问题标签 [knitr-spin]

我正在尝试将交互式、可排序的表放入使用 R 脚本中的 rmarkdown::render 生成的 html 摘要中。为了生成表，我使用 DT 包中的 datatables() 。报告生成良好，表格看起来也不错，直到您进行列级过滤/搜索，之后显示会显示一些有趣的问题。通过以下示例，我的问题将变得更加清晰。

生成表格（截图）：

如果我在 ID 列中搜索 048，它会显示正确的行，如下所示...

但是，如果我取消过滤器并将所有行恢复，则行 ID 列中缺少字符。

这会发生在我搜索的任何列或任何其他数据上。如果我使用主搜索框（在右上角），它不会发生。我在 Mac（OS X 10.11.6）上运行 RStudio（版本 1.1.463），但我已经在 Mac 上的 Chrome、Safari 和 RStudio 内置浏览器上测试了生成的 html 文件；以及 Win7 上的 Chrome 和 IE。关于如何解决这个问题的任何线索？

按照https://yihui.name/en/2018/11/biggest-regret-knitr的建议，我开始使用 UTF-8 编码保存我的 .R 文件（使用 RStudios“使用编码保存”）。似乎工作得很好，直到使用 spin_child。

例如，在 Windows 下，我有一个带有以下代码 的文件mainfile.R ：

subfile.R有这个代码：

在 Windows 下的 RStudio 中，我运行

如果两个文件都以 UTF-8 编码保存，则 Bär 1 输出正常，但 Bär 2 输出为“Bär 2”（这对我来说似乎是一个编码问题）。有趣的是，如果我将 subfile.R 的编码更改为 ISO-8859-1（系统默认值），两个 Bär 都会正确显示。对我来说似乎很奇怪我应该对不同的文件使用不同的编码，所以我想知道如果 spin_child 的输入文件也是 UTF-8，我该怎么办？

随着reticulate的出现，将 R 和 Python 结合在一个 .Rmd 文档中在 R 社区（包括我自己）中变得越来越流行。现在，我的个人工作流程通常从一个 R 脚本开始，在某些时候，我使用knitr::spin()纯 .R 文档作为输入创建一个可共享的报告，以避免代码重复（另请参阅Knitr 的最佳隐藏宝石：旋转以了解更多关于话题）。

但是，一旦 Python 代码参与我的分析，我目前就被迫中断此工作流程并在编译报告之前将我的初始 .R 脚本手动转换（即复制和粘贴）为 .Rmd。我想知道，有没有人知道是否——或者就此而言，永远——可以knitr::spin()在一个 .R 文件中同时使用 R 和 Python 代码块而不走这条弯路？我的意思是，就像在 .Rmd 文件中混合两种语言并在它们之间交换对象时一样。至少据我所知，engine = 'python'目前不可能添加诸如旋转文档之类的东西。

我想以这种方式从 RMarkdown 文件中编辑我的 R 块org-edit-special。我从jonathan leech-pepin找到了generic-edit-special ，它对html 文件中的 js、css 和 ruby​​ 做了类似的事情。我想我可以按照作者的建议对其进行调整，使其适用于我的情况，但即使是原始形式，我也无法使其工作。

我能够ges/org-edit-special从带有 js 脚本块的 html 文件运行该函数，但没有发生任何事情（没有错误，也没有新的缓冲区）。我使用此处的内部脚本示例作为此测试的 html 文件。

这是我为测试而制作的init.el：

我对 emacs 很陌生，通常使用 spacemacs，所以我想这只是我无法正确配置东西，但我现在显然迷路了。

我也知道polymode编辑 RMarkdown 文件，但不喜欢使用它。我更喜欢“外部代码缓冲区”方法。而且我也不能使用纯组织模式，因为我必须与不使用 Emacs 的人合作。

我正在使用命令从 .R 脚本创建 HTML 输出rmarkdown::render(input = "my_script.R")。它调用knitr::spin()并成功生成 HTML 输出。在那个 .R 文件中，有一个过滤变量school_level，我想通过调用来控制它的值render()。

我知道对于 RMarkdown 文件，我会在 YAML 标头中指定一个参数。但是我如何为 .R 脚本做到这一点？我没有在RMarkdown Cookbook之类的指南中看到它。

