问题标签 [directory-tree]

我有一个现有的snakemake RNAseq 工作流程，它可以与如下目录树一起正常工作。我需要更改工作流程，以便它可以容纳另一层目录。目前，我使用 os.walks 父目录并为示例通配符创建一个 json 文件的 python 脚本（示例通配符的 json 文件也包括在下面）。我对 python 不是很熟悉，在我看来，为额外的目录层调整代码应该不会太困难，希望有人能善意地指出我正确的方向。

我需要适应的结构如下

为示例通配符生成 json 文件的主脚本如下

我似乎无法想出一种方法来容纳那个额外的层。除了 os.walk，还有其他模块或功能吗？我可以以某种方式强制 os.walk 跳过目录并合并部分和示例前缀吗？任何的意见都将会有帮助！

编辑添加：我不清楚描述我的问题，并注意到第二个示例不能代表问题，我相应地修复了示例，因为第二个树取自其他人处理的目录。我得到的数据有两种形式，一种是仅一种组织的样本，其中目录由 WD、采样文件夹和 fastq 文件组成，其中 fastq 文件与它们所在的样本文件夹具有相同的前缀。第二个示例是来自两个组织的样本。这些组织必须彼此分开处理。但是两种类型的组织都可以在单独的“部分”中找到，但是来自不同“部分”的相同类型的组织必须一起处理。如果我能让 os.walk 返回四个元组，甚至使用

其中 * 会将目录字符串的其余部分附加到 files 变量。不幸的是，此方法不会转到第三个子目录“root/part/sample/fastq”的文件级别。在理想情况下，相同的蛇形管道将能够在用户输入最少的情况下处理这两种情况。我知道这可能是不可能的，但我想我会问，看看是否有一个模块可以返回每个示例目录字符串的所有部分。

正如标题所解释的，我已经尝试了这个网站上已经发布的问题的几个答案。问题是，我试图能够选择我挖掘的文件夹的级别。例如，如果我只想选择直接子目录，它看起来像这样：

但是，如果我想要相同但同时显示已经提到的子目录的直接子目录，它看起来像这样：

PD：我对 Python 还是很陌生，所以我可能很明显地遗漏了一些东西。

编辑：我重新提出了这个问题，所以我可以更好地解释我的问题，因为它显然令人困惑，并且按照我所说的方式没有任何意义。

我有一个具有这种结构的本地目录（没有文件，只有子文件夹）：

我想从本地选择这个文件夹（'root-dir'），然后生成一个目录树 JSON。

我尝试过的解决方案：

输入文件

输入文件仅在文件夹中有实际文件时才有效。

文件系统目录读取器

https://developer.mozilla.org/en-US/docs/Web/API/FileSystemDirectoryReader/readEntries

发现此解决方案是非标准解决方案，不建议使用。

我想要一种在 C 中创建多个目录的简单方法。

例如，我想在以下位置创建目录：

/a/b/c

但如果目录不存在，我希望它们自动创建。我怎样才能做到这一点 ？

我需要制作一个包含所有子文件夹的文件夹的副本，但是在没有目录附带的任何文件的情况下执行此操作。

在 Python 中，我使用该os.walk函数在目录中自上而下处理大量子文件夹中的大量图像。我想制作这个文件夹树的精确副本（os.walk 函数通过）并将它放在我指定的不同目录中。这是为了允许我将输出图像保存在它们来自的文件夹的等效副本中。

我试过了：

但不知道如何将其编辑为我想要的。如何使用 python 命令将空文件夹树复制到我选择的目录？

我应该使用该shutil.copytree命令还是应该在 for 循环中放置一些东西来处理图像或其他东西？

我想创建一个从根目录开始递归显示子目录和文件的应用程序。有一些目录/子目录不能被管理员帐户访问。启动应用程序时，我希望它获得系统权限以显示整个目录树。我怎样才能做到这一点？

我有 ftp 服务器，里面有很多子文件夹和文件。我需要从 ftp 中检索文件夹结构，它显示了来自指定起始路径的所有文件夹和子文件夹的名称。我对每个文件夹中包含的文件不感兴趣，只对目录树感兴趣。我正在使用 PHP，但我的服务器不支持 mlsd。

感谢帮助。

我实现了自己的递归函数，由于某种原因它不起作用。

ftp_rawlist返回目录信息为：所以01-18-20 01:00PM <DIR> DirName首先我爆炸<并检查它是否成功。如果是，则表示其中有一个字符串DIR，并且可以在>. 它可以用正则表达式完成，但现在对我有用。如果我打印$file_path变量，我会看到它发生了变化，所以我假设递归有效。但是，$result数组始终为空。对此有什么想法吗？

我有一个大约 900 字、excel、PDF 文件的目录，我的最终目标是我只想扫描目录中的 PDF 文档，将它们移动到一个文件中，给它们加上时间戳，然后搜索它们的某些公司名称，返回找到文本的文件名/日期戳。

我编写此代码的第一步是首先通过剥离我不需要的内容/同时复制 PDF 文件来组织我的文件，重命名每个 PDF 文件以在每个文件名中包含创建日期。但是，我正在努力使这些第一个基础知识发挥作用。到目前为止，这是我的代码，位于少数文件的测试目录中 - 到目前为止，我已将其设置为打印每个文件夹、子文件夹和文件名，以检查遍历是否正常工作，这很有效：

如果没有我注释掉的最后一点print(modification_date(filename)，这似乎可以打印出任何 pdf 的目录和名称。

但是，由于我的代码中包含 print(modification_date(filename)，我收到了 FileNotFound 错误。所以该函数似乎不知道目录路径，这就是它失败的原因。

谁能建议编辑如何获取日期戳，然后更改每个 pdf 名称以将其包含在开头或结尾？我正在查找文件上次保存的日期。

非常感谢

我知道我们可以使用os.walk()列出所有子目录或目录中的所有文件。如何生成如下的树结构，而不仅仅是列出所有目录？在某些子目录中，我有数百个文件，那么如何只显示子目录中的几个文件而不列出所有文件呢？