问题标签 [h5py]

我正在使用 h5py 分组保存数据（浮点数）。除了数据本身，我还需要在 hdf5.xml 中包含一个附加文件（一个 .xml 文件，包含必要的信息）。我该怎么做呢？我的方法错了吗？

我的 h5 树应该是这样的：

是否可以在 HDF5 中创建仅指向数据集的超切片的链接？

例如，我有一个大小为 1000 x 3 的数据集，将 (a,b,c) 表示为时间的函数，比方说。现在我想要一个指向“a”数据（1000 x 1）的链接。这可能吗？

[在谷歌上广泛搜索后，我学到了宝贵的一课，即“链接”在谷歌查询中基本上是无用的。而且我无法从 HDF5 文档中看出，所以如果这是愚蠢的，我很抱歉。]

可能重复：
在 OS X 上安装 h5py

我正在尝试让 h5py 在我的 OS X Lion 10.7.3 Macbook Pro 上工作。它以前工作过，但不知何故被卸载了，我无法再次安装它。似乎与安装 XCode 4.3 有关，但我不确定。

导入 h5py 时，出现以下错误：

我想这与 HDF5 库有关。它还没有安装，所以我先安装了它

这没有给出任何错误。但是最后会出现以下警告。我想这很重要：

我不是 100% 确定这意味着什么，但我猜这个库是为 i386 架构编译的，但是这个目录中有更多文件它不会抱怨：

后来我自己也编译了源代码，从 HDF5 组网站（http://www.hdfgroup.org/HDF5/）下载。使用以下配置行，以确保它使我添加了共享库 --enable-shared 并禁用了 fortran：

我已经删除了 h5py 和 hdf5 库并重新安装了几次（都自己编译 h5py，如使用 pip 和 easy_install），但这似乎没有帮助。

我还使用我刚刚使用此命令制作的构建安装了 h5py：

我还将我的 numpy 和 scipy 安装更新到了最新版本。

我有一个包含三个数组的现有 hdf5 文件，我想使用 h5py 提取其中一个数组。

我正在尝试通过 h5py 将科学数据导出为 HDF5 容器格式，以供其他软件读取。

我有一个 7 维 numpy 数组，我通过 h5py.File.create_dataset() 创建一个数据集。这工作正常。

但是，我找不到任何方法来为 h5py 中的这 7 个维度分配任何物理比例（例如米、千克、角度……）。我找不到任何有关如何执行此操作的文档。

根据HDF5 参考资料，这是可能的。

这是在 h5py 中实现的吗？我知道 HDF5 是可能的。

谢谢你的帮助！

我正在开发一个涉及 RHEL 6.3 (x86_64) 系统上的网络消息队列（msgpack、zmq、...）的项目。我正在安装最新的 glib、gevent、pygobject、pygtk 等软件包，以使 pylab / matplotlib 工作（也没有成功）。

放弃后，我回到了我的代码，不知何故我设法破坏了我的 hdf5 / h5py 安装 - h5py 在导入时找不到 libhdf5.so.7。我立即在 RHEL 6.3 (x86_64) 上的 /usr/local/hdf5 中重新安装了 hdf5-1.8.9，如下所示：

这似乎工作得很好。然后我去重新安装h5py（在python 2.7.3中）：

无法在测试中导入 _errors 文件，如下所示：

在我安装上述软件包/压缩包之前，h5py 工作正常，我不记得碰过任何看起来像 hdf5 的东西。有任何想法吗？

编辑：试图找到文件只显示在我解压它的位置：

如何绕过 h5py 中的磁盘 I/O？目前我必须做这样的事情：

我想做这样的事情：

我的问题是速度——磁盘 I/O 是一个太大的瓶颈。是否有一种快速简便的方法来创建 h5py 文件对象字符串，然后将文件提取为字符串？如果涉及到它，我愿意选择像 Cython 这样的东西......

我创建了一个包含 3 个双精度数和一个布尔值的数组，并使用以下方法numpy将它们写入文件h5py：

h5py为布尔字段创建枚举类型：

现在我需要使用 C 读取这个文件，事情变得复杂了：

我不明白如何定义具有枚举的类型：

我在 gist 上粘贴了一个完整的“不工作”示例，该示例尝试读取使用前面的 python 片段创建的 hdf5 文件：

http://gist.github.com/3168909

有人有建议吗？谢谢！

我想知道是否有一种简单的方法可以使用 h5py 检查 HDF5 文件中是否存在节点。

我在文档中找不到任何东西，所以现在我正在使用异常，这很难看。

添加上下文：在尝试创建具有相同名称的新节点之前，我使用它来确定节点是否存在。

我有一个问题，我现在花了几个月的时间来解决！

本质上，我正在运行需要读取并保存到 HD5 文件的代码。我为此使用 h5py。

调试起来非常困难，因为问题（无论是什么）只发生在大约 5% 的情况下（每次运行需要几个小时），当它到达那里时，它会完全崩溃 python，所以用 python 本身调试是不可能的。使用简单的日志也无法确定确切的崩溃情况——它似乎是非常随机的，在代码中的不同点崩溃，或者有延迟。

我尝试使用 OllyDbg 来弄清楚发生了什么，并且可以安全地得出结论，它始终在以下位置崩溃：http: //i.imgur.com/c4X5W.png

似乎是在调用 python 本机 PyObject_ClearWeakRefs 后不久，出现访问冲突错误消息。奇怪的是文件被成功写入。什么会导致访问冲突错误？或者是python内部（例如堆栈？）而不是文件（即我的代码）相关？

有谁知道这里发生了什么？如果没有，是否有更聪明的方法来找出到底发生了什么？也许一些隐藏的python日志或我不知道的东西？谢谢