问题标签 [arviz]

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pymc3 - 模块“pymc3”没有属性“traceplot”错误

我正在尝试生成我的模型的跟踪图,但它显示module 'pymc3' has no attribute 'traceplot'错误。我的代码是:

然后给出以下错误:

我在windows10上,我用pip下载了pymc3,因为它不包含在我下载的anaconda中。

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python - 从具有 2 个预测变量的分层模型中绘制多个散点图

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python - 在 Python 和 PyMC3 中绘制多开关点

我正在尝试在 python、pymc3 和 matplotlib 中绘制多开关点后验分布,但是图形输出看起来与后验分布不同,谁能告诉我我做错了什么,好吗?

我的情节代码如下

总结结果

后验分布在这里

阴谋

用上面的代码绘制的图表在这里

该图看起来与后验分布相差甚远,谁能告诉我我在这里做错了什么?

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python - 如何将后验图上的最高密度区间 (HDI) 结果从百分比重新格式化为浮点数

我进行了贝叶斯均值差检验,得到了参数估计的后验图。我将 HDI 概率调整为 0.995;但是,Arviz 的 plot_posterior 函数在绘图上显示时会将概率值四舍五入为 100%,如下图所示。我需要该图显示 99.5%,这是可信区间的确切值。尽管“round_to”参数允许控制浮点数的格式,但它并没有调整 HDI 百分比。
在此处输入图像描述

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python - 使用 arviz 汇总数组中单个参数的后验

我正在使用 python 中的 pyMC3 库估计模型。在我的“真实”模型中,有四个参数数组,其中两个有超过 170,000 个参数。总结这组参数在我的计算机上的计算量太大。我一直试图弄清楚 arviz 中的汇总函数是否允许我仅汇总数组中的一个(或少数)参数。下面是一个存在相同问题的代表,尽管模型要简单得多。在下面的线性回归模型中,参数数组b中包含三个参数b[0], b[1], b[2]. 我想知道如何仅获取或仅获取单个参数的摘要b[0]b[1]例如b[0].

看起来函数的coords参数summary()可以做到这一点,但是在谷歌搜索并找到一些例子之后,比如这里的那个,plot_posterior()而不是summary(),我无法得到一些工作。特别是,我尝试了以下操作,希望它能返回b[0]and的摘要b[1]

或返回摘要b[0]

我怀疑我错过了一些简单的东西(我是一个偶尔涉足 Python 的 R 用户)。任何帮助是极大的赞赏。

(顺便说一句,我使用的是 Python 3.8.0、pyMC3 3.9.3、arviz 0.10.0)

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pymc3 - 每个数据点的均值变化

我有以下模型。

它正在为名称Y_obs[i]z[i]. 我知道我不能更改对变量使用相同的名称,但我不知道如何更改Y_obs[i]每次迭代的速率。在稍后阶段,我还将使用 if-else 条件更改费率。如何为每个数据点定义不同的平均值?

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python - 关于 pymc3、arviz 和 theano 包的稳定版本是什么?

我正在使用带有 python 版本 3.8.5 的 Spyder IDE,我使用的是 pymc3(不记得确切的版本),它工作正常,在升级 scipy、spyder 和 python 之后,一切都变得混乱了。我花了最后两天试图解决这个问题,每次我安装 pymc3 并运行程序时,要么我得到关于 theano 和 cxx__flag 的错误,要么是没有 geweke 属性的 arviz,或者它得到一个关于“情节”的错误'。

有人能告诉我什么是用于 pymc3、arviz、theano 和 theano-pymc 的稳定版本吗?

编辑1:

好吧,我设法通过在 spyder IDE 中将 python 升级到 3.8.10 来让它工作,然后我在 anaconda 终端中使用以下行卸载并重新安装了 pymc3 theano 和 arviz。

conda install -c conda-forge pymc3

但是,现在我在运行我的代码时收到此错误:

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python - 在 pymc3 中拟合非对称高斯参数

我正在尝试将非对称高斯拟合到我的数据中。我的数据只是一个名为 wave (x) 的 numpy 数组和一个名为 spec (y) 的 numpy 数组,看起来像一个非对称高斯。

这是带有拟合曲线拟合的不对称高斯数据的图像(这也有一个连续体,但这现在并不重要。

这是功能:

我正在使用此代码来拟合参数:

但是我在 theano.tensor 模块中收到错误“变量不支持布尔运算”。我应该如何定义函数以适应参数?有更好的方法来做到这一点吗?谢谢!!

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python - Arviz Compare() 得到了一个意外的关键字参数“var_name”

我正在使用 Arviz 检查两个模型的 LOO 和 WAIC。但是,当我编写这样的代码时:

将出现标题中提到的错误消息。我应该如何处理?

其次,我查看了arviz.loo和arviz.waic的源码,发现arviz.loo计算的是elpd_loo,但是arviz.waic计算的是真实的WAIC,即elpd_waic减去方差。我对吗?

谢谢!

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python - 从 ArviZ 的 `from_pymc3` 得到 `AttributeError`

我正在通过书学习贝叶斯推理Bayesian Analysis with Python。但是,在使用时plot_ppc,我得到AttributeError了警告

/usr/local/Caskroom/miniconda/base/envs/kaggle/lib/python3.9/site-packages/pymc3/sampling.py:1689:用户警告:样本参数小于nchains乘以ndraws,一些平局和/或链可能不会在返回的后验预测样本中表示 warnings.warn(

模型是

如果我使用以下代码

我得到“数据集”对象没有属性“报告”。

如果我使用以下代码

我得到了 AttributeError: 'InferenceData' 对象没有属性 'report'。

ArviZ 版本:0.11.2 PyMC3 版本:3.11.2 Aesara/Theano 版本:1.1.2 Python 版本:3.9.6 操作系统:MacOS Big Sur 你是如何安装 PyMC3 的:conda