假设我要在 .R 脚本中修改的行是：

我应该在我的 .R 脚本中更改什么来控制school_lvl从调用到的值rmarkdown::render？使值school_lvl成为“小学”或“中学”。

我能够成功地将@SébastienRochette 在这篇StacOverflow 帖子中提出的解决方案付诸实践，在 bookdown 书籍中向 R、Python 和 Bash 代码块添加显示/隐藏按钮。它工作得很好，还允许您自定义块和按钮的背景颜色。

我不满意的一件事是我必须为我使用的每种语言复制 Javascript 代码。因此，我在codefolding.js中的代码如下所示：

工作解决方案是Minimal rTorch Book的一部分，可以在这里在线阅读，它的GitHub 存储库在这里。

它的工作方式bookdown是编写一个 R 脚本hide_code.R，它将 Javascript 代码和 CSS 作为标题附加到Rmd来自_output.yml.

knitr我很少使用 Javascript，我想知道您将如何修改此代码以提供基于 knitr 块内使用的引擎识别的多种语言。

笔记。我附上了knitr应用此隐藏/显示按钮后块外观的屏幕截图。

权威指南谈到将 HTML 片段添加到其他文档https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/html-document.html#html-fragments

它还将“包含”称为高级定制https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/html-document.html#advanced-customization

这允许在模板引擎中包含“标题”和正文之前/之后的 HTML 子元素。

在 RNotebook 的中间，我怎么说“insert-html-file-here”（类似于 Latex \input{} 表示法）？

高级内联“包含”的文档在哪里？

所以，我得到了初步回应，并想报告它。

我添加了[封装问题，因此使用<pre>它来获取它的本质]：

我创建了一个文件“testme.html”

我必须添加它，<BR />这样它才能在模板中播放得很好。

这就是浏览器呈现的样子。

这是 Knit-HTML 呈现的内容：

它不允许 child=testme.html 的 URL... 所以它不能通过 http:// 远程运行？？？

这是渲染的输出。它可能不喜欢嵌套的 DIV？第二个<BR />被包装在<p>标签中，第一个没有。

我从 CMD 提示符和 pdflatex 命令来到 RStudio。据我了解，RStudio 在幕后运行：

• 胶乳
• bibtex （如果你有 natbib 继续）
• 胶乳

我希望能够传递一些参数，例如“-quiet”或“-interaction=nonstopmode”

从命令行，这些都是可能的。

如何将自定义标志添加到 pdflatex 的 RStudio 实现？

在 Latex 中，通常使用“~”来引用标签，以保留附在标签上的数字，例如图形或表格。

https://tex.stackexchange.com/questions/227285/problems-with-tilde-and-line-break/227296显示了一个例子。

可以在此处找到一个完整的示例：

http://md5.mshaffer.com/WSU_STATS419/stackoverflow/tilde/

在 Rmd 文件中，http ://md5.mshaffer.com/WSU_STATS419/stackoverflow/tilde/reference-tilde.Rmd ，

我有以下内容：

请注意基本 Latex 用法中概述的“~”波浪号。

当我单击 Knit-PDF 时，它会输出一些我没想到的内容：

http://md5.mshaffer.com/WSU_STATS419/stackoverflow/tilde/reference-tilde.pdf

由于我选择了“keep_tex”，所以可以查看.TEX文件

http://md5.mshaffer.com/WSU_STATS419/stackoverflow/tilde/reference-tilde.tex可以在这里在线查看：http: //md5.mshaffer.com/WSU_STATS419/stackoverflow/tilde/reference-tilde.tex。文本

它似乎已将波浪号替换为文本版本：

我该如何纠正这种情况？

如何让乳胶按预期呈现？

如何让我的波浪号作为间隔号回来？

有没有办法只将某些块编织到 HTML 文档中？

假设我正在对 3 个不同的单元格标记进行分析，我可以告诉 R 在 Marker1 的开头开始编织并在 Marker 1 的结尾停止编织，然后在 Marker 2 等处开始编织以最终创建 3 个 HTML 文件吗？

我能想到的唯一方法是将我的分析分成多个 Rscript 文件，但我真的不想这样做。

谢谢您的帮助！