问题标签 [lsf]

我正在尝试通过他们的 lsf 系统在服务器上运行脚本以提交作业。当我在不使用 bsub 的情况下运行 wget 时，wget 成功下载了我要获取的文件。但是，当我在 bsub 中运行相同的命令时，作业会运行，但是无论我允许作业运行多长时间，wget 都会卡住（下载文件只需要大约 10 秒）。以下是我运行的命令：

作业的stderr文件如下

--2012-07-05 20:57:59-- ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/1000genomes/ftp/data/NA192 38/sequence_read/ERR000018.filt.fastq.gz => `ERR000018 .filt.fastq.gz' 正在解析 ftp-trace.ncbi.nih.gov... 130.14.250.10 正在连接到 ftp-trace.ncbi.nih.gov|130.14.250.10|:21... 已连接。以匿名身份登录... 登录不正确。

有没有人有什么建议？提前致谢。

假设我使用类似bsub pwd. 现在我想获取该工作的工作 ID，以便为下一个工作建立依赖关系。有什么方法可以让 bsub 返回作业 ID？

基本问题：我想将N  + 1 个作业提交到 LSF 管理的 Linux 集群，这样在 所有前面的N个作业完成之前， ( N + 1)-st "wrap-up" 作业不会运行。

额外： 如果可能的话，如果我能安排一些事情，这样 ( N  + 1)-st ("wrap-up") 作业的第一个参数接收值 0（比如说），那将是理想的N个作业成功终止，否则值为不同于 0 的值。

这个问题（或至少标有“基本问题”的部分）比 LSF 似乎旨在处理的问题要简单bsub得多，所以我很难通过大量的文档bsub来找出做我想做的最简单的方法去做。

bsub实现这种安排的最简单的命令是什么？

更具体地说，我必须替换???下面的各种插槽以确保wrapup仅在所有foo作业完成后执行（理想情况下使用反映foo作业结束状态的参数）？

当我在 bash 终端中运行此命令时，它可以工作：

但是当我运行这个时：

这没用。我也尝试将 ' 更改为 \' 但也不起作用。

我收到以下错误：对于第一种情况：

对于我使用的情况\'

有什么想法让我弄乱了语法吗？我很困惑。

谢谢

我正在使用LSF bsub命令在 Unix 环境中提交作业。但是，LSF 作业正在等待子作业完成。

这是一个示例（有关以下示例脚本的详细信息）：

1. 没有 LSF：如果我parent.ksh在 Unix 中提交而不使用LSF，即在命令提示符中键入./parent.ksh，则parent.ksh提交 get 并在一秒钟内完成，而无需等待子作业script1.ksh，script2.ksh因为这些作业已在后台模式下提交。这是 Unix 中的典型行为。
2. 使用 LSF：但是，如果我提交我的parent.ksh使用LSF，即bsub parent.ksh，在提交后parent.ksh等待 180 秒（这是 2 号孩子所用的最长时间，即 script2.ksh）。请注意，我已排除处于待处理状态的工作所花费的时间。

这是我没想到的，我如何确保不会发生这种情况？

我已经检查过，script1.ksh并且script2.ksh在这两种情况下都被调用了。

父.ksh：

脚本1.ksh：

脚本2.ksh：

我正在以这种方式运行一段名为fit.m的 matlab 代码，

alldata.mat 有几个感兴趣的数据，即

我可以从命令行为给定的感兴趣数据运行这样的脚本（在我的示例中为 count=rxw1），

但是，我需要自动化运行，以便我可以告诉 matlab 使 count = mat 文件中的任何其他数据集。即，我想为不同的数据集并行编写脚本，但我需要类似的东西：

可以按照我的建议去做吗？我如何通过在调用脚本时将数据集的名称作为输入参数来自动运行脚本以针对我选择的任何数据集运行？

一旦我有了它，我计划通过 LSF 提交作业来实际并行运行它们，但将感兴趣的数据的名称作为输入，请记住这样的事情：

对不起，如果它太基本的 Q 但我不熟悉运行 matlab 命令行。

我对 LSF 平台有疑问，我无法解决问题。

出于编写脚本的原因，我需要使用 perl 脚本检查正在运行/挂起的作业与 'bjobs'（和其他 b***）。

由于某种原因它不起作用，我能够查看以下错误消息：

谷歌和手册中的一些研究并没有给出很好的结果，我做了一点测试。

我的帐户（最大）是 LSF 管理员。Root 也是 LSF 管理员。

所以我切换到 root，并尝试启动 bjob​​s，但使用 'sudo -u max' 是最大的。请看一下这些命令：

我该如何纠正？

我希望这里有一些 SAP-Netweaver-Experts ...

我在 SAP NWDS 中开发了一个非常简单的 JSF-Application

使用“适用于 JSF 的 SAP 组件库”

如果我运行 JSF 应用程序，我会收到一个弹出警报，其中包含以下文本“致命应用程序错误：不支持标准呈现文档类型。请联系您的管理员”

我不知道“标准渲染文档类型”是什么以及我可以在哪里配置它。

任何想法或提示？

问候凯

在 SGE 中，我们有

qsub -now yes/no <command>

通过“-now yes”，立即安排作业（如果可能）或根本不安排。我们没有被放入待处理队列。

如果不能立即执行，则通过“-now no”将作业放入待处理队列中。

但是在 LSF 中，我们有 qsub 的等价物 bsub 。

在 bsub 中，如果不能立即执行，我们将被放入待处理队列中。我们没有 qsub 中的“-now yes”选项。

我们在 bsub 中有什么东西是“qsub -now”吗

PS：一种解决方案是我们可以在运行 bsub 后检查一段时间（几秒钟），如果我们被安排了，然后退出。我正在寻找一种更优雅的方式。

我在网上和手册上搜索了这个问题需要的简单答案。

如果我在我的集​​群上创建新用户，并且如果我选中“busers all”，它们就不会出现。因此，他们不能使用“bjobs”、“bhosts”等......

一点帮助会很好！

干杯，

- 最大限度