问题标签 [mclust]

我正在使用 foreach 循环来尝试加快我正在做的一些数据处理。我会上传完整的代码，但它大约有 2k 行，所以这似乎不值得。基本上，我有一堆矩阵（15 宽和 300 到 1500 长）需要使用 mclust 通过 Mplus。我有一个围绕 foreach 循环的 for 循环，其中包含 mclust 模型拟合。像这样的东西：

无论如何，我知道该代码适用于较小的数据批次（例如，如果我告诉它仅在每个数据集中的前十个上运行，它可以毫无问题地运行干净。但是，当我将其加速运行时完整的数据集，我得到这样的错误：

它似乎发生在脚本期间的不同时间点，并不总是在同一时间/地点。我试过搞乱它使用多少个内核（4-6），它在任何时候加载多少数据（一次全部 6.6 GB 到 1/10），我增加了工作内存（内存.limit(size=56000))，但这些更改都不允许代码无错误地运行。事实上，它还从来没有完成其中一个 i 循环。

有什么建议么？

我使用 MCLUST 并专门指定 K=3 簇，协方差矩阵类型为 VII。

如何创建如下图？它来自我的教科书：Johnson 和 Wichern 的 Applied Multivariate Statistical Analysis。请注意，该图在每个图中都有 2 个簇（正方形和三角形）。所以教科书在这里有一个错误。教科书使用了2个集群。

该图为我提供了 Iris 数据的所有 K = 2 个集群的多个散点图对。现在我想重点关注 Sepal.Length VS Sepal.Width，并在图中添加簇（椭球）。换句话说，我想在下面复制这个图：

我对fpc 包中的clusterboot功能的一些数据集有问题。
这是我使用的代码：

我收到以下错误消息：

在我看来，错误来自重新采样。这里它在样本 11 处阻塞。但根据选择的种子，它会在不同的迭代中工作或阻塞。

以前有人遇到过这个问题吗？或者知道如何解决它？

谢谢

为了制作流式细胞术实验的散点图，我在过去几周使用了以下代码。在运行代码时，我没有收到大量错误（从数据集中删除了 10,000 个条目中的 20 个）。

现在我想使用 Mclust 包中的基于模型的聚类，我使用 fviz_cluster 作为函数来创建散点图。只有这一次，我在运行下面的代码后收到以下错误。

警告消息： 1：在 self$trans$transform(x) 中：产生了 NaN 2：转换在连续 x 轴中引入了无限值 3：在 self$trans$transform(x) 中：产生了 NaN 4：转换在连续中引入了无限值y 轴 5：删除了 9110 行包含缺失值 (geom_point)。

谁能帮我解决这个问题？

几周以来，我使用以下脚本生成了一个散点图，其中包含大约 10,000 个（非零，正）数据点。由于转换的警告，只有少数 (<20) 个数据点未包括在内。

从这周开始，我想做一些基于模型的聚类。我编写的脚本（见下文）使用相同的数据集（10,000 个非零的正数据点），但由于以下原因而遗漏了 9,000 多个数据点：

这是第二个脚本：

编辑

一些附加信息：

数据集仅包含大于 0 的值。 Head(dots.Mclust) 提供以下内容：

该图在移除 x 轴和 y 轴上的缩放比例后，如下所示。显然，数据点出了问题。数据集中没有负值，但仍有（很多）点低于 0。此外，x 轴和 y 轴不覆盖条目 [12,] 中的值。这可能是问题的根本原因。但是这个错误值的问题是如何发生的呢？

这里的根本问题是什么？

我为带有 fviz_cluster 的聚集散点图编写了以下脚本。根据该图，x 有负值，y 有负值。

根据 head(dots.Mclust) （以及我的彻底分析），没有负值。

这种差异从何而来？fviz(cluster) 如何改变绘图上的值？是否进行了一些标准化或缩放？

我正在使用 Mclust 进行聚类。根据它的说明，“对于更高的数据维度，绘制成对密度的散点图矩阵。” 我在这个链接上练习了这个例子： https ://rdrr.io/cran/mclust/man/plot.densityMclust.html 我运行了代码：plot(dens, what = "density", type = "persp", col = gray(0.9)) 并得到下图：在此处输入图像描述

我发现轴值与原始数据不同。我试图理解这些值的含义，但找不到这个绘图函数的源代码。谁能告诉我这些值是如何获得的？为什么会有负值？是否对原始值进行了重新缩放/标准化以获得它们？为什么？这些值是什么意思？我们可以将原始值和密度值添加到矩阵中的每个图形吗？谢谢。