问题标签 [lyx]

您可能知道，有一种技术，称为精确逻辑回归。来自 UCLA 的 idre 提供了出色的分析示例。( http://www.ats.ucla.edu/stat/r/dae/exlogit.htm ) 当我使用示例分析进行练习时，我遇到了 knitr (+ lyx) 的错误。

在网页中的语法列表中间，下面的语法会产生错误。Knitr 似乎可以很好地解释该块，但 lyx 会产生与 pdf 输出相关的错误。

lyx 会产生如下错误消息：

同时，在 lyx 的错误框中，我看到以下消息：

但是，块中的上述语法在 R 终端中运行良好，没有任何问题。我应该为块添加 knitr 选项吗？那这是什么？先感谢您。

钟华

我的最后 两个问题很尴尬，但我相信这个问题是真的。我的系统是新安装的，所以除了操作系统之外的版本都是最新的：Windows 7 SP1、R-3.0.1、Lyx 2.0.6、knitr 1.2、gdata 2.12.0.2。

首先，让我注意 gdata 在 RGui 中可以正常工作。现在，这是我要编译的文档：

这是输出。

gdata 包也成功加载到从命令行调用的 Rscript 中。我使用 LyX 导出了一个 .Rnw 文件，该文件从 RGui 和从命令行传递给 Rscript 的脚本成功编织。

当我第一次开始使用计算机时，我遇到了类似的（或者可能相同，我不能发誓错误消息的身份）的困难。那个时候是由于 Windows 7 用户帐户控制，当我弄清楚如何以管理员身份自动运行 R 时解决了（没有点击 - 甜蜜）。所以我尝试删除只读属性和所有可能涉及的所有安全限制——R 文件夹、LyX 文件夹、我的包文件夹、MikTeX。没运气。

接下来是什么？

ETA：据我所知，没有从 LyX 调用的 R 脚本可以加载 gdata 包。我更改了文件转换器以将 stdout 和 stderr 写入文件，这产生了与上面屏幕截图中看到的相同的错误消息，但在此之前：

无法在 @INC 中找到 Data/Dumper.pm（@INC 包含：C:/Users/cyanofsky/Documents/R/win-library/3.0/gdata/perl C:/Program Files (x86)/MiKTeX 2.9/miktex /lib .) 在 C:/Users/cyanofsky/Documents/R/win-library/3.0/gdata/perl/module_tools.pl 第 11 行。

BEGIN 失败——编译在 C:/Users/cyanofsky/Documents/R/win-library/3.0/gdata/perl/module_tools.pl 第 11 行中止。

在 C:/Users/cyanofsky/Documents/R/win-library/3.0/gdata/perl/supportedFormats.pl 第 9 行的要求中编译失败。

运行 'C:\Program Files\R\R-3.0.1\bin\x64\Rterm.exe --slave --no-restore --no-save --no-restore --file=C:/Program Files (x86)/LyX 2.0/Resources/scripts/lyxknitr.R --args C:/Users/cyanofsky/AppData/Local/Temp/lyx_tmpdir.Hp8008/lyx_tmpbuf3/xxxxxxxxx.Rnw C:/Users/cyanofsky/AppData/Local/ Temp/lyx_tmpdir.Hp8008/lyx_tmpbuf3/xxxxxxxx.tex ISO-8859-15'

ETA：对 Data/Dumper 的搜索得出了以下结果：

http://help.directadmin.com/item.php?id=189

我验证了我安装的 Perl64 有 Data 模块；它在 C:\Perl64\lib 中。因此，这是某个地方的某些路径变量配置错误的情况。这不是 LyX 的路径前缀变量；不，不，那太容易了。

Per Yihui的回答：

从 GUI（在本例中为 RStudio）中：

以下是对 Rscript 的调用：

I'm working on getting knitr and LyX re-installed and working on my fresh OS setup. I had it working previously. I installed the latest version of R (3.0.1), Knitr is ver 1.3.3, LyX 2.0.6 including the MiKTex 2.9 distribution, and RStudio 0.97.551 on a Windows 7 Enterprise computer. I can get pdflatex output if I open up Lyx and simply view the tutorial, so the basic system is working.

I've tried running old LyX files I had with Knitr, but now they fail. Initially there appeared to be a path issue, as the Rnw file was never created. Now it fails on converting to pdf as in the errors below, having completed the creation of the Rnw file.

If I use two examples linked below from Yihui Xie they both fail to compile to PDF in LyX. If I bring the Rnw file into R studio and try to compile it to pdf, it works for the knitr-intro.Rnw found here (link), but fails on the opts_chunk when I try knitr-minimal.Rnw created from the LyX file (here).

Any help would be thoroughly appreciated

UPDATE: Yihui's answer below is partially helpful.

It solved the Rstudio issue, by changing to knitr.

