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我正在为一组物种生成生态位模型，我想使用 AUC 作为生态位质量的指标。开发 Maxent 的 Steven Phillips 在他的 Maxent 手册中提供了用于计算 R 中的 AUC 的代码。但是，我正在阅读将部分 AUC 比率报告为更稳健且概念上合理的指标的论文。我想我了解如何使用 ROCR R 包计算部分 AUC，但是如何计算 AUC 比率？

这是 Phillips 的教程脚本：

presence<-read.csv("bradypus_variegatus_samplePredictions.csv")
background<-read.csv("bradypus_variegatus_backgroundPredictions.csv")
pp<-presence$Logistic.prediction
testpp<-pp[presence$Test.or.train=="test"]
trainpp<-pp[presence$Test.or.train=="train"]
bb<-background$logistic

combined<-c(testpp,bb)
label<-c(rep(1,length(testpp)),rep(0,length(bb)))
pred<-prediction(combined,label)
perf<-performance(pred,"tpr","fpr")
plot(perf,colorize=TRUE)
performance(pred,"auc")@y.values[[1]] #RETURNS AUC

AUC<-function(p,ind){
    pres<-p[ind]
    combined<-c(pres,bb)
    label<-c(rep(1,length(pres)),rep(0,length(bb)))
    predic<-prediction(combined,label)
    return(performance(predic,'auc')@y.values[[1]])
}

b1<-boot(testpp,AUC,100) #RETURNS AUC WITH STANDARD ERROR
b1

任何意见或建议将不胜感激！谢谢你。

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2 回答 2

2

在不知道您的数据集和应用程序的细节的情况下，

  • 部分 AUC：仅曲线一部分下方的面积。（通常选择它是因为它更健壮或更理想，就像你说的那样）
  • AUC 比率：一种 AUC 与另一种 AUC 的比率。（通常是某种参考）

苏...

  • 部分AUC比率：一个部分AUC与另一个的比率。
于 2011-10-19T04:03:06.457 回答
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包 ROCR 可以使用fpr.stop=参数计算部分 AUC 值。正如约翰所说，该比率就是这个值除以您的参考模型的相同计算。

于 2011-10-19T07:06:08.187 回答