问题标签 [rmysql]

我们有一个 R 程序，它过滤表中的一些数据并使用结果创建一个新表。在 Windows 和 OSX 上，程序运行并且我们的表被正确创建。但是，在我们的 Linux (Ubuntu 12.04) 服务器上，同一个 R 程序会生成一个包含垃圾数据的表。

当我们将 Linux 上产生的垃圾数据与正确的数据进行比较时，我们发现：

• 应该有文本值的列中看似任意的数字
• 额外的行

我们认为问题出在编码上，但到目前为止，我们所有改变数据库编码的努力都失败了。

我们的 R 脚本用于RMySQL连接 MySQL 数据库、过滤内容并将其写入新表（使用dbReadTableand dbWriteTable命令）。我们知道命令本身不是问题，因为我们能够在过滤它们之前和之后检查 data.frame - 问题在于dbWriteTable.

这两个链接似乎最接近我们问题的解决方案，但我们必须等待拉取请求通过：

1. https://github.com/jeffreyhorner/RMySQL/issues/6
2. https://github.com/gagern/RMySQL/commit/b0fbef105ca61d69992a2ec5a5eafde30530b8d5

这些也是相关的：

1. http://zee.balogh.sk/?p=928
2. 字符集和排序规则到底是什么意思？

我已经尝试在 RStudio 中安装 RMySQL 已经有一段时间了。我已经安装了 DBI 依赖项并尝试安装 RMySQL，但出现以下错误：

配置错误：找不到 MySQL 安装包含和/或库目录。手动指定 MySQL 库和头文件的位置，然后重新运行 R CMD INSTALL。

指示：

1. 定义并导出 2 个 shell 变量 PKG_CPPFLAGS 和 PKG_LIBS 以包含头文件 (*.h) 和库的目录，例如（使用 Bourne shell 语法）：

   导出 PKG_CPPFLAGS="-I" 导出 PKG_LIBS="-L -lmysqlclient"

   重新运行 R INSTALL 命令：

   R CMD 安装 RMySQL_.tar.gz

2. 或者，您可以传递配置参数 --with-mysql-dir=（分发目录）或 --with-mysql-inc=（MySQL 头文件所在的位置） --with-mysql-lib=（MySQL 库所在的位置）在调用 R INSTALL --configure-args='...'

   R CMD INSTALL --configure-args='--with-mysql-dir=DIR' RMySQL_.tar.gz

错误：包'RMySQL'的配置失败 *删除'/home/zlau/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.14/RMySQL' install.packages中的警告：安装包'/home/zlau/R/ i686-pc-linux-gnu-library/2.14/RMySQL_0.9-3.tar.gz' 具有非零退出状态

这是一个常见错误，据说可以通过从 Ubuntu 命令行安装以下软件包来解决：libmysqlclient-dev（或它的某个版本）。我已尝试多次使用“sudo apt-get install libmysqlclient-dev”进行安装，每次收到以下错误时，都会出现以下错误 404 not found ......

http://archive.ubuntu.com/ubuntu/precise-updates/main libmysqlclient-dev i386 5.5.32-0ubuntu0.12.04.1

如果有人可以提供帮助，将不胜感激。我还不能发布图片。

我想做一些与这些非常相似的事情：

当mysql WHERE 子句为空时，返回所有行

可以让 PHP MYSQL 查询忽略 WHERE 子句中的空变量吗？

如果我作为子集的变量是，我希望忽略 where 子句NULL。但是，我正在使用 dbGetQuery 从 R 访问我的 MySQL 数据库。到目前为止，我有这样的代码

如果未指定，它会编写正确的where语句行为，以及代码：p_id

这可以正常工作，但是，如果我想在 where 子句中插入更多条件，例如如果我想添加条件and status = 'complete'when ，我会遇到困难p_id = NULL。

有没有人对我如何在 R 中优雅地做到这一点有什么好主意？

编辑 这里有更多代码来演示我正在尝试做的事情，这是关于连接and后的子句（这样做where有点棘手）

给出输出

当我尝试安装 Mysql 包（MAC OS）时出现以下错误

我不确定我需要设置什么才能使其正常工作。

我已经尝试为三个版本的 R 安装 RMySQL，但我遇到了相同的警告消息，即 RMySQL 不适用于该版本。请帮帮我。谢谢。

install.packages("RMySQL",type="source") install.packages("RMySQL", type = "source") 中的警告：'lib = "C:/Program Files/R/R-2.15.3/library "' 不可写 --- 请选择在此会话中使用的 CRAN 镜像 --- 同时安装依赖项 'DBI'</p>

