问题标签 [brms]

我正在编写一些由同事汇编的代码，并expose_functions()在brms. 当我得到错误时（一旦我确定我没有粗心大意的东西），我开始了一个新的 R 会话，确保我的所有包等都已更新，然后再次尝试 - 同样的错误。

在这一点上，我去了小插图（这里）并运行了该代码 - 错误完全重复了。

以下是小插图的相关部分：

这些都不是原始代码 - 它直接取自小插图。当我运行它时，我生成了 32 个警告和一个错误：

Error: $ operator is invalid for atomic vectors

这与我运行其他代码时发生的情况完全相同。我确定是我而不是代码，但我看不出我在哪里出错了。

以防万一它可以帮助任何人找到解决方案，这里是各种警告的列表（仅限唯一警告）。它们中的大多数看起来“无害”（基于此），但有些可能不是。

我是 STAN 和贝叶斯建模的新手，我正在尝试使用brms包使用 COM-泊松分布来拟合模型，以获取一些分散的计数数据。但是，我正在努力应对 STAN 的发散和崩溃。警告包括

数据：数据集

我的模型是

我通过使用glmmTMB.

有什么建议可以在这方面取得进展吗？我已经确定第一个年龄 = 1 和年龄 = 2 var / mean > 1，并且我知道brm( ... family = com_poisson)与过度分散的斗争，但其余数据明显低于分散（<0.5）。

任何帮助将不胜感激

我想知道如何编写两个相互作用因素的随机效应。例如，我有 6 个物种，它们被种植在 48 个地块中，并在两个街区中进行了复制。6 个物种共有 48 种组合（所有可能的 1、2、3、5 和 6 种组合）。

通过设计，组合实际上嵌套在多样性中：组合是每个多样性级别的正确复制；因此，多样性的影响应该针对多样性水平内组合之间的（随机）变化进行测试。由于多样性或物种丰富度是一个连续变量，我不能认为组合嵌套在多样性中。

我想将块和组合之间的交互作为随机效应。我不确定如何在 R 的混合模型中正确写入。谢谢

我目前有大约 500 个嵌套混合效果模型要运行，一个模型使用链间并行化需要大约 2-3 小时才能运行。但是，我可以使用 64 核机器，因此我希望在 brms 中使用链内并行化来减少我的模型的运行时间。但是，我不确定如何为每个模型设置线程数和内核数。我计划使用 4 条链，并希望通过尽可能减少运行时间来最大限度地提高效率。任何指导都会非常有帮助。