问题标签 [blat]

我需要使用 blat 工具。我需要找到基因组中某些基因的起始和结束位置。我从以下链接下载了该工具： http : //genome.ucsc.edu/FAQ/FAQblat.html，一个 blat 文件 + blatSrc.zip 文件。我不知道如何运行它。用户指南可在以下链接中找到： http ://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/blatSpec.html

谁能告诉我我必须写哪个命令才能得到我的结果？

谢谢。

所以......这是我的问题。原谅我，我在编码方面非常缺乏经验，但我正在努力为我的公司工作。

我们正在寻找一些方法来在 gmail 出现故障时通知用户电子邮件中断，因此我找到了一个程序“Blat”，它通过我们的 SMTP 服务器执行此操作。

我浏览了他们的支持文档和谷歌，但似乎找不到如何解决这个问题。运行 blat 的最佳方式（我知道吗？）是创建一个 .bat 文件，其中包含它需要执行的执行。对于 -to 功能（电子邮件中的 to: 部分），我想让它调用一个包含电话号码的 excel 或 csv 文档。有没有办法做到这一点？

我有这个代码：

它使用 blat 发送电子邮件，但它给出了错误：

提供的参数不足

有谁知道我做错了什么？谢谢。

问题：输出文件“single_hits.txt”为空：

我已经从 Linux 下载了要在 Mac OSX 10.7.5 上使用的脚本。由于它不起作用，因此需要进行一些更改。我有九个 DNA 数据的“重叠群”，需要过滤以去除除唯一重叠群之外的所有数据。blat 用于比较两个数据集并输出带有这些 contig 的 .pslx 文件，该文件有效：

然后这个脚本应该删除相同的重叠群，例如前两个 (m.1)

我可以使用 Blat 邮寄 .csv 文件的内容，这些文件打印在邮件正文中

但是如果我添加 attach 或 attachi 开关，程序就会挂起

如何解决这个问题？

有没有办法可以使用 Python 从以下 BLAT 结果中获取不匹配的位置编号？

正如我们所看到的，上面的输出中有两个不匹配的地方。我们可以使用 Python 获取不匹配/突变的位置编号吗？这也是它在源代码中的显示方式。所以我对如何进行有点困惑。谢谢你。

你知道 SMTP GMAIL 的 IP 地址是什么吗（它允许你从批处理窗口发送邮件）

先感谢您

这是powershell脚本

send_report.bat 使用 blat 发送电子邮件

如何插入$asend_report.bat？我$a想要“每日报告”旁边的值

我尝试使用命令行工具 blat 将以下 HTML 页面作为电子邮件发送。

电子邮件按预期发送，但图像未加载到电子邮件中。电子邮件内容如下所示：

我曾尝试在源路径之前使用“cid”，但在这种情况下，网页本身不会加载图像，因为路径解析不正确。

使用的 Blat 命令：blat "D:\reports\mail_send_2.html" -t example@domain.com -s "email subject" -embed "D:\reports\image1.png" -embed "D:\reports\image2.png" -embed "D:\reports\image3.png" -html

有人可以帮我吗？谢谢 ！

我不知道批处理文件是否是解决此问题的正确方法，但我将描述我需要做的事情以及到目前为止我所做的事情。

我使用触发 Robocopy 的批处理文件，然后使用 Blat 将每日文件复制任务的日志文件发送到目标地址。无论复制成功还是失败，我都不想每天发送日志文件，我只想在日志中出现故障时发送日志文件。

下面是我现有批次的一个示例。请注意，我不是程序员，对脚本只有初步的了解。

我想在 Robocopy 行和将读取日志文件的 Blat 行之间添加一些内容，如果它在 FAILED 列中检测到大于零的值，那么继续将日志文件发送到我的电子邮件地址，否则退出批处理而不运行布拉特。

（编辑）

好的，我用一个简单的解决方案解决了我的问题。我可能以最复杂的方式接近它。每当出现问题时，Robocopy 都会在其日志文件中提供详细的错误描述。我所要做的就是获取 bat 文件来解析日志文件中的单词“ERROR”，一切都很好。这个解决方案撒了一张大网，我不是在这里寻找任何技巧，所以一个 IF ELSE 命令就可以了。