perl - 如何解决 Circos SVG 放置文本不正确的问题？

Question

我有以下Circos图，我将其渲染为 SVG 文件，然后转换为 PNG，以进行说明：

环绕外缘的文本标签从 12 点钟到 9 点钟方向正确，朝外，远离灰色弧线。

在 9 到 12 之间，文本标签向内，与灰色弧线重叠。这不是预期的。

这是一个特写，以澄清问题：

如果我从 Circos 输出 PNG 而不是 SVG，则标签会正确绘制，但是我无法在 Adob​​e Illustrator 或 Inkscape 中标记矢量格式的 SVG 图。所以我需要 SVG 输出。

circos.conf这是与添加标签相关的文件片段：

<image>
dir = /tmp
file = circos.png
png = yes
radius = 3000p
background = white
angle_offset = -176
</image>

...

<plots>
<plot>
type                           = text
color                          = black
file                           = factorList.txt
r0                             = 1r
r1                             = 1r+200p
label_size                     = 12p
label_font                     = condensedbold
padding                        = 0p
rpadding                       = 0p
label_snuggle                  = yes
max_snuggle_distance           = 1r
snuggle_sampling               = 2
snuggle_tolerance              = 0.25r
snuggle_link_overlap_test      = yes 
snuggle_link_overlap_tolerance = 2p
snuggle_refine                 = yes
</plot>
</plots>

我不确定我可以应用哪些其他选项来尝试解决此问题。我的问题是：我应该在这个或另一个配置文件中尝试什么来修复 SVG 输出？谢谢你的建议。

Answer 1

也许你可以试试这个选项：

label_rotate = no

我认为上面的布局是由 snuggle 选项引起的，还要检查你的 conf 文件并确保 plot(type=text) 的所有“r0”和“r1”都大于 1r。

这是 circos 课程示例