问题标签 [pyfits]

我有一个包含二进制表的 60GB FITS 文件。我想一次读取（并处理）该表一行/条目/行/块*。

（*我不确定正确的命名法）

我正在使用 pyfits，我想做的归结为：

该变量entry具有类型<class 'pyfits.fitsrec.FITS_record'>，并且长度等于二进制表中的列数。然而，似乎发生的是整个二进制表在这一行被读入内存：entry = hdulist[1].data[i].

我已经查看了 pyfits 文档，但我找不到任何方法似乎可以从表条目的表条目（或一次少量条目）上从二进制表扩展读取数据。我不想从表中选择某些条目，只需按顺序扫描它们即可。

我想我的问题是：

0) 这一步发生了hdulist[1].data[i]什么？为什么所有内容都被读入内存？（有没有办法解决这个问题？）

1）我错过了什么，pyfits 真的可以做我想做的吗？

2）那里有另一个python库吗？（即在 FITS 扩展中使用二进制表）

3）如果不是，我可以用不同的二进制（或其他压缩/非 ascii）格式（不是 FITS）重写数据并找到其他一些 python 库或模块来做我想做的事吗？

我在 pyfits 中打开了一个 FITS 文件。HEADER 文件使用 36个列标签读取XTENSION='BINTABLE'，如、、、、、等。DIMENSION= 52989R x 36C'ZBEST''ZQUALITY''M_B''UB''PGAL'

现在，我必须从数据中选择“ZQUALITY”大于 2 且“PGAL”等于 3 的对象。然后我必须为符合上述条件的相应对象的“ZBEST”制作直方图。我还必须为这些对象绘制“M_B”与“UB”。

最后，我想将“ZBEST”分成三个切片（zbest < 0.5）、（0.5 < zbest < 1.0）、（zbest > 1.0），并分别绘制直方图和“M_B”与“UB”图。

我坚持选择服从这两个条件的数据。谁能告诉我如何从满足两个条件（'ZQUALITY' > 2 & 'PGAL' == 3 ）的数据中选择对象？我正在使用 like:data.field[('zquality' > 2) & ('pgal'==3)]但它不起作用。

我有一个包含许多列的 FITS 文件。该文件的简化示例的一部分如下所示：

如果您注意到这里， A 列和 C列的前四行相同，但B列从 1 到 4 不等。那么A 和 C列的接下来 5 个值相同，但B列从 40 到 44 不等。

我想做的是，编写一个程序来创建这样的文件：

也就是说，B 列应该包含 A 列和 C 列相同的值的数量！

我想知道如何在 Python 中做到这一点。它不一定需要处理一个FITS文件，如果FITS文件中有一些不能使用的例程，我也可以将其转换为ASCII格式。

到目前为止我已经尝试过：

我碰到了一个调用的例程Collections，它有一个调用的子例程Counter，它计算列表中相等的值的数量并返回它们。

我试过了：

但这只会给我A列中相等的值。有人可以告诉我如何使用此例程将这些值也与C列进行比较吗？

我正在尝试使用新的数据列更新 FITS 文件。我的文件有一个主 HDU 和两个其他 HDU，每个 HDU 都包含一个表。

由于向已经存在的 FITS 文件的表中添加新列是一件痛苦的事情（无法解决，请参见此处和此处），因此我改变了主意，并尝试专注于使用修改后的表创建新文件。

这意味着我必须从原始文件（主 HDU、其他 HDU 等）中复制所有其余部分。有没有标准的方法来做到这一点？或者，什么是最好的（最快的？）方法，可能避免“手动”一个一个地复制每个元素？

Let's assume I have a fits file with one extension, and the data consists of a table of two columns with 100 elements each

Now I want to add to my table a new column, let's say data['field3'], which is another array of 100 elements.

How exactly do I do that ?

我在从 fit 文件中读取数据时遇到问题。通常我可以很好地从 fit 文件中读取数据，但现在我有一些数据文件给我带来了一些问题。当我尝试读取应该包含三列和一个标题的文件时，我得到的只是一个看起来像这样的数字表：

[[ 64 195 45 ...，0 0 0]]

现在这是整数，数据文件实际上应该包含三列，其中包含三列中的双精度和浮点数，如下所示：

[9819.3801, 0.00000, 0.00000]

[9820.0025、5.50764e-16、1.62396e-16]

[820.6248, -3.75781e-17, 1.51864e-16]

我知道我应该获取这些值，因为 IDL 中名为mrdfits的包可用于检索这些值。我尝试查看 fit 文件包含的数据类型和格式，我的代码如下所示：

我的问题基本上是；是否有另一种方法可以读取数据，以便为我提供三列非整数数据？我想知道是否是因为文件是 BINTABLE ，所以它的读取方式与通常不同？除了我目前所做的之外，还有其他方法可以加载三列吗？如果您需要我澄清一些观点，请询问，因为我目前已经尝试了很多事情，我不确定该采取哪个方向。任何帮助将非常感激！

我正在尝试通过向其附加一些新列来更新 FITS 表扩展。我遵循http://pyfits.readthedocs.org/en/latest/users_guide/users_table.html#merging-tables给出的方法。但是，合并表的标题仅包含识别列所需的最少信息。原始头文件中有我需要的信息。如何将旧表中的所有额外关键字带到新表中？

我已经试过了

并手动为新列添加必要的条目，但这总是会损坏标题并使整个 FITS 文件不可读。

谢谢

我正在尝试连接 pyfits 中的文件。因为它们没有正确完成，所以我的输入文件之间的列名和列格式之一不同，所以我无法使用 np.concatenate 连接 ndarray ...

我想更改列名（以一种聪明的方式）。我在 pyfits 文档中找到了 pyfits.Coldefs.change_name 函数（http://pythonhosted.org/pyfits/api_docs/api_tables.html#coldefs），所以这就是我现在正在做的事情：

hdu = pyfits.open(myfile,memmap=True)[1]
new_columns = pyfits.ColDefs(hdu.columns).change_name(prev_name,new_name)

我也试过：

hdu = pyfits.open(myfile,memmap=True)[1]
new_columns = pyfits.ColDefs(hdu.columns).change_attrib(prev_name,'names',new_name)

这将返回一个 None 类型的对象。有什么我想念的吗？

谢谢

我正在使用 PyCharm（社区版 4.0.2）从 .fits 文件中检索数据。z = data.field [SDSS_Z] 导致 TypeError：“instancemethod”对象没有属性“ getitem ”。在同一 .fits 文件的其他字段上，我没有问题

我是这个领域的初学者。我有一个包含三列的文本文件：X，Y，（X，Y）处的强度。它们基本上是数组（1X10000），每个数组都通过 python 写在文本文件中。要在 python 中绘制数据集，我可以简单地使用 trisurf 来实现这一点。但为了进一步处理，我需要从中创建一个适合的图像。如何从此文本文件中制作 FITS 图像（而不是简单的 FITS 表）（最好通过 python 或 matlab）。