p, K. 如何在不手动更改 .Rd 文件的情况下获得此订单？

我坚持使用@inheritParams 来避免复制和粘贴。

谢谢！

我正在通过 roxygen2 包将我的包转换为使用 roxygen 文档。现在我的包没有加载，我认为这是因为 NAMESPACE 文件中缺少 useDynLib(mypackage) 调用。我如何生成这个？

tl;我的问题的博士版本

如果我想导入包，我必须手动将import()指令写入我的 NAMESPACE 文件吗？roxygen2 似乎不会为我神奇地做到这一点，即使我在我的描述中将它们列为“Imports：”。

更完整的版本

这是一个非常愚蠢的问题，但我问是因为答案对我来说并不明显。

我roxygen2用来处理我的 R 包文档。当我想确保导出一个函数时，我@export会在它的 roxygen 块中添加一个标签。随后的运行roxygenize()将相应地写入 NAMESPACE 指令。

但是，我的包目前导入了其他几个：

看起来虽然roxygen2 会为导出的函数重写 NAMESPACE 指令，但它不会自动重写 NAMESPACE 以反映我指定的应该在我的说明中导入的包。

我有一个函数，它只不过是attr为任何 R 对象做广告。基础演示：

这就像一个魅力，除了生成一个好的 Rd 文件，相关部分：

当然，它会在正常运行时触发R CMD check警告foo(var) <- value。

任何提示都会非常感激！

更新：感谢richierocks，似乎有一个修复

我正在使用 devtools、testthat 和 roxygen2 开发 R 包。我在数据文件夹中有几个数据集（foo.txt 和 bar.csv）。

我的文件结构如下所示：

我很确定 'foo' 和 'bar' 记录正确：

我想在我的文档示例和单元测试中使用“foo”和“bar”中的数据。

例如，我想在我的 testthat 测试中使用这些数据集，方法是调用：

而且，我希望文档中的示例如下所示：

如果我在开发包时尝试调用 data(foo)，则会收到错误“未找到数据集 'foo'”。但是，如果我构建包、安装它并加载它——那么我可以使测试和示例工作。

我目前的解决方法是不运行该示例：

在测试中，使用特定于我的本地计算机的路径预加载数据：

这似乎并不理想 - 特别是因为我正在与其他人合作 - 要求所有合作者都有相同的完整路径到 'foo' 和 'bar'。另外，文档中的示例看起来无法运行，即使安装了软件包，它们也可以。

有什么建议么？非常感谢。

一个简单的例子是我创建了一个扩展show，这是一个 S4 基础方法。我不想通过在我的包中重新记录来引起歧义分叉，show并且我还想通过为.showmyPkgSpClassshow,myPkgSpClass-method

我遇到的问题是，这会在 roxygen2 构建文档期间导致严重警告，Rd files with duplicated alias 'show':因为此包中有多个类扩展show，并且 roxygen2 已自动将通用术语添加到所有别名列表中相关*-class.Rd文件：

但我认为我不希望在任何情况下都使用通用别名，因为它会强制show在我的包和 base之间消除歧义show。此问题也适用于从其他包扩展的其他 S4 方法，除了show.

如果我将所有特定于类的方法标记到同一个.Rd文件，那么警告就会消失，但歧义仍然存在，因为show仍然会为该文档条目自动添加别名。如果我手动\alias{show}从.Rd文件中删除，那么问题似乎解决了，在 roxygen 或R CMD check pkgname. 那么如何让 Roxygen2 不添加通用别名呢？

其他背景：

这是从上一期关于将 S4 扩展导出/记录到基本方法的问题中构建的一个特定问题： 是否有必要在 R 包中导出基本方法扩展？文档影响？

它比以下有关使用 Roxygen2 记录 S4 方法/类的问题更具体且未涵盖：

如何使用 roxygen2 正确记录 S4 方法

如何使用 Roxygen2 正确记录 S4 类插槽？

我正在编写一个使用 roxygen2 自动对我的包进行 roxygenize 的脚本。我希望它是可执行的，以便它可以成为准备和安装包的更大脚本的一部分，但由于某种原因我不能使它与 Rscript 一起使用。

这是代码：

如果我启动交互式 R 会话或使用 R CMD BATCH 提交代码，这将正常工作。但是，如果我通过 Rscript 直接将脚本作为可执行文件运行，我会得到这个输出和错误（无论脚本是在当前目录还是 bin 中，我都会得到错误）。

看起来 setPackageName 在 base R 中，所以我不知道为什么它不存在。此外，我在许多其他情况下使用 Rscript，这似乎是它失败的唯一地方。

任何帮助深表感谢。

我的文档中有一个需要转义引号的 R 函数示例：

（或者至少我不够聪明，无法避免转义引用）。虽然此命令在 R 中正常工作，但 roxygenize/document 函数将其转换为双转义

在 .Rd 文件中。我该如何解决这个问题？

我正在为我正在制作的 R 包记录我的一些功能。

我正在使用 roxygen 标记，尽管这在很大程度上与我的问题无关。

我已经将方程式放入我的文档中，使用\deqn{...}. 我的问题是： 以后有没有办法交叉引用这个等式？

例如，在我的 Rd 文件中：

我以后可以做类似的事情吗：

参考方程 \ref{test}, ...

我试过了\eqref{test}，\ref{test}（它们都得到“未知宏”并且没有得到链接），而且\link{test}（它抱怨它找不到函数test，因为它实际上只是为了链接到其他函数）。

否则我担心我可能不得不做一些hacky并在Rd文件的etc中手动-- (1)添加和...Refer to equation (1) \deqn

更新

一般的答案似乎是“不”。（哇……）

但是，我可以写一个小插图并在那里使用“普通”乳胶/包。无论如何，我刚刚注意到我花了很长时间放入我的 roxygen/Rd 文件的矩阵方程?myFunction在帮助版本中看起来很糟糕（它们显示为几乎字面的乳胶源）。真可惜，因为它们在 pdf 版本的帮助中看起来很漂亮。

@Iterator 指出了条件文本的存在，所以我将在 .Rd 文件中进行 ASCII 数学运算，但在 pdf 手册/插图中进行乳胶数学运算。