问题标签 [conda-build]

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python - python包和导入,从模块导入错误

我正在使用 python 包打包conda-build并遇到了一些问题。我可能遗漏了一些基本的东西,如果你能指出我正确的方向,我将不胜感激。

包裹看起来像

module_1 看起来像

如果我从父文件夹导入包,例如:

我得到错误:module_2 not found

如果我像import foo.module_2everyhting一样重写导入工作正常。这是处理包间导入的正确方法吗?

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anaconda - 带有fortran扩展的python包的conda-forge配方不适用于appveyor

我正在尝试获得一个 conda-build 配方以通过 conda-forge/staged-recipes 上的所有 CI 测试。这是拉取请求的链接 python 包有一个 fortran 扩展,并使用setup.py中的 numpy.distutils来构建扩展。Linux 的 Circle CI,OSX 的 Travis-CI 通过,但我无法让 Appveyor for Windows 使用 conda-build 配方。

当使用 Miniconda 为Windows的 Appveyor 构建和用于OSX 和 Linux的Travis CI 构建包 repo 时,一切正常并且测试通过。我还可以让 conda-build 配方在 Windows 和 Linux 上本地工作,但正如您从 conda-forge 的拉取请求中看到的那样,使用 Appveyor 的 Windows 测试未通过。

导入测试无法加载 fortran 扩展,ImportError: DLL load failed: The specified module cannot be found.扩展模块被复制到站点包目录copying build\lib.win-amd64-3.6\timml\besselaesnew.cp36-win_amd64.pyd C:\bld\timml_1541596078787\_h_env\Lib\site-packages\timml,所以我很难过为什么找不到它。我阅读了 .pyd 和 dll 之间的区别,并尝试了这里提到--compiler=mingw32的而不是。那仍然没有用。在阅读了这篇文章之后,我还添加了主机和运行部分,但没有帮助。--compiler=msvczlib

任何获得 Python 包的 conda-build 配方以及在 Appveyor 上工作的 fortran 扩展的提示将不胜感激。windows 文件中的编译器参数在setup.py下面复制,以防万一。

if os.name == "nt": compile_args = ["-static-libgcc", "-Wall", "-shared"]

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r - 无法 conda 构建 R 包

我正在尝试使用 conda 和 Jupypter 编写一些 R 代码。我找到了一个名为“treatSens”的有用软件包,并尝试按照此处的说明通过 conda 安装。

然后我得到了这个错误conda_build.exceptions.DependencyNeedsBuildingError: Unsatisfiable dependencies for platform osx-64: {"r-dbarts[version='>=0.9_1']"}。我如何满足这种依赖?任何建议表示赞赏。

===更新====

添加--recursive然后我得到一个新错误,在 这里发布了一个新问题。

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r - Conda 构建 R 包在 MacOS Mojave 上的 C 编译器问题上失败

我正在尝试使用 conda 安装一个名为treatSens 的 R 包,以便在 Jupyter 笔记本中使用它。我执行的命令:

conda install conda-build conda skeleton cran treatSens conda build r-treatsens conda install -c local r-treatsens

我得到了关于 C 编译器的错误

我的铿锵版本:

查看我看到的 config.log 文件

使用特定版本的 Apple C 编译器构建 Conda 似乎是一个问题。我的猜测是我需要为 conda build 定制 C 编译器。所以我的问题变成了

  1. 我需要什么正确的 gcc 版本。
  2. 如何为 conda build 设置它。
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python - conda-build 使用旧的(陈旧的)setup.py

我正在尝试从一些 python 源文件和其他 DLL 文件生成一个 conda 包(使用 conda-build)。我首先使用 setup.py 文件在 dist 文件夹中生成 python 源代码 tar.gz 文件。这一切都很好。

然后我尝试使用 conda-build 创建一个 conda tarball (tar.bz2) 文件。然而,它却说它不能在 setup.py 中处理好 py2exe。我曾在 setup.py 中导入 py2exe 作为实验,但此后将其删除。当前的 setup.py 没有这个导入。所以,我不确定为什么 conda-build 仍然抱怨这个。我什至尝试删除我认为可能导致问题的所有文件和目录并从头开始,但它仍然会抱怨。所以,它使用了某个地方的缓存文件,但我不知道在哪里。conda-build 使用的我的 bld.bat 就是这样的:

我的食谱文件是:

这是 conda-build 的相关输出:

(%BUILD_PREFIX%) %SRC_DIR%>%BUILD_PREFIX%\python.exe setup.py install Traceback(最近一次调用最后):文件“setup.py”,第 2 行,在 import py2exe ModuleNotFoundError: No module named 'py2exe'

(%BUILD_PREFIX%) %SRC_DIR%>if errorlevel 1 exit 1 Traceback(最近一次调用最后一次):文件“d:\Continuum\anaconda3.5\Scripts\conda-build-script.py”,第 10 行,在 sys.退出(主要())

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conda - conda build 后如何获取 conda 包的路径

我正在尝试在 makefile 中自动化 conda 构建过程。我使用以下命令构建了一个 conda 包。

foo-1.0.0-0.tar.bz2在 下创建一个文件dist/conda/linux-64。接下来,我想对该文件做一些额外的事情。但我不知道确切的路径,因为包名称、版本、内部版本号和平台可以更改。

如何在 Makefile 中实现这一点?我已经尝试过在 conda 构建期间创建的一些环境变量,但似乎它们仅在构建期间可用。

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python - 配置 conda build 以从 conda 包输出中排除某些文件夹

tl;博士:

你如何排除被打包的文件夹conda build

语境

我正在构建我的第一个包conda build

我的 meta.yaml 文件如下所示:

我的根目录(setup.py 和 meta.yaml 文件所在的位置)如下所示:

有些文件夹之所以存在,是因为它们在原型制作过程中很有用,但我不想从存储库中删除它们。

如何从 conda 构建的包中排除文件夹(如inputnotebooks此处)及其内容?

有关信息,我使用以下命令构建:

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python - conda build 无法识别 Conda 包?

我正在尝试使用 conda build 和 meta.yaml 文件创建一个 conda 包。大多数依赖关系都处理得很好,但其中一些会导致问题。我知道这些包都可以一起工作,因为我在我的开发环境中使用它们。

我对 yaml 文件的要求部分如下:

所有引起问题的软件包(见下面的错误)都可以通过 conda 安装,例如:

conda install -c psi4 psi4

conda install -c omnia openforcefield

conda install -c openeye openeye-toolkits

conda install -c rdkit rdkit

但是,在调用时conda build .出现以下错误:

conda_build.exceptions.DependencyNeedsBuildingError: Unsatisfiable dependencies for platform linux-64: {'rdkit', 'openeye', 'psi4', 'openforcefield'}

我相信 .yaml 的其余部分是正确的,因为其他任何内容都没有出现错误。我需要更具体/使用一些特殊代码来识别包名称吗?或者问题可能是别的。

谢谢你的帮助。

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r - 由于 C 编译器,conda build R 包失败

我正在尝试安装一个名为rcddusing的 R 包conda build,但 C 编译器存在问题。请注意,这个问题看起来非常类似于 Conda build R package failed at C compiler issue on MacOS Mojave但是因为(i)该问题仍未得到解答,并且(ii)这与不同的包有关,我认为这不是一个重复的问题。

我正在使用 MacOS Mojave,conda 4.6.8。r-base在安装并安装了新的 conda 环境中r-essentials ,我尝试

并得到以下错误

config.log 文件包含相同的错误消息。当我尝试直接从 R 安装时也会出现同样的错误 - 即使用install.packages('rcdd'). 但是,我可以使用conda未安装的 R 版本安装此软件包。这个解决方案不能令人满意,因为我想用它rpy2来连接 python 和 R,这似乎需要通过 conda 安装 R(例如,见Getting Segmentation fault Core dumped error while importing robjects from rpy2

我的 clang/gcc 版本是:

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conda - 在开发模式下安装 conda 包是什么意思?

我在查看 Conda 的文档时发现了这个:https ://docs.conda.io/projects/conda-build/en/latest/resources/commands/conda-develop.html?highlight=develop

它解释了如何在开发模式下安装包,但似乎没有解释这实际上意味着什么以及它与正常安装有何不同。