问题标签 [gdcm]

我想在 API QT 5.13.1（MinGW 7.3.0 64 位）中使用 C++ 运行 GDCM lib（v.3.0.0）来读取 DICOM 文件。当我包含头文件并查看库中的所有方法时，这是正常的。但是当我尝试运行时出现上升错误：

对“_imp__ZN4gdcm11ImageReaderC1Ev”的未定义引用

这是我已经尝试过的：

1. 包括所有 GDCM 库

2. 降级gpp

dcm_reader.pro 文件

主文件

我怀疑这个错误是由于我没有完整版本的库或 GDCM 库不适合 QT 兼容。

编译输出：

我在 CentOS 7 上的 Anaconda Spyder 上使用 Python 3.7.3。

我有一个位于单个文件中的 3D DICOM 卷：/usr/share/aliza/datasets/DICOM/00_MR/Tra_FLAIR.dcm

返回

返回 12。

我尝试使用以下代码读取卷。

这导致

我试图打开一个压缩版本的 Dicom 文件（JPEG 2000 图像压缩）。

• 我使用了不同的免费软件工具以及 Python 库（pydicom, VTK, OpenCV）来打开它，但都没有成功

• 在pydicom中，decompress()适应数据集的传输语法，但不适应 Photometric Interpretation

• 它似乎GDCM也可以处理压缩版本，但是在 Windows 上没有“一键式”安装的解决方案GDCM[已解决！]

我将不胜感激有关此的任何建议。

迪康标签：

在我的 Python 3.7 中，我想阅读 DICOM。但我面临这个通知：

NotImplementedError：此传输语法 JPEG 2000 图像压缩（仅限无损）无法读取，因为 Pillow 缺少 jpeg 2000 解码器插件。

我已经尝试过这个解决方案，但是 anaconda 提示给了我这个：

失败的

UnsatisfiableError：发现以下规范存在冲突：- gdcm -> python=3.6 -> python_abi=[build=*_cp36m] -> pypy[version='<0a0'] - python=3.7

使用“conda search --info”查看每个包的依赖关系。

我应该怎么办？

我是从源代码编译的初学者，所以我需要你的帮助！

由于我需要在 CentOS 7 上执行 gdcmdump，我正在尝试安装 gdcm。

首先我试图

git clone --branch release git://git.code.sf.net/p/gdcm/gdcm

但它失败了。所以我克隆了这个版本

git clone https://git.code.sf.net/p/gdcm/gdcm gdcm-gdcm

并且做了

mkdir gdcmbin cd gdcmbin cmake ../gdcm make make install

没有任何错误。

但不知何故，我无法执行 gdcmdump。（显示“找不到命令”）

我还尝试了另一种选择（我不确定它是否正确）：

我从https://github.com/malaterre/GDCM/releases/tag/v3.0.5下载了 GDCM-3.0.5-Linux-x86_64.tar.gz 并解压。

我在其中找到了“bin”、“include”、“lib”、“share”目录。但我不知道如何处理这些......

任何意见表示赞赏！

在我的系统上（通过apt install libgdcm-tools）安装 libgdcm-tools (2.6.6-3) 后，我不再能够pydicom在 Python 中导入。运行时import pydicom as pdc出现以下错误

AttributeError: module 'gdcm' has no attribute 'DataElement'.

删除 libgdcm-tools 并不能解决问题。

我在 Ubuntu 18.04 中使用 Python 3.7 和 pydicom 2.0.0。

我正在尝试构建一个依赖于 GDCM 的库。因此，我按照 INSTAL.txt 文件中提供的说明安装了 GDCM，并且没有任何问题。但是，当我尝试使用 cmake 构建依赖它的库时，我收到以下消息：

这是文件中的一部分代码（来自报告的行GDCMConfig.make:37）/usr/local/lib/gdcm-3.8/GDCMConfig.make：

在我为 GDCM 看到的所有关于如何写入图像数据的示例中，他们总是将图像卷视为一个整体的、有凝聚力的缓冲区。基本结构沿线

我使用这种方法面临的问题是，如果正在制作额外的副本，我需要存储的图像数据量很容易超过可用的系统内存；具体来说，这些是 4096×4096×2048 体素的体积，每个体素 12 位，因此内存中大约有 48GiB 的数据。

但是，使用gdcm::DataElementand的方法gdcm::Image::SetDataElement显然会在 中创建数据的完整副本buffer，这很麻烦。一方面，我的成像系统产生的数据并不作为一个有凝聚力的单一值块驻留在内存中。它被分成几片。并且数据总量适合仅使用一次的系统的内存。

对我来说，逐片读取数据是微不足道的，这将显着减少内存需求。但是我很茫然，如何使用 GDCM 来完成。

我已经下载了 gdcm 源代码 (v3.09) 并尝试编译 gdcm2vtk 模块，但出现错误。

我首先使用 cmake (v3.21.1) 和 VS2019 编译了 VTK 源 (v9.03)，然后尝试编译 gdmc2vtk，但在 gcdm 解决方案上出现错误，例如： 严重性代码描述项目文件行抑制状态错误 C1083 无法打开包含文件: 'vtkImageMapToColors.h': 没有这样的文件或目录 vtkgdcm C:\Users\Mati\Downloads\GDCM-master\Utilities\VTK\vtkImageMapToWindowLevelColors2.h 46

还有一些。

我认为是因为我需要在 VTK 编译中包含这些模块，但我尝试并仍然得到相同的结果。

我可以查看任何分步说明吗？或者我可能做错了什么的任何建议？

GDCM 解决方案下的所有其他项目都可以正常编译，但 gdcm2vtk 让人有些头疼。

谢谢，