当我使用 C# 代码运行 Rscript 时，我收到了我在主题中提到的错误。实际上，RMySQL 包已正确安装在我的系统（Windows 7 64 位）中，我可以直接从 Rconsole 运行脚本。但是当从 C# 代码调用时，我收到了这个错误。请帮助我找到相同的解决方案。谢谢

这是我的 C# 代码

```

我在上面的代码“var hottopic = engine.Evaluate("source('E:/ ** / ** /R script/hottopics.R')").AsDataFrame();”中的以下位置收到错误

这是我的 R 脚本

user_id = 39988 library(RMySQL) con = dbConnect(MySQL(), user='****', password='****', dbname='****', host='*********') # Add the text mining library for using the removeWords and stopwords functions library(tm) setwd("E:/*****/****/R script") sqlQuery <- paste("SELECT b.user_id,a.user_social_account_id,a.content FROM mydb.updates a INNER JOIN mydb.user_social_accounts b ON a.user_social_account_id = b.id WHERE a.user_social_account_id IN (SELECT id FROM mydb.user_social_accounts WHERE user_id =",user_id,')',sep = "") updates <- dbGetQuery(con,statement=sqlQuery) dbDisconnect(con) words <- read.csv("stopwords.csv",colClasses = "character") # Convert the 'words' object from data.frame to charcter vector format words <- words$Words updates$content <- tolower(updates$content) content <- updates$content # Split each words in the content and saved in a character vector format content <-unlist(strsplit(content, split=" ")) # Remove all the stopwords,numbers and symbols from it content <- removeWords(content,c(stopwords("english"),stopwords("SMART"),words)) content <- gsub("[^a-zA-Z]", "", content) # Count each words frequency using the 'table' function and store the result in data.frame format word_count <- as.data.frame(table(content)) names(word_count) <- c("Word","Freq") # Removing the blank character from the result that comes when removing the symbols and numbers word_count <- word_count[-(word_count$Word == ""),] # Order the word_count data frame in the descending order of Frequency of words word_count <- word_count[order(-word_count$Freq,word_count$Word),] head(word_count,10)

我想将 MySQL 查询从 python 脚本转换为 R 中的类似查询。python 使用循环结构使用基因组坐标搜索特定值：

在 R 中，染色体和位点位于数据框中，对于数据框中的每一行，我想提取一个值并将其添加到数据框中的新列中

所以我当前的数据框具有与以下类似的结构：

修改后的数据框应该有一个附加列，其中包含来自数据库的值（在相应的基因组坐标处。结构应该类似于：

到目前为止，我使用以下方式连接到数据库：

我不想循环遍历数据框中的每一行，而是想使用一些东西来将相应的值添加到现有数据框中的新列中。

根据以下答案更新工作解决方案：

我正在使用 RMySQL 从数据库中提取数据，然后使用这些数据绘制图表。

我目前拥有的代码如下：

这工作得很好，但我的问题是如何使用 DB 列名作为轴标签，而不是硬编码标签？

在我的 Linux 机器上安装 RMySQL 花了很多时间，但我能够在更改环境变量并复制和粘贴 lib.dll 文件后安装它。

但是，我现在正在尝试在我的 64 位窗口机器上安装 RMySQL，但到目前为止两天还没有进展。sh ./configure.win它在“运行命令出现状态 127 错误，我找不到这意味着什么之后崩溃了。

任何人都可以对此有所了解吗？

继之前对此问题的回答之后，我正在使用 RMySQL 连接到我的 Amazon RDS 实例。我可以在不使用 SSL 的情况下进行连接，但更愿意使用为我的 EC2 实例提供的证书通过 SSL 进行连接。这种方法使用 Sequel Pro 似乎可以正常工作。

但是，当使用 RMySQL 包在 R 中尝试相同的连接时，我收到以下错误：

除了我的常规身份验证参数之外，该mysql.cfg文件还包含 Amazon 提供的我的 .pem 文件的路径（例如，ssl-ca='~/.ssh/file.pem'）。我是否缺少其他参数？