问题标签 [cray]

我正在根据http://docs.h5py.org/en/latest/build.html上的教程安装 h5py 安装成功。然而，测试失败，

我懂了：

看起来 cython 找不到共享库，我该如何附加它？谢谢。

我有一个 MPI 应用程序，它有一个命令行选项-ss来指定一个参数。多年来，我一直在各种 Cray 机器上成功运行此程序，包括 ARCHER (www.archer.ac.uk) 和 XC30。操作系统最近升级，作为此 ALPS 的一部分，升级到版本 5.1.1-2.0501.8507.1.1

现在，当我使用 启动计算节点上aprun的程序时，程序接收到的选项为--ss.

使用 shell 脚本而不是完整的应用程序进行检查

确认此选项由aprun.

显然存在一个错误aprun（我已经报告过），但是在修复之前如何解决这个问题？

我尝试使用 Cray Fortran 编译器编译 OpenACC Fortan 代码...

失败并显示错误消息

所以显然我必须指定目标加速器。问题是，我在任何地方都找不到有关如何执行此操作的任何文档，而不是在 Bing 搜索中，尤其是在 crayftn 手册页中。任何人都知道使用什么标志？

顺便说一句，我正在尝试为 nvidia Tesla K40 进行编译。我现在被 Cray 编译器困住了。即使我现在可以使用另一个编译器，我最终也必须为 crayftn 解决这个问题。谢谢。

The error message:

The module mMatrices (in mod_matrices.f08) calls the function allocator_rank_2_sub which is in a submodule smAllocations (in mod_sub_matrices_allocators.f08). The code worked before breaking the module mMatrices into a module and a submodule.

The module:

The submodule:

The compilation via make:

The last portion of `makefile'

The machine: Cray XC30

The compiler: Fortran 5.2.82

The question: What needs to be fixed?

The corrected code fragment incorporating @IanH's fix:

我正在使用 cray-mpich/7.4.0。当我做

它打印 4 而不是 8。这是为什么呢？集群机器肯定是 64 位的。

我已经在另一个集群上使用 openmpi/1.10.2 进行了尝试，并打印了 8。

所以我有一段代码将 9 个变量写入文件：

但是代码在不同的机器/编译器上给了我不同的结果：如果我在 Cray 集群上使用 PathScale 编译器，我会得到：

（每 x 列后换行）

但是如果我在不同的集群上使用 GNU 编译器，我会得到：

（没有换行符，代码按预期工作）

我的两个编译器的生成文件如下所示：

我需要文件写入像在第二种情况下一样工作。由于系统管理员的限制，我无法在 Cray 上安装不同的编译器。有没有人见过这个/知道问题可能是什么？任何帮助，将不胜感激！

Specifically, Cray requires a special command (aprun) embedded within the qsub request to execute the job on a batch node (Cray defaults to running on login/compute nodes without the aprun syntax). When hand-keying a qsub request to Cray Linux supercomputers, the directed syntax is:

Where the user provides 'return' after the -V (denoting passage of parameters in the qsub statement) and after the executable/parameter set. Ctrl-D terminates the input and executes the qsub/aprun command.

The problem is, there are a variety of ways described on the net for inputting the Ctrl-D (which simply means EOF) in a BASH script, but none of them work in the context of the qsub-embedded aprun command.

What I need to do is execute this same syntax for multiple qsub/aprun commands in a single script. How do I code this in BASH?

我正在 Cray 上构建 NWChem。我的 Cray 环境中的 cc 已将 libtcmalloc_minimal 添加到存档文件中。在我的配置例程中，它显式地附加了第二个 -ltcmalloc_minimal 导致多重定义和配置失败。但是没有任何 configure.* 文件或 makefile（或NWChem 包含的任何文件）包含对 tcmalloc_minimal 的任何引用。

• tcmalloc_minimal 是如何进入那里的？
• 我怎样才能把它挡在外面？

我正在尝试在 mpi4py python 脚本上运行 16 个实例：hello.py。我在 s.txt 中存储了 16 个此类命令：

我通过这样的 aprun 命令在 Cray 集群中提交这个：

我的意图是当时每个节点运行 8 个这些 python 作业。脚本运行了 3 个多小时，并且没有创建任何 *.out 文件。从 PBS 调度程序输出文件我得到这个：

我在一个节点上运行它，它有 32 个内核。我想我对 GNU 并行命令的使用是错误的。有人可以帮忙吗？

我正在尝试在Cray XE6上运行它：

在s.txt我有 16 行是这样的：

hello.py只是打印hello。我的脚本永远运行。我在一个有 32 个核心的计算节点上运行它。计划是提交前 8 个hello.py以运行，parallel当他们完成时再运行 8 个。我是parallel命令新手，有人可以看看我的语法是否有问题，特别是如何在aprun命令中使用它。