我希望能够使用 knitr/rmarkdown 生成一个将所有输出保存在一起的文档，但将代码保留到最后，理想情况下作为各种引用的脚注（即可以查找每个图形或输出的代码在附录中使用脚注）。这可能吗？

我有两个与 github 存储库相关的 R 项目。我一直在使用 repmis 函数 source_DropboxData 下载文件，然后在 dplyr 中使用 tbl_df

在这两个项目中，代码都是：

在其中一个项目中，这会使 RStudio 崩溃；在另一个它没有。

sessionInfo() 在有效的项目上：

sessionInfo() 关于崩溃的项目：

差异的可能原因是什么，我该如何进一步调查？

更新

很明显，主要区别在于可以工作的版本使用 repmis_0.3.3 和不使用 repmis_0.4 的版本。我将研究使用 repmis 降级自身！

降级似乎不起作用 - “安装退出状态非零”

nb 我也在packrat这两个项目中使用

• 我现在已经在任一包之外尝试了 repmis 0.4，它可以工作。但是 plyr 和 dplyr 没有安装。
• 它适用于安装的 plyr...

这是代码再现性的方便问题。您最终可能会收到或收到一个长代码，其中包含在不同时间调用的各种自定义库（例如，在降价文档的各个部分中）。假设您有一个结构不佳的文档：

是否有一个函数可以从代码中检索所有这些实例，并将它们存储为例如列表？

然后，您可以更新脚本以包含注释行，以供在不同工作区工作的任何人参考。

当然，可以从脚本中找到所有的库函数，但是自动化它会更好，无论是为了构建自己的脚本还是更新制作不佳的其他脚本。

我知道伪随机生成器是确定性的，即，当使用相同的种子时，它们会产生相同的输出序列。在实践中，只有当你在同一个平台上时，这一切都是正确的，即相同的硬件、操作系统等。

但是我知道在某些情况下，当你在不同的平台上运行相同的代码时，你可能会得到不同的答案（这里简要指出：如何生成可重复的随机数序列？）。

作为另一个例子，本文研究了在一些神经成像应用的背景下造成这种差异的一些原因：http: //journal.frontiersin.org/article/10.3389/fninf.2015.00012/abstract

我的问题是对于这种现象是否有一个普遍的、有据可查的解释。任何其他指针表示赞赏。

换句话说，我关心的是在什么情况下会危及伪随机生成器的再现性？以及如何避免这些情况（并真正保证跨平台的可重复性）？

在 knitr 中运行 python 引擎时遇到问题。我可以导入一些模块，但不能导入其他模块。例如，我可以导入 numpy 但不能导入 pandas。

{r, engine='python'} import pandas

我得到了错误。

它必须与系统路径和我指向的位置有关。

通常在 IPython 中我使用

添加路径。我不知道问题是什么。

yihui 给出了一个使用不同引擎的缓存选项的例子

https://github.com/yihui/knitr-examples/blob/master/023-engine-python.Rmd

我似乎无法让它为 python 工作。

以下作品

但这不起作用

有人有想法吗？

我正在尝试在 RStudio 和 Rmarkdown 中进行一些可重复的研究。主要是因为我懒得一遍又一遍地将数字粘贴到 powerpoint 或 word 中。 咧嘴笑

我认为对于可重复研究非常重要的一件事是准确记录生成报告的 RMarkdown 文档的哪个版本。通常，此类文档会经过多次修订，此外，它们可能会从存储库中提取多个其他源文件或数据。因此，插入 git commit SHA，并记录存储库是干净还是脏。

但是尽管 RStudio 知道 git，它似乎并没有通过任何 API 调用提供这些信息。还是我错过了什么？

除了手动掏出 git 之外，我还有什么选择？

针织专家，

背景：使用 knitr 报告带有许多嵌入式图表的报告。在报告的正文中，所有合适的只是图表，而不是代码。

例如：

这部分工作得很好。

但是，需要显示代码的关键部分（例如，关键统计分析和关键图形生成）......但在附录中。

这导致了这个问题：有没有办法将 knitr 块从脚本的早期部分复制到后面的部分？

为确保准确性，附录中的代码最好列出（显示）报告中实际执行的所有代码。

例如：

有任何想法吗？knitr 中有没有办法执行这些类型的块副本？

在创建可重现的示例时，我经常想输出一个data.frame或类似的使用put()：

但是，当我尝试加载数据时，它会要求我提供一个文件：

如何轻松创建一个dput然后再次加载它以创建一个可重现示例的脚本？我想避免将其保存为文件，而只是将整个内容作为脚本运行。

我在这里有一个 Ipython 笔记本，想在 Lyx GUI 中使用它，这样我就可以制作一个 Latex 文档

http://nbviewer.ipython.org/gist/decisionstats/4142e98375445c5e4174