问题标签 [gam]

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r - 如何更改 R 中 vis.gam 图中的绘图区域颜色?

我有这个数据集:

我想更改 vis.gam 函数中的绘图区域颜色(反转灰色 - 绘图轮廓中的数字越高,绘图区域的颜色越深,反之亦然):

我只想反转调色板。如果不可能,请手动更改。我尝试过这样的事情(我只是偶然选择了名字)

但这不起作用。

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r - 在 gamlss 之后使用 edf() 命令出现“替换长度为零”错误

我正在研究一个包含 44000 名新生儿的数据库,只有两个变量: gestational age at birth in weeksbmi. 没有空格。

我运行一个gamlss

一切似乎都很顺利:我得到了百分位曲线和百分位预测。后来我尝试获取参数的edf,如下所示:

或像这样:

并且总是出现以下错误:

无法弄清楚为什么。我真的很感谢你的帮助!

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r - R 软件:使用 cozigam() 函数时出错

我正在使用 COZIGAM 包对物种的潜在分布进行建模。我有响应变量(“pb”,它告诉物种存在的位置)和预测变量(例如海拔、温度、降水等)。当我运行这个公式时:

它出现一个错误警告,即:

as.matrix(x) 中的错误:找不到对象“高度”

但是,当我运行时as.matrix(sdmdata2),'altitude' 变量在我的矩阵中退出。的输出dput(head(sdmdata2))是:

有人知道是什么问题吗?

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r - 在 R 中可视化 GAM 模型

有谁知道如何gam很好地可视化 R 中模型的平滑分量?我真的很想可视化函数的输出之类的东西visreg。下面的这段代码说明了我的问题

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r - R中的gam函数问题

我正在尝试拟合广义加性逻辑回归模型,但出现了一个奇怪的错误:

为什么它会告诉我这里没有数据参数,而显然有?

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r - 二项式时间 GAMM 不收敛 (R::mgcv)

我对混合效果和加法模型都很陌生,所以如果这里的答案很简单,我很抱歉。

我收集了关于几种代谢化学物质(M1、M2...)、协变量(时间、种族、性别...)和疾病状态(D、D.binary)的数据。我正在尝试根据从 GEE 变量选择中选择的变量生成 GAMM。

数据:

  • 8 例,51 例匹配对照
  • 每个受试者大约 10 个时间点
  • ~630 次观察
  • M1,M2...M3 是代谢物,其中许多是由共同部分形成的,代谢物水平相关,因为它们竞争相同的组成部分
  • 协变量将受试者分层为亚组

这是我现在的模型:

在此处输入图像描述

在此处输入图像描述

我怀疑我可能搞砸了一些相当基本的东西,因为 M1 是疾病状态最明显的鉴别器。它很重要(应该如此),但相关性非常低。此外,很明显,模型没有收敛(即使我将迭代次数从 20 增加到 50)。最后检查图看起来非常离谱

问题

我犯了基本的语法错误吗?我正在查看的模型中是否有一些恶意组件?任何帮助将不胜感激。

进一步的工作

我想在模型中添加另一个代谢物 (M2) 和 2 个协变量(出生体重和种族)。当我将 M2 添加到模型中时,我得到一个非收敛错误:

任何有关进入多维空间的建议也将不胜感激。

添加

我还使用离散疾病分类(对照:0,1 疾病:2,3)和泊松噪声尝试了这个模型。

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r - MGCV 获取设计矩阵

以样条为基础的 GAM 回归由以下成本函数定义:

cost = ||y - S \beta ||^2 + scale * integral(|S'' \beta|^2)

其中S是由样条定义的设计矩阵。

在 RI 中可以gam使用以下代码进行计算:

我想获得由函数S生成的设计矩阵。s()

我怎样才能做到这一点?

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r - 从跨数据帧应用的多个 GAM 中提取模型可靠性

我已经能够在数据帧中迭代地应用通用加法模型,所以其中 sp_a 是响应变量......

这会在响应变量和每个解释变量之间迭代地创建一个 GAM。但是,我将如何从每个模型中提取 p 值或 s.pv。有人知道怎么做这个吗?另外,像这样按照他们的 AIC 分数对他们进行排名会很棒......

但是从原始的“Gam”输出中选择它。感谢您提前提供任何帮助。

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r - 带有栅格预测器的 GAM 模型中的错误

虽然这个问题已经在stackoverflow上讨论过,但我不太清楚如何解决我的具体情况

我有一个光栅文件,我将其读入:

我的回答是在场和不在场(分别编码为 1 和 0)(共 9674 分)。我gam使用包构建了一个模型mgcv,如下所示:

当我运行它时,我收到以下错误:

我认为这个错误是由我的栅格中的 NA 引起的。如果删除 NA,则网格的总数等于存在-不存在点的数量。我不确定现在该怎么做:

我尝试过的一件事是:

这从我的光栅中删除了 NA,但是在我运行模型之后,它带有一些非常有趣的图表,我完全确定这是错误的。当预测变量是光栅并且响应是向量时如何运行游戏的任何建议。我在与栅格相同的投影中具有响应的 XY 坐标。谢谢您的帮助。

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r - 在游戏模型中实现丢弃功能时出错

mgcv我使用包构建了我的游戏模型

我想建立一个最小的足够模型,即删除那些没有任何解释能力的变量。我使用以下drop功能执行此操作:

但是,这给了我一个错误,上面写着:

谁能告诉我这个错误是什么意思以及如何解决它?

谢谢