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我使用sem包进行分析。为了绘制路径图，我使用pathDiagram函数 insem来获取代码，然后使用它Graphviz来获取图表。我有两个问题：

library(sem)

R.DHP <- readMoments(diag=FALSE, names=c('ROccAsp', 'REdAsp', 'FOccAsp', 
                'FEdAsp', 'RParAsp', 'RIQ', 'RSES', 'FSES', 'FIQ', 'FParAsp'))
    .6247                                                              
    .3269  .3669                                                        
    .4216  .3275  .6404                                      
    .2137  .2742  .1124  .0839                                
    .4105  .4043  .2903  .2598  .1839                          
    .3240  .4047  .3054  .2786  .0489  .2220                    
    .2930  .2407  .4105  .3607  .0186  .1861  .2707              
    .2995  .2863  .5191  .5007  .0782  .3355  .2302  .2950        
    .0760  .0702  .2784  .1988  .1147  .1021  .0931 -.0438  .2087  

model.dhp <- specifyModel()
    RParAsp  -> RGenAsp, gam11,  NA
    RIQ      -> RGenAsp, gam12,  NA
    RSES     -> RGenAsp, gam13,  NA
    FSES     -> RGenAsp, gam14,  NA
    RSES     -> FGenAsp, gam23,  NA
    FSES     -> FGenAsp, gam24,  NA
    FIQ      -> FGenAsp, gam25,  NA
    FParAsp  -> FGenAsp, gam26,  NA
    FGenAsp  -> RGenAsp, beta12, NA
    RGenAsp  -> FGenAsp, beta21, NA
    RGenAsp  -> ROccAsp,  NA,       1
    RGenAsp  -> REdAsp,  lam21,  NA
    FGenAsp  -> FOccAsp,  NA,       1
    FGenAsp  -> FEdAsp,  lam42,  NA
    RGenAsp <-> RGenAsp, ps11,   NA
    FGenAsp <-> FGenAsp, ps22,   NA
    RGenAsp <-> FGenAsp, ps12,   NA
    ROccAsp <-> ROccAsp, theta1, NA
    REdAsp  <-> REdAsp,  theta2, NA
    FOccAsp <-> FOccAsp, theta3, NA
    FEdAsp  <-> FEdAsp,  theta4, NA



sem.dhp <- sem(model.dhp, R.DHP, 329,
    fixed.x=c('RParAsp', 'RIQ', 'RSES', 'FSES', 'FIQ', 'FParAsp'))



pathDiagram(sem.dhp, min.rank='RIQ, RSES, RParAsp, FParAsp, FSES, FIQ', 
    max.rank='ROccAsp, REdAsp, FEdAsp, FOccAsp')
  1. 如何R使用该pathDiagram功能直接绘制路径图？
  2. 如何在Rnw文件中包含图表Sweave？
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1 回答 1

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您只需要指定一个文件名（不带扩展名！），请参阅file=参数。如文档中所述，它将生成一个.dotPDF 文件（但output.type="dot"如果您只想要 graphviz 输出，请设置）。

在调用上述命令后，我将在 Sweave 文件中使用一个简单\includegraphics的命令。（如果您不在与主.Rnw文件相同的目录中生成 SEM 图，您可能需要调整路径以找到图形。）

更新

pathDiagram鉴于您的评论，是的，从函数调用 ( ) 中运行外部程序似乎存在问题。所以这是一个不太优雅的解决方案来生成路径图并将其包含在您的 Sweave->TeX 文档中。

这是 Sweave 文件 ( sw.rnw)：

\documentclass{article}
\usepackage{graphicx}
\begin{document}
<<echo=TRUE>>=
library(sem)
R.DHP <- readMoments("sem.cov", diag=FALSE, 
                     names=c('ROccAsp', 'REdAsp', 'FOccAsp', 
                       'FEdAsp', 'RParAsp', 'RIQ', 'RSES',  
                       'FSES', 'FIQ', 'FParAsp'))
model.dhp <- specifyModel(file="sem.mod")
sem.dhp <- sem(model.dhp, R.DHP, 329,
               fixed.x=c('RParAsp', 'RIQ', 'RSES', 'FSES', 'FIQ', 'FParAsp'))            
capture.output(pathDiagram(sem.dhp, min.rank='RIQ, RSES, RParAsp, FParAsp, FSES, FIQ', 
            max.rank='ROccAsp, REdAsp, FEdAsp, FOccAsp'), file="sem.dot")
@
<<echo=FALSE>>=
system("dot -Tpdf -o fig1.pdf  sem.dot")
@

And here is the path diagram.

\begin{center}
\includegraphics{fig1}
\end{center}

\end{document}

文件sem.cov和sem.mod包含在上述示例中手动输入的协方差矩阵和结构模型（在纯文本文件中简单复制/粘贴）。我不是很乐意使用capture.output()，因为我找不到从块中屏蔽它的调用的方法。也许您会找到一种更好的方法来做到这一点（想法是使用system()，并且可以很容易地echo=FALSE在块参数中被掩盖）。

我碰巧将上面的文件编译如下：

$ R CMD Sweave sw.rnw
$ R CMD texi2pdf sw.tex

在此处输入图像描述

于 2011-12-21T18:16:12.297 回答