knitr::spin() 对于那些喜欢先写代码然后写文本的人来说是一个很好的工具。我想用它来生成几乎没有代码回显但有大量输出和文本注释的文档。但是，每次我关闭回显然后添加一些文本时，spin() 都会再次打开回显。

无论如何 spin() 从它正在旋转的 r 脚本中获取全局选项？自我概念的方式可能是

作为第一行，但 spin() 似乎无法识别它。有什么办法可以做到这一点？

标记

I use knitr's spin() function to generate html reports.

Is there a way to make spin() generate a table of contents (toc) for headings embedded in the comments somehow?

(Note: I cannot use pandoc for that and have to use the markdown & html generator provided by knitr.)

我有两个不同的 R 脚本。我喜欢 knitr::spin 的想法。我想知道是否有一种方法可以在这两个脚本上调用 spin，它们都使用 roxygen2 格式化并生成一个报告。

当我运行我的 r-markdown 代码来生成 PDF 时，有文本代替了图像。运行块并在“figure”文件夹中生成 pdf 图像，但图像应该在 PDF 中的位置是 text figure/unnamed-chunk-12.pdf。

我以前从未有过这种情况，并且已经成功地生成了许多带有图像的 pdf 文件。似乎是在spin(file, format = 'Rmd', report=F)运行时，![plot of chunk unnamed-chunk-12]和括号没有放在 md 文件中。

任何想法为什么会这样以及我如何纠正它？

例子：

呈现如下所示的 pdf：

我有一个 r 脚本，我想用它来使用 knitr spin 生成 HTML 报告。

运行的大部分代码都在循环/函数中。如何在文档中为在这些函数/循环中创建的内容生成标题？

我尝试了几种不同的方法，但到目前为止没有任何效果。下面给出了旋转时没有任何标题的可重复示例：

I've downloaded code from another programmer, and they have the following:

I recognize the #' as syntax from knitr spin. But I don't understand how it's being used here or what the @ symbol is doing. Please explain.

该knitr::read_chunk功能非常适合引用文档中的块。例如，给定一个带注释的 R 脚本：

...然后我可以在文档中引用块：

我的问题是：有没有办法做到这一点？我正在寻找一种方法来做类似的事情：

......或者可能是......

...这将具有与以下完全相同的效果：

不一定knitr——也许这可以通过bookdown文本引用来完成？

奖励：如果我也可以在 R 脚本中设置块选项，那就更棒了。我知道knitr::spin（和knitr::spin_child）让你做这样的事情：

如果块引用有类似的语法，那就太棒了 - 即如果这可行：

或者，也许对此的解决方案是以某种方式knitr::spin/knitr::spin_child，但仅限于特定的块？

我正在处理一个我收到的降价文件，它希望使用我以前从未使用过的 knitr 包将一些脚本编写成代码块。

我遇到的问题是脚本在放置在块中时似乎没有工作，但是当我在该上下文之外运行它们时工作得很好。

例子：

这样可行。

这不起作用。这是错误的回溯：

有人对如何解决此问题有任何建议吗？

我正在寻求一种将 Rmd 文档（包含对各种“子”文件的引用）呈现到没有这些依赖关系的独立R Notebook 的方法。

目前，.Rmd 代码块位于许多 .R、.py 和 .sql 文件中，并在报告中使用

其次是

如此处所述。

我这样做是为了避免代码重复并允许单独运行源文件，但是这些代码块只能通过调用knit或render（何时read_chunk运行并且代码块可用）在报告中执行。

有没有办法在只填充这些块的情况下分拆 Rmd（在编织之前）？

这个功能

extraction几乎到达那里，因为它在删除和填充时留下了降价文件，chunk_from_myscript但是由于这些文件是直接降价文件，因此这些块不再可执行并且缺少块选项。它显然也不包括eval=TRUE, echo=FALSE运行生成的笔记本所需的块。

我也看过，knitr::spin但这意味着将报告的内容传播到每个源文件，并不是非常理想。

代表

报告.Rmd

我的脚本

期望的输出

笔记本.Rmd

正如您将在下面的最小示例中看到的那样，我使用knitr::spin()with global option dev=c('png','svg')。原因是我想要PNG报告中的而不是SVG，因为我担心后者会使我的浏览器变慢（我的绘图通常有数千个数据点），但仍然想要SVG准备演示文稿等，我想要PNG不能提供的决议（见脚注）。

所以我的问题是：有没有办法将所有 PNG 放入 /figure/，将所有 SVG 放入另一个目录（例如 /figure/SVGs/ 或 /SVGs/）？

这是使用一些自旋语法的最小示例，但重要的是以下行opts_chunk：

请注意，我已经尝试过fig.path=c('figure/', 'figure/SVGs/')，但这会产生以下错误：

dir.create(dirname(name), recursive = TRUE) 中的错误：“路径”参数无效

期待您的回答！

菲利克斯

脚注：虽然我可以将 fig.width/height 设置为 14 左右，但这会使点、字体大小等变得非常小；虽然有一些选项可以尴尬地改变这一点，但输出 SVG 也是优雅而有效的