我的最后 两个问题很尴尬，但我相信这个问题是真的。我的系统是新安装的，所以除了操作系统之外的版本都是最新的：Windows 7 SP1、R-3.0.1、Lyx 2.0.6、knitr 1.2、gdata 2.12.0.2。
首先，让我注意 gdata 在 RGui 中可以正常工作。现在，这是我要编译的文档：
这是输出。
gdata 包也成功加载到从命令行调用的 Rscript 中。我使用 LyX 导出了一个 .Rnw 文件，该文件从 RGui 和从命令行传递给 Rscript 的脚本成功编织。
当我第一次开始使用计算机时，我遇到了类似的（或者可能相同，我不能发誓错误消息的身份）的困难。那个时候是由于 Windows 7 用户帐户控制，当我弄清楚如何以管理员身份自动运行 R 时解决了（没有点击 - 甜蜜）。所以我尝试删除只读属性和所有可能涉及的所有安全限制——R 文件夹、LyX 文件夹、我的包文件夹、MikTeX。没运气。
接下来是什么？
ETA：据我所知，没有从 LyX 调用的 R 脚本可以加载 gdata 包。我更改了文件转换器以将 stdout 和 stderr 写入文件，这产生了与上面屏幕截图中看到的相同的错误消息，但在此之前：
无法在 @INC 中找到 Data/Dumper.pm（@INC 包含：C:/Users/cyanofsky/Documents/R/win-library/3.0/gdata/perl C:/Program Files (x86)/MiKTeX 2.9/miktex /lib .) 在 C:/Users/cyanofsky/Documents/R/win-library/3.0/gdata/perl/module_tools.pl 第 11 行。
BEGIN 失败——编译在 C:/Users/cyanofsky/Documents/R/win-library/3.0/gdata/perl/module_tools.pl 第 11 行中止。
在 C:/Users/cyanofsky/Documents/R/win-library/3.0/gdata/perl/supportedFormats.pl 第 9 行的要求中编译失败。
运行 'C:\Program Files\R\R-3.0.1\bin\x64\Rterm.exe --slave --no-restore --no-save --no-restore --file=C:/Program Files (x86)/LyX 2.0/Resources/scripts/lyxknitr.R --args C:/Users/cyanofsky/AppData/Local/Temp/lyx_tmpdir.Hp8008/lyx_tmpbuf3/xxxxxxxxx.Rnw C:/Users/cyanofsky/AppData/Local/ Temp/lyx_tmpdir.Hp8008/lyx_tmpbuf3/xxxxxxxx.tex ISO-8859-15'
ETA：对 Data/Dumper 的搜索得出了以下结果：
http://help.directadmin.com/item.php?id=189
我验证了我安装的 Perl64 有 Data 模块；它在 C:\Perl64\lib 中。因此，这是某个地方的某些路径变量配置错误的情况。这不是 LyX 的路径前缀变量；不，不，那太容易了。
Per Yihui的回答：
从 GUI（在本例中为 RStudio）中：
> strsplit(Sys.getenv('PATH'), ';')
[[1]]
[1] "C:\\Program Files\\R\\R-3.0.1\\bin\\x64"
[2] "C:\\Program Files\\R\\R-3.0.1\\bin\\x64"
[3] "C:\\Perl64\\site\\bin"
[4] "C:\\Perl64\\bin"
[5] "c:\\Rtools\\bin"
[6] "c:\\Rtools\\gcc-4.6.3\\bin"
[7] "c:\\Program Files (x86)\\AMD APP\\bin\\x86_64"
[8] "c:\\Program Files (x86)\\AMD APP\\bin\\x86"
[9] "c:\\Program Files (x86)\\Intel\\iCLS Client\\"
[10] "c:\\Program Files\\Intel\\iCLS Client\\"
[11] "C:\\Windows\\system32"
[12] "C:\\Windows"
[13] "C:\\Windows\\System32\\Wbem"
[14] "C:\\Windows\\System32\\WindowsPowerShell\\v1.0\\"
[15] "c:\\Program Files (x86)\\ATI Technologies\\ATI.ACE\\Core-Static"
[16] ""
[17] "C:\\Program Files\\Intel\\WiFi\\bin\\"
[18] "C:\\Program Files\\Common Files\\Intel\\WirelessCommon\\"
[19] "C:\\Program Files (x86)\\Intel\\OpenCL SDK\\3.0\\bin\\x86"
[20] "C:\\Program Files (x86)\\Intel\\OpenCL SDK\\3.0\\bin\\x64"
[21] "C:\\Program Files (x86)\\MiKTeX 2.9\\miktex\\bin\\"
> Sys.which('perl')
perl
"C:\\Perl64\\bin\\perl.exe"
以下是对 Rscript 的调用：
> load("~/lyxknitrpaths.RData")
> syspath
[[1]]
[1] "C:\\Program Files\\R\\R-3.0.1\\bin\\x644"
[2] "LyXDir\\bin"
[3] "$LyXDir\\Python"
[4] "$LyXDir\\Python\\Lib"
[5] "$LyXDir\\imagemagick"
[6] "C:\\Program Files (x86)\\MiKTeX 2.9\\miktex\\bin"
[7] "C:\\Program Files (x86)\\LyX 2.0\\ghostscript\\bin"
[8] "C:\\Perl64\\lib"
[9] "C:\\Perl64"
[10] "C:\\Program Files (x86)\\LyX 2.0\\\\Python"
[11] "C:\\Program Files (x86)\\LyX 2.0\\\\Python\\Lib"
[12] "C:\\Program Files (x86)\\LyX 2.0\\\\imagemagick"
[13] "C:\\Program Files (x86)\\LyX 2.0\\\\bin"
[14] "C:\\Program Files (x86)\\LyX 2.0\\bin\\"
[15] "C:\\Program Files\\R\\R-3.0.1\\bin\\x64"
[16] "C:\\Perl64\\site\\bin"
[17] "C:\\Perl64\\bin"
[18] "c:\\Rtools\\bin"
[19] "c:\\Rtools\\gcc-4.6.3\\bin"
[20] "c:\\Program Files (x86)\\AMD APP\\bin\\x86_64"
[21] "c:\\Program Files (x86)\\AMD APP\\bin\\x86"
[22] "c:\\Program Files (x86)\\Intel\\iCLS Client\\"
[23] "c:\\Program Files\\Intel\\iCLS Client\\"
[24] "C:\\Windows\\System32"
[25] "C:\\Windows"
[26] "C:\\Windows\\System32\\wbem"
[27] "C:\\Windows\\System32\\WindowsPowerShell\\v1.0\\"
[28] "c:\\Program Files (x86)\\ATI Technologies\\ATI.ACE\\Core-Static"
[29] "C:\\Program Files\\Intel\\WiFi\\bin\\"
[30] "C:\\Program Files\\Common Files\\Intel\\WirelessCommon\\"
[31] "C:\\Program Files (x86)\\Intel\\OpenCL SDK\\3.0\\bin\\x86"
[32] "C:\\Program Files (x86)\\Intel\\OpenCL SDK\\3.0\\bin\\x64"
[33] "C:\\Program Files (x86)\\MiKTeX 2.9\\miktex\\bin\\"
> perlpath
perl
"C:\\PROGRA~2\\MIKTEX~1.9\\miktex\\bin\\perl.exe"