问题标签 [hierarchical-clustering]

我有一个矩阵数据，并想用热图将其可视化。行是物种，所以我想将系统发育树可视化到行旁边，并根据树重新排序热图的行。我知道heatmapR 中的函数可以创建层次聚类热图，但是如何使用我的系统发育聚类而不是图中默认创建的距离聚类？

目前我正在使用 javascript 库Clusterfck来执行数据分组。该库生成以下格式的数组：

但是用于数据可视化的 javascript 库如何 D3.js 和Jit使用 JSON 结构如下所示：

我想使用 JavaScript 或 PHP 转换这些结构。有人可以帮我吗？

我的混合模型如下：

有人告诉我应用下面的代码来绘制残差与拟合值，并且它起作用了：

但是，当我尝试绘制残差与预测变量单位的关系时，它向我显示了一条错误消息。

我应该怎么做才能解决这个问题？谢谢。

我使用 D3.js 生成树状图，用户将在其中看到聚类的结果。但是，为了保持显示干净，我希望父节点尽可能简单（没有文字，没有圆圈）。

这是当前显示数据的方式：http: //i.imgur.com/Cz52Fhl.png

这是我希望它显示的示例（方向无关紧要，重要的是内部节点没有文本或圆圈）：http: //i.imgur.com/Oo2A0b7.png

编码...

我目前正在从事一个生物信息学项目，将分析药物并根据相似性模式对结果进行分组。

为此，我使用欧几里得距离和马氏距离等算法。我目前正在使用库Clusterfck，但它非常有限，并且完全不默认生成信息。

我想知道 JavaScript 或 PHP 中是否有其他库已经实现了这些计算。

是否可以进行混合聚类Weka Knowledge Flow？所以我们可以将 K-means 算法的输出重定向到层次聚类的输入？谢谢。

我想将库Figue中的返回数组转换为D3 Phylogram。我构建了这个函数，但没有工作：

下面是D3的数据示例：

在这里，从Figue返回的数组和平（使用我上面的函数）：

我正在尝试使用 opencv 2.4.2 中的分层聚类方法。

它可以正常工作，但问题是，我不了解它接受的参数，例如。分枝...

而且我认为我的问题是我总是只有一个集群。

我的输入是一个 cv::Mat LBPH 特征（用于人脸检测），行数为 12，列数为 6272。无论分支因子的值是多少，我总是只得到一个簇，它的质心是行数的平均值来自输入矩阵 grouppeed_one_ferson_features。你能建议吗？？？

非常感谢！！！

继承人的代码：

我不是统计和数据分析方面的专家，因此我无法理解我获得的行为是否正确。我在这里寻求你的帮助。

假设我有这些我想聚类的样本（平面上的 10 个点 - 问题的简化版本）：

要对它们进行聚类，我可以使用聚类树

这是（由dendrogram(Z,10)）

现在我想根据连接到树节点的距离来提取集群。

说我的距离是150，我希望那个电话

归还我2集群。但它只给了我一个（我想），即

我错过了什么？

我有我的 Facebook 朋友的无向朋友图，G即G[i][j] = G[j][i] = true如果我的朋友i和朋友j彼此是朋友。我想找到“令人惊讶的”共同朋友，即我通常不希望彼此认识的一对朋友。我可以应用哪些好的启发式/算法？我最初的想法是运行一个聚类算法（不确定哪一个是最好的），看看我是否能找到跨集群的边。还有其他想法吗？我可以使用什么好的聚类算法来接收 G 并吐出聚类。