问题标签 [graphdb]

我最近问了一个问题，关于在启用 OWL 推理的情况下将大约 1000 万条语句加载到三元存储库中的可行性。

这导致了一些 StackOverflow 评论以及我的研究小组内部关于我们是否真的需要 OWL 推理的讨论。

我将从一个似乎不需要OWL 推理的真实世界查询开始。

“41167-4120-0”是识别美国商业药品“盐酸非索非那定 180 MG 口服片剂 [Allegra]”的 NDC 代码。

NDC 的略微修改版本显示为药物本体中的标签（特别是文件dron-ndc.owl）：

DrON 做出以下 OWL 断言：

ChEBI 说：

和

因此，为了将 NDC 代码和治疗角色联系起来，我可以编写如下查询

关注点：

如果不进行推理访问嵌套的子类关系呢？

上面的例子很简单，因为非索非那定被直接断言具有“抗过敏”作用

如果我对服用硝酸酯的人感兴趣怎么办？硝酸甘油是一种硝酸甘油，它又是一种硝酸酯。如果我使用没有启用推理的存储库，我将不得不显式使用属性路径来查找正在服用任何硝酸酯的患者，使用这样的片段（对吗？）

那么推断个人所属的类别呢？

如果我的本体说类似

我有数据三元组，说的是

我想为服用伟哥药片的患者写一个查询：

我需要某种形式的 OWL 推理，对吧？

我正在使用 graphDB（ontotext 数据库图），我想在 graphDB（.pie 文件）中重现 Pellet reasoner 在 Protege 中的行为。通过这种方式，我想在 graphDB 中获得与在 Protege 中相同的行为。我已经在 GraphDB 中实施了规则，但我不确定如何重现 Pellet 行为。我已经阅读过 OWL-DL 和 DL 语义（Pellet 是基于该语言构建的），但我没有找到实现的规则以及如何在 GraphDB 中重现它。

任何想法重现这种行为？

谢谢

我SAPRQL INSERT WHERE在 GraphDB 上运行“大”，它似乎并没有使用所有可用的物理 RAM。

我正在使用 64GB、4 核 CentOS 6.9 服务器

我像这样启动 GraphDB 8.3.0：

这是一个非推理回购，如果这有什么不同的话

这是 sysinfo 页面的内容

申请信息：

JVM 参数

最高输出：

这是内存利用率页面的截图

我目前正在使用他们的 RDF4J API 与 ontext 的 GraphDB 集成。

我正在尝试插入和替换大量语句，理想情况下是一次性插入和替换。我目前正在我的 Fuseki 实例（我正在迁移）上执行此操作，方法是为我想要插入到我的图表中的每个三元组创建这个块（目前仅使用默认图表）并update使用分号将其作为一个调用提交到将语句分开（进入post正文的位置）；

我一直在研究 API，据我所知，Statement Post Method( POST /repositories/{repositoryID}/statement) 只允许在名为 的查询参数中使用类似的 SPARQL 1.1 更新字符串update。

这意味着我最终会将数千个这样的 SPARQL 块附加到查询参数上，这确实感觉不对。

我是否遗漏了您如何更新 GraphDB 中的语句？我应该遵循更好的策略吗？

编辑 1

在玩了之后，我创建了以下似乎可行的方法，但是我不能说它是否被认为是一种好方法；

任何帮助将不胜感激。

非常感谢，约翰

我python用来运行一些sparql查询。我想从中提取信息 http://factforge.net/sparql

此查询适用于factforge网站，但在本地我收到以下错误EndPointNotFound: it was impossible to connect with the endpoint in that address, check if it is correct.

我尝试使用内置于 graphdb 的 OWL2-RL 规则。我显然做错了什么或理解错了什么。这是我的玩具本体。

如果我没有误解OWL2-Profiles中的表 2，那么这个本体应该在 OWL2 RL 配置文件中。我希望“InvB”被归类为 A 类。但事实并非如此。它实际上与推理器（HermiT，Pellet，...）有关，但与规则（Drools，Graphdb）无关，这是规范中的一个空白。

如何“修复”我的本体或有任何解决方法？

干杯，

罗伯特

是否可以在 OntoRefine（GraphDB 8.3 的一部分）中使用 OpenRefine 扩展？如果是，如何？

OntoRefine 基于什么版本的 OpenRefine？

我喜欢使用 R 中的rrdf或SPARQL包来探索我的三重存储的内容。我相信他们在后台使用 cURL。除了端点地址和查询本身之外，它们还可以采用其他参数。

这是 GraphDB 关于基于 cURL 的查询的注释：http: //graphdb.ontotext.com/documentation/standard/quick-start-guide.html#query-data-programmatically

我可以发誓我过去从 R 连接到了一些受密码保护的 Triplestore，但我不记得我是怎么做到的。它可能是 Stardog 或 Blazegraph。

我将通过 VPN 连接。我希望我可以放宽关于不在纯文本 URL 中嵌入敏感数据（如密码）的常规规则。

• 我可以通过将用户名和密码作为 URL 的一部分连接到受密码保护的 GraphDB（或任何其他符合 RDF4J 的三元存储）吗？
• 或者，我是否可以通过 cURL 与 GraphDB 建立经过身份验证的连接/会话，而不是在某些 Java 或 Scala 代码中建立安全连接？

在 GraphDB 工作台中运行 SPARQL 查询后，可以使用 Google 图表进行一些漂亮的可视化（除了未归属的“数据透视表”选项卡。）

我有去识别化的医院记录，但我仍然需要尽可能保守。

如果我使用 GraphDB 中提供的 Google Charts 或 Pivot Table 选项卡，我的查询结果是否会发送到我的服务器和客户端之外的任何计算机，以创建可视化？

如果您不知道确切的答案，但可以建议一种方法进行我自己的研究，我当然会自己尝试。也许与我的浏览器的开发人员工具有关？我希望避免使用加壳嗅探器应用程序。

我一直在尝试（到目前为止没有成功）用“更广泛的等于”条件过滤值。也就是说，忽略变音符号。

到目前为止，我已经尝试过使用XPath函数fn:contains, fn:compare, fn:translate, fn:starts-with，但它们似乎都不起作用。

是否有任何其他方式（除了链接replaces）将排序规则添加到这些函数中或实现相同的目标？