问题标签 [geometric-mean]

我想通过跨列的特定行的几何平均值来划分每个单元格中的值，然后对其进行对数转换（自然对数）。

结果

第 1 行的计算示例

我想计算几何级数的总和。即： 1 、 5 、 25 、 125 等我尝试使用数学公式来计算它： a(r^n -1)/(r-1)

我的代码：

显然代码有问题，只有像我给出的示例这样的一些值有效。不知道为什么QAQ

我认为问题是符号^ 任何人都可以解释^java中的作用吗？欣赏它

我有一个数据表，我想在其中标准化“性别”中的名称并根据每个组计算几何平均值（如表中的 x、y 和 z）。

感谢您的帮助。下面是data.table。

谢谢你。

有没有办法像这样使用它

或者

我有一个表，其中包含混合顺序的年、月、期、region_code、item_code、current_price 列，如下所示：

我想使用滞后函数获取每个项目的 previous_price，但无法做到这一点。之后，我想计算每年、每月、区域代码和项目的当前和上个月的几何平均值。每个项目每个月都会有一个 TOTAL 行。我想得到的结果表如下所示：（我没有计算演示表的 CUR_GEO_MEAN 和 PREV_GEO_MEAN 值）

我试图通过编写大量查询来计算，但都失败了。我是这个领域的新手，所以你展示/建议的一切都会对我有很大帮助。提前致谢。

我有一个由 OTU 表组成的数据集，其中行 = 样本，列 = OTU，如下所示：

Otus <- data.frame(OTU_1 = c(0, 0, 1), OTU_2 = c(12, 0, 5), OTU_3 = c(0, 5, 3), row.names = c("S_1", "S_2", "S_3"))

我把它从上面phyloseq移到DESeq2使用phyloseq_to_deseq2命令没有问题。现在它是一个DESeq2对象，我想通过以下命令使用方差稳定转换来规范化 OTU 表：

但是，我不断收到此错误：

estimateSizeFactorsForMatrix(counts(object), locfunc = locfunc, 中的错误：每个基因至少包含一个零，无法计算对数几何平均值

在进行了广泛的研究以了解此错误后，我发现这意味着如果我的每一列（OTU_1、OTU_2、OTU_3 等）都包含零，则 DESeq2 无法计算其几何平均值。这确实是我的情况，因为我的所有列确实包含至少 1 个零，对于每一列。但是，我发现使用用于计算微分表达式的不同命令可以解决完全相同的错误。在这种情况下，解决方法是sfType = poscounts在DESeq命令内应用，如下所示：

但是，此命令不会填充我所追求的方差稳定矩阵，它仅计算原始 OTU 表中的微分表达式。

我已经查看了小插图并阅读了varianceStabilizingTransformation命令（使用R），但它没有sfType克服这个问题的标志。

有没有办法解决这个错误，所以我可以获得一个方差稳定的矩阵？