问题标签 [mclust]

我正在使用 R 的 mclust 库（http://www.stat.washington.edu/mclust）来做一些基于 EM 的实验性 GMM 聚类。该软件包很棒，似乎通常可以为我的数据找到非常好的集群。

问题是我根本不了解 R，虽然我已经设法根据 help() 内容和广泛的自述文件完成了集群过程，但我终生无法弄清楚如何写出来要归档的实际集群结果。我正在使用以下荒谬的简单脚本来执行聚类，

在这一点上，我有集群结果和总结。data.csv 中的数据只是多维点的列表，每行一个。所以每条线看起来像'x，y，z'（在3维的情况下）。

如果我使用 2d 点（例如仅 x 和 y 值），我可以使用内部绘图函数来获得一个非常漂亮的图表，该图表根据分配给它的集群绘制原始点和每个点的颜色代码。所以我知道所有信息都在“myBIC”的某个地方，但是文档和帮助似乎没有提供任何关于如何打印这些数据的见解！

我想根据我认为在 myBIC 中编码的结果打印出一个新文件。就像是，

然后 - 希望 - 也打印出聚类过程发现的各个高斯/聚类的参数/质心。

当然，这是一件非常容易做的事情，我对 R 太无知了，无法弄清楚......

编辑：我似乎已经走得更远了。执行以下操作会打印出一个有点神秘的矩阵，

经过反思，我意识到这实际上是样本列表及其分类。我想不可能通过 write 命令直接写这个，但是在 R 控制台中进行更多的实验让我意识到我可以做到这一点：

结果实际上看起来很不错！

其中第一列显然与输入数据的索引匹配，第二列描述了分配的类标识。

'mySummary$parameters' 对象似乎是嵌套的，并且有一堆对应于各个高斯及其参数等的子对象。当我尝试将其写出但单独写入时，'write' 函数失败取出每个子对象的名字有点繁琐。这让我想到了一个新问题：如何遍历 R 中的嵌套对象并将元素以串行方式打印到文件描述符？

我有这个“mySummary$parameters”对象。它由几个子对象组成，例如“mySummary$parameters$variance$sigma”等。我想迭代所有内容并将其全部打印到文件中，就像在 CLI 中自动完成的那样...

在数据上运行mclustICL（R包mclust 5.3）时会发生错误：

四舍五入解决了它：

但是我需要mclustICL在其他数据示例上使用函数，然后舍入不仅没有帮助，而且该函数仅在我不使用 round 时才有效，并且在我这样做时会抛出相同的错误：

我应该怎么做才能在两个数据上使用该函数以及为什么会发生这种行为？提前致谢！

我正在开发一个 R 包并测试该库是否应用于验证。从包含匿名函数的外部 Mclust 包 ( https://cran.r-project.org/web/packages/mclust/index.html )加载函数时会发生错误问题。使用requireNamespace()无法识别此函数。这是代码示例：

测试运行，但在里面找不到额外的 mclust 函数：

错误：转录本类型缺失标记 (@test-expr-filter.R#53) --------------- 找不到函数“mclustBIC

Mclust 从内部匿名函数调用 mclustBIC 的问题。在 RStudio 中运行完整包检查时会出现同样的问题。

加载所需的命名空间：评估中的 mclust 错误（expr，envir，enclos）：找不到函数“mclustBIC”调用：filterGeneExpr -> get.enr.bg.normfit -> -> eval -> eval

有什么策略可以解决这个问题吗？我也可以完全依赖包 mclust，但是这个功能是可选的，因此只使用 require 选项才有意义。

我目前正在使用 RStudio 对支持票证进行文本挖掘，并通过它们的描述（自由文本）对它们进行聚类。为此，我将 kmeans 与 EM 算法进行了比较。我使用 tm 包准备了数据，现在我尝试将聚类算法应用于数据矩阵。

使用 kmeans() 函数，我可以使用以下代码片段来输出文本簇 (kmeans21) 中最常见的 5 个术语：

直到现在，我还没有在 mclust 包中找到一个函数来做同样的事情。我的数据具有以下格式：

用命令

我可以看到每个 supportticket 的集群，但是是否也可以像在 kmeans 的第一个代码块中那样输出最常见的术语？

在 R 中，mclust 有一个参数“modelNames”，您可以在其中定义要实现的模型。我希望做一个单变量建模，它也在modelNames <- 'V'python 中的 mix.GMM 下的 mclust 中。但是，我发现唯一可以调整的是 covariance_type。尽管如此，当我使用 R 和mixture.GMMunder运行相同的数据时sklearn，尽管安装的组件数量相同，但我得到了不同的拟合。我可以改变什么mixture.GMM来表明我正在使用单变量变量？

集群代码：

GMM代码：

我正在尝试使用 mclust 包中的 Mclust 函数进行潜在类建模。基于糖尿病数据的小插图（https://cran.r-project.org/web/packages/mclust/vignettes/mclust.html ）中描述的示例就像一个魅力，但如果我在我自己的数据上使用它，我得到了很奇怪的结果。这是我的数据的样子：

所以这是我对 mclust 模型的输出——为什么我会得到这些疯狂的 sigma 方差？

我收到基于模型的其他代码的错误消息：

我不知道是怎么回事。谁能给我关于我在这里做错了什么的建议？

我想知道是否可以在 R 中运行 3 步潜在配置文件分析。

这将涉及将潜在配置文件视为分类变量，然后运行多项逻辑回归模型来识别配置文件成员资格的可能性（与参考配置文件相比的优势比）。这些也将针对个人资料成员的错误分类进行调整。

MPlus 7.3 可以运行此分析，但据我所知，这在 R 中无法实现。

提前致谢！

我尝试使用不同的方式在 RStudio 中安装 mclust 包 R

但我收到此错误：

我运行了这个命令sudo apt-get install gfortran来安装 gfortran，但它说gfortran is already the newest version (4:5.3.1-1ubuntu1).

谁能帮我吗？非常感谢！

在使用 Mclust 进行单变量拟合时，出现以下错误：

我正在使用中提到的代码： https ://cran.r-project.org/web/packages/mclust/vignettes/mclust.html#initialisation

这是我收到错误的代码部分：

以下链接包含要传递给变量“df1”的数据（文件名：dataSample.csv） https://drive.google.com/open?id=0Bzau9RsRnQreYk9XOWVBSm91b2o4NTQ4RlA2UFdWbDBVOVpR

在我的测试数据集上运行 mclust 时，我收到以下错误：

cdensEEV 中的错误（数据 = 数据，对数 = TRUE，参数 = 参数，：外部函数调用中的 NA/NaN/Inf（参数 1）另外：警告消息：在 cdensEEV（数据 = 数据，对数 = TRUE，参数 = 参数, : 强制引入的 NA

我的代码如下：

运行初始摘要时，一切正常，但是当我运行第二个摘要，特别是 newclass = Class.test 部分时，我得到了那个错误。我在数据集中没有任何 NA 值，当我之前为 Weekly 数据集执行此操作时，我没有任何问题。

任何人都可以帮忙吗？先感谢您。

亚当