It also partially solved the LyX issue. I did have a path to R in LyX, in fact I had this path: C:\Program Files\R\R-3.0.1\bin where there are R and Rscript executables, but given it is a 64 bit install i needed to go one further down to C:\Program Files\R\R-3.0.1\bin\x64.

I can now run R chunks, however I am still having trouble compiling some of the examples. I can compile knitr-minimal.lyx, but not knitr-graphics.lyx. I'm guessing this might have something to do with font or the tikzDevice. I will report back. Thanks

UPDATE2: In fact tikzDevice is not available for R 3.0.1, so that explains the failure of that demo. After adding the fonts in my file through extrafonts in R, I'm back in business. Thanks!

我不断收到此错误；Rscript --verbose --no-save --no-restore- 我在这里看到其他人也得到它，所以我不希望它重复。

我只是一个想要学习一些 R 并希望能够在 lyx/knitr 中报告的“普通乔”，因此我一般不太了解乳胶或编码。

话虽如此，我会尽力描述这个问题。

我能够编译 knitr 文件夹中提供的一些演示，以及一些我自己制作的简单演示。但是由于某种原因，出现了上述错误并且文档被破坏 - 这意味着即使我删除了所有代码，我也无法编译它。

错误似乎几乎是随机出现的，在图片中您可以看到错误。第一次测试很顺利——虽然它在我使用 hist() 命令时出现了——这次它出现在我试图获取工作目录时，我已经能够做到没有错误。

我不确定这是我的错误还是 Knitr/Lyx 中的错误 - 希望您能帮助我确定是哪一个。

！！编辑; Lyx-log 按要求。

编辑2；

你是这个意思吗？

我在@and之间添加了一条线<<test>>=，它现在可以工作了。但我想我已经看到它在代码位之间有文本的地方失败了。我会注意这一点，以后会尝试查看源代码，谢谢您的时间！

当我尝试“编织 HTML”或使用 LyX 生成 pdf 时，我遇到了环境问题。当我直接运行 R 代码（或使用 Rstudio 编译 HTML 笔记本）时，就可以了。我已经用 knitr@1.3.7 (dev version) 完成了测试。我对 knit@1.2 没有问题

在 (test.Rhtml > test.R > init.R > kCommon.R) 之后给出的示例中，返回的错误是：

测试.R

test.R 来源init.R

init.R 来源kCommon.R

测试.Rhtml

会话信息

结果（删除选项后）

日志

针织新手在这里。喜欢这个包，一切都很顺利，除了在 LyX 中编译后两个图不会并排出现。不知道发生了什么，因为我正在逐字复制 knitr 图形手册 (knitr-graphics.lyx) 中的示例。

我的 LyX 代码（在 Figure Float 内）：

我无法发布图像，但在编译的 pdf 中，这些图彼此下方出现，而不是并排出现。

我的代码是直接从knitr 图形手册中复制的，所以我不明白为什么这些图不是并排的。

更改out.width乘数确实会更改绘图的宽度，但它们绝不会出现在同一条线上。

有什么建议么？

LyX 版本 2.0.5.1 R 版本 3.0.1 knitr 1.5

我正在用 Lyx (2.0.6) 编写一份简短报告，我有六块 R 代码 (3.0.2)，每块都生成一个图（即六个图）。问题是绘图总是显示在页面顶部，而我希望绘图始终紧跟生成它的代码。我已经尝试过块选项 fig.show="asis" 和 Documents -> Settings -> float placement -> here，但似乎都没有任何效果。有什么建议么？

如何在 LyX 中显示更多文本？使页面更宽？我有一份 A4 纸文件，但我现在已超出页数限制。如何使页面更宽？我的意思是，如何让每一行都有更多的单词？我改变了我的字体大小。如何更改 Lyx 中 A4 纸的边距？

我正在尝试在 Lyx 中使用 Knitr 进行绘图。当我跑

我得到错误

我尝试在起始括号中包含扩展名，但没有成功。我如何获得我的情节？

在第一个答案之后，尝试了这个：

定义函数（不是那么重要，只是为了展示我如何得到 y）

定义 y（不是那么重要，只是包括显示 y 是如何定义的）

运行的代码然后发生错误（请注意，我按照说明在纯 R 中安装了包）

相同的错误：LaTeX 错误：找不到文件“figure/unnamed-chunk-6.eps.bb”。

想将 tikzDevice 与 knitr 结合使用，但无法让 Yihui 的代码外部化 (Stat546-HW4-Xie.lyx) 演示工作。

Rscript 在路径中，Lyx 的“查看消息”显示：

我按照“将 Sweave 与 Lyx 一起使用”进行了设置，并确保 R 代码在 RStudio 中工作。

在此先感谢您的帮助。

Lyx 版本：2.0.7 R：3.0.2 MiKTeX：2.9

更新：

我刚刚发现，当我将文件（.lyx、.R、.csv）从保管箱中复制出来并从桌面运行时，它可以工作。Dropbox路径中的空格有问题吗？