问题标签 [cbmpy]

在某些数据集中，我有时会观察到我想将其纳入我的模拟的固定通量比。我怎么能在 CBMPy 中做到这一点？

例如，我有来自这里的模型，现在想将琥珀酸流出和丙酮酸流出的比率限制为 2.0。我知道如何对个人反应设置限制：

对于这种情况，比率是正确的，但我如何将它添加为所有条件都满足的约束？

我有一个基因组规模的化学计量代谢模型iMM904.xml，当我在文本编辑器中打开它时，我可以看到某些基因添加了注释，例如

如何访问和更改此注释？当我尝试

我只看到一个空字典。

另外，我怎么能添加注释last modified by和实际注释呢？

I have a model and want to add an entire new pathway to it. Some of the metabolites already exist in the model, others have to be created. I also have to add GPRs to the reactions using genes not yet present in the model.

I found the function addReaction, but always get an error when I use it:

AssertionError: ERROR: requires a Reaction object, not something of type <type 'str'>

Any ideas how I can pass a reaction object and add metabolites and a GPR?

所以前面的问题显然没有被明智地提出。所以这是改写后的原始问题：

我正计划从 nothong 建立一个新的 GSMM（即我需要一个空模型，0 反应/代谢物/隔间/GPR/注释，但具有工具箱将接受的适当模型结构）。

我曾经使用 Matlab 和 COBRA 工具箱，但最近改用 Python 和 cbmpy 工具箱。我知道如何通过 COBRA 在 Matlab 中创建模型结构，但不知道如何使用 cbmpy 在 python 中创建模型结构。我对cmbpy的功能真的不熟悉，在这里寻求帮助。

有几种方法可以满足我的需求：

1. 最愚蠢的方法：读取现有模型并删除其所有内容。

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同样，以“mod.delete ....”开头的不同功能将清除所有内容。最终你会得到一个干净的空模型。

2. 按照 Cleb 的建议，我查看了源代码并找到了我需要的功能

   p>

然后创建一个 ID 为“名称”的模型对象。这是一个非常简单的问题，如果您找到了正确的功能，它的答案也非常简单。稍后您可以逐渐添加反应/代谢物/等并指定目标反应。当然也可以直接使用cbm.CBModelTools.quickDefaultBuild，但您需要准备必要的参数来添加反应/物种/边界/目标。

我想只为选定的反应做 FVA，在我的情况下，是在隔间之间的运输反应（例如细胞质和线粒体之间）。我知道我可以这样selected_reactions使用doFVA：

有没有办法获得整个运输反应列表，而不仅仅是我手动添加的两个？我考虑过根据结局选择反应，tm但失败了'R_ORNt3m'（可能还有其他反应）。

我想与其他人分享这个模型。在 SBML 文件中存储信息的最佳方式是什么？目前，我会将信息存储在反应注释中，就像在 这个答案中一样。例如

可以解析。