问题标签 [openmx]

我试图弄清楚如何在 R 的 OpenMx 包中的潜在增长曲线模型中正确添加斜率和截距的预测器。

我想在一个非常简单的增长曲线模型中预测性别的斜率和截距。为了这个问题，假设它是此处文档中描述的模型。

我会添加什么来包含斜率和截距的时不变预测器？在 MPlus 中，我会写i on male;，我会估计从性别变量到潜在截距的路径。要在 OpenMx 中做同样的事情，我是否只需添加该路径规范？我是否需要覆盖任何默认值，以便我不估计这个清单变量的方差或平均路径（或者我这样做）？

为了便于参考，下面是简单增长曲线的代码，以及我为预测器添加的代码。但是，当我添加预测变量时，我得到错误“协方差矩阵不是正定的”。这也是我在真实数据中看到的。

注意，这个问题是在 OpenMx 论坛上交叉发布的。

我尝试添加一个预测器——我将性别变量添加到清单变量中，然后创建一个从它到潜在变量的路径定义（朝向底部）：

在 OpenMx 1 中，我们可以使用

在 OpenMx 2 中，缺少此插槽（因为目标现在明确区分了期望函数和拟合函数）。所以，我想我们应该用

或者

那正确吗？

我正在尝试分析 OpenMx 的功能，这是一个包含 C++ 和 Fortran 代码的 R 包，用于 CPU 时间。我的操作系统是 OS X 10.10。我已阅读R 手册中有关此主题的部分。本节和这篇文章引导我尝试 Instruments。这是我所做的

1. 打开仪器
2. 选择时间分析器模板
3. 按下记录
4. 使用 RStudio 启动我的 R 脚本

我得到以下输出：. 命令行工具示例返回相同的输出。

问题是它看起来像是 omxunsafedgemm_直接从主线程调用的。但是，这是一个低级 Fortran 函数。它总是由一个名为 的 C++ 函数调用omxDGEMM。在这个例子omxDGEMM中，首先被调用omxCallRamExpection（所以几乎在调用树的底部）。的总时间omxDGEMM为 0。因此，分析信息当前是无用的。

在原始版本的包omxDGEMM中被定义为内联。我改变了这个，希望它能解决这个问题。此情况并非如此。omxunsafedgemm被omxDGEMM这样称呼

任何想法如何获得合理的分析器输出？

我有一个几年前编写的示例OpenMx脚本来进行双胞胎建模。

它是为 OpenMx 1.0 版编写的（此处链接的脚本）

当我运行它时，有一些关于更新拟合函数和目标的警告。我应该如何更新它以使用 OpenMx 2.0 fit 函数调用？

我在 Mac 上运行 R 版本 3.5。当我尝试安装 OpenMx 时

它最终在一堆警告消息后失败。

起初，警告信息是

并发现这可以通过运行来处理

在终端上。

当我在安装 xcode 后尝试安装 OpenMx 时，

最后几行消息是：

有没有办法来解决这个问题？

尝试install.packages("OpenMx")在 Ubuntu 18.04 上的 R 中安装 () OpenMx 时出现以下错误。我不熟悉编译 C 代码，所以我请你为我“简化一下”。

更新 1

看起来该错误实际上可能是RcppEigen未安装软件包的结果。当我尝试安装软件包时，我收到 10,000 行错误消息。这是第一个：

更新 2

我已经RcppEigen成功安装，但OpenMx仍然无法编译。唯一的错误是在很长（数千行）的编译警告流的末尾。错误：ERROR: compilation failed for package 'OpenMx'

mxAlgebra我使用OpenMx计算了隐含方差-协方差矩阵的向量化形式。现在，我需要将其重构为矩阵以运行模型。OpenMx 具有vech2full对半向量化矩阵执行我想要的功能，但我有一个完整的向量化矩阵。

谢谢你的帮助！

openMX 代码 ( http://www.openmx-square.org/download.html ) 是一个基于密度泛函理论的纳米级材料模拟软件包。它有一个包含 C 和 fortran 编译器可执行文件、库和包含文件的 make 文件，

见下文：

我想为 Windows 编译这个程序，因为它可以独立运行。我不知道MinGw可以吗？我如何为 mingw 使用 mpicc 和 mpif90 编译器以及 lapack、blas 和 fftw3 库？

谢谢

我R 3.6.1在 Anaconda 环境中运行（它不会让我升级到 v4）并尝试安装semPlot以配合lavaan安装好的。以下是我安装的软件包：

我尝试了许多不同的安装方式semPlot，最新的是直接来自 github 存储库：SachaEpskamp/semPlot，stackoverflow 上的一个人说这对他们有用。在我的控制台上滚动了大约 10,000 行警告和错误之后，我无法跟踪其中的大部分内容，最新的尝试最终产生了这个结果：

我不知道是否OpenMx是罪魁祸首，或者是否OpenMX可能semPlot遇到同样的问题，但是当我尝试安装它时，我得到了同样的结果......之前的数千行（以及大约 20 分钟无结果的运行时间）它只是逐渐消失，没有任何错误，只是“非零退出状态”。

我在这里阅读了很多关于 SO 的类似问题，但大多数都没有找到一些依赖包，比如glasso或XML缺少 fortran 编译器，但我的输出中没有类似的引用，无论如何我都安装了所有这些包。我只有大量这样的输出（这是来自失败的OpenMx安装尝试：

在所有这些输出中一次又一次出现的警告是：

如：

或这个

或这个

这只是一个大混乱，我不知道发生了什么，为什么，或者该怎么做。有什么想法吗？