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感谢您阅读我的问题。

假设我有一个多环芳烃（我们称之为“母分子”），如下所示：

当我绘制母体分子的子结构时，我注意到子结构中的键角与母体分子中的键角不同。以下是我使用的代码：

结果如下图：

可以看出，子结构中的几个键之间的角度与母体分子不同。
有没有办法绘制与母分子具有相同键角的子结构？任何帮助是极大的赞赏。

我们继承了一个包含多个剧本和本地角色的大型 ansible 代码库的项目。当前的结构重新组装了一个相当正常的 ansible 布局。

我们正在寻找使用分子添加一些测试，但正在寻找一种可以容纳多个剧本的布局，而不需要对存储库进行太多重组。我个人总是设置千篇一律的结构和布局，以开发和测试每个 repo 的单个角色或单个剧本，但在这个程度上没有任何东西。一些想法：

1. 每个剧本一个场景。

2. 一个具有相当大收敛的默认值。这一种对我来说更令人担忧，因为这些 playbook 在彼此之上运行并不是非常友好，而且它可能无法捕获 playbook 之间的依赖问题。

对此的任何建议或经验将不胜感激。

我对python很陌生。我有一个 xyz 文件，其中包含系统中所有原子的坐标。我的系统由一些由这些原子组成的不同分子组成。我需要计算这个系统中不同分子的数量，例如，分子 A 的总数、分子 B 的总数等。我已经包含了文件的快照。橙色、黄色和蓝色是不同的分子——类似于橙色部分（PBIIII 分子），我也有一些是 PBIII。如何从 xyz 文件中计算每种类型的不同分子？在此处输入图像描述

因此，我一直在查看文档，但找不到任何相关内容。在 SDF 文件中，Chembl 名称为空，但我确实在我想要的 chembl ID 上有条目。这里'

但

向我抛出空格。在这种情况下，我需要 chembl ID。

这是我的脚本：

但是整个图像输出文件里面有错位的分子。输出是这样的。

我已将此作为问题发布，但尚未解决。https://github.com/rdkit/rdkit/issues/4097

'有人可以帮助我解决我在 Python 虚拟环境中安装分子、docker 后尝试执行“分子测试”时遇到的以下错误。

谢谢

以下是我得到的错误：

任务[收集事实] ************************************************ ****************************************************** ****************************************************** ******************************************* 致命：[实例]：无法访问！=> {"changed": false, "msg": "无法创建临时目录。在某些情况下，您可能已经能够进行身份验证并且没有目标目录的权限。考虑更改 ansible 中的远程 tmp 路径。 cfg 到以“/tmp”为根的路径，有关更多错误信息，请使用 -vvv。失败的命令是：( umask 77 && mkdir -p " echo ~/.ansible/tmp"&& mkdir " echo ~/.ansible/tmp/ansible-tmp-160329.306709-12591-50051461" && echo ansible-tmp-160329.306709-12591-50051461="` echo ~/.ansible/tmp/ansible-tmp-160329.306709-12591-50051461")，退出结果为 1",

假设我有一个遵循标准目录布局的本地单体存储库。我有自定义模块<project_root>/library；我通过在 directory 下运行来初始化分子molecule init scenario -d podman目录<project_root>/roles/<some_role>。molecule converge说自定义模块无法解析。

通过指定--debug，事实证明ANSIBLE_LIBRARY不包括<project_root>/library。我试图添加MOLECULE_PROJECT_DIRECTORY=../..到<project_root>/roles/<some_role>/.env.yml；它现在找不到角色：ANSIBLE_ROLES_PATH指的是$project_directory/..，而不是$project_directory/roles。

我在 也有自定义过滤器插件<project_root>/filter_plugins，但根据此文档，默认值为ANSIBLE_FILTER_PLUGINSis $ephemeral_directory/plugins/filter/:$project_directory/filter/plugins/:~/.ansible/plugins/filter:/usr/share/ansible/plugins/modules，它不会找到自定义过滤器插件。

为这些用例添加分子支持的最简洁方法是什么？

这是一个后续问题：

清除 ansible-playbook 中的错误输出

上面的帖子提出了一种在遇到错误时更改 ansible-playbook 输出格式的方法。但我发现它对于 ansible-molecule （https://molecule.readthedocs.io/en/latest/index.html）在很大程度上是无效的。当我运行测试套件时：

它仍然会生成带有大量转义字符的错误消息：

ansible-molecule 可能无法识别目录下的 ansible.cfg 文件。我应该如何在测试中正确配置它？

我正在寻找一种可靠的方法来测试 GitHub 操作（或任何其他类型的 CI）上的 ansible 角色。不幸的是，它包含以下内置任务：

这给CI带来了很多麻烦。我可以选择默认启动一个 docker 实例：

（以分子.yml 格式），但 ansible 无法重新启动它，因为在实例中找不到 systemd 进程

我还可以将驱动程序切换到使用虚拟机的 vagrant。但是 GitHub 操作和任何其他类型的 CI 都没有运行它的能力。

那么在这种情况下，最佳实践是什么？

我创建了一个任务来初始化 ufw ，首先我安装 ufw 然后我想改变它的策略来拒绝：

当我运行时出现molecule converge此错误：

经过一番搜索，我意识到这是因为创建 docker 容器的能力，所以我将能力添加到了分子.yaml 文件中，但它根本不起作用，我得到了同样的错误。

这是我的分子.yaml 文件：