生物信息学工作的最佳操作系统选择是什么？大多数工具是用于 64 位 Windows、Linux/Unix 还是 OS X？
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对于 bioinfo，Linux 很好，但您可能需要一些软件来进行数据分析。例如，在我的例子中，我必须改进通过 adobe illustrator 脚本生成的矢量图形图像。在那种情况下，一个完整的 linux 设置对我来说是不利的。
对于服务器和运行程序（主要是 perl 脚本，因为 bioinfo 社区喜欢 perl），我强烈支持 Linux。任何其他 Unix 要么已经过时，要么很快就会过时。
因此，我的建议是在服务器上安装 Linux，在您的笔记本电脑上安装另一个 Unix，以便具有更好的兼容性。由于唯一适合桌面的 Unix 解决方案是 MacOSX，这就是您问题的答案。
于 2009-04-22T16:12:15.713 回答
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一个加载的问题......生物信息学分析的范围可以从仅使用现有软件到开发您自己的软件。因此，取决于您想要完成的任务将导致不同的答案。但是，Linux 可能是您最好的选择，因为大多数生物信息学软件都需要从源代码编译，并且很可能是在 Linux 兼容平台上开发的。我当前的设置是在VirtualBox中运行 Linux 的 Windows 操作系统。通过这种方式，我获得了良好的硬件支持（Linux 仍然有些缺乏）以及使用我研究所需的大量软件程序的能力。
于 2009-04-22T16:03:25.487 回答
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生物信息学是一个仍然严重依赖文本文件处理的领域，为此 Linux 提供了许多核心实用程序。一些必备工具是cat、sed、cut、paste、grep，当然还有预装的 perl 和 python 解释器。此外，像 R（用于统计计算）这样的软件在 Linux 中没有内存限制（而在 Windows 中，出于安全原因，它被限制为可用 RAM 的百分比）。
于 2009-11-12T10:38:45.913 回答
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最近我注意到 MacBook 发生了重大转变。在最近的会议上，MacBooks 已经超过了 linux 或 windows 笔记本电脑。mac 笔记本电脑的优点是，如果碰巧某些软件包不可用，您可以使用 fink 或类似工具在 shell 中完成笔记本电脑上的所有 linux 工作。而且您实际上可以使用笔记本电脑来做其他非核心工作。Windows 应用程序使用 Parallels 或 VMFusion - 加上统一等功能，您无需运行完整的 Windows VM。
在桌面端，我可能仍然会推荐 linux。这是因为如果您开发任何类型的服务器基础架构，那么部署环境也总是 linux。服务器上的红帽在学术环境中很受欢迎。但是，这并不像以前那么重要，而且我也看到了很多基于 Mac 的桌面。我还注意到只使用笔记本电脑进行开发的人数有所增加。
几乎所有生物信息学软件都可用于 linux（因此通常适用于 Mac）。我还没有找到适用于 linux 的生物信息学程序——它几乎都是开源的。Mac 的主要优势是用于演示文稿和 Illustrator 等程序的卓越软件。Mac 上也很好地支持 LaTeX 来编写手稿，而 Word 可以原生地与非极客共享文档。
像 perl 和 python（生物信息学的通用语言）这样的脚本语言在 mac 上得到了很好的支持——应该记住，linux 有很多版本。相同的脚本可能需要一些工作才能在不同版本的 linux 上运行。
于 2009-09-08T09:32:59.783 回答
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由于该领域的许多参与者都是大学，而且许多大学都使用 Linux，所以这是我的猜测。我知道我获得硕士学位的学校的生物信息学系使用 Linux。
于 2009-04-21T17:31:56.640 回答
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如果您使用像 Ubuntu 这样的流行 Linux 发行版，您将首先加载 Perl 和（我相信）Python。这些是用于生物信息学的流行语言，并且有一些不错的库（Bioperl/biopython/CPAN/等）。
另外，我没有使用过它，但DNALinux是为这类事情而设计的。
于 2009-04-21T17:33:17.743 回答
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生物实验室的大多数学生和博士后都使用 Mac 和 OS/X。它是主要的平台。通常，生物信息学类型更倾向于comp sci，但它们仍然必须与生物学家和生物工程师互动，他们通常不太喜欢comp sci。计算在生物信息学会议上运行哪个操作系统的笔记本电脑的数量，并且最受欢迎的是 OS/X。许多生物信息学工具是用 Perl 或 Java 编写的，Python 变得越来越流行。因为这些是面向 POSIX 的语言，具有为 POSIX 操作系统编写的大量 3rd 方库，所以选择 Windows 将不是一个很好的选择。但是：大多数用于仪器控制的商业应用程序（例如生物机器人）主要是为 Windows 编写的，
于 2011-07-13T23:09:40.390 回答
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Unix 系统在科学界很流行，所以我建议使用 Linux，特别是如果你打算使用 FORTRAN。您可以尝试 Windows，但 Windows API 并不完全适合程序员，而 C#（虽然对于大多数应用程序来说非常快）对于科学计算来说可能太慢了。F# 对科学来说真的很棒，但我不确定它是否足够快以进行复杂的计算。
我想您也可以使用 C++、STL 以及一些独立于平台的 GUI 工具包，例如 Qt 或 wxWidgets。这样，您就不必担心平台（那么多）。
于 2009-04-21T17:30:45.707 回答
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虽然可能不是“最好的”操作系统，但那里有大量的 Windows 软件。在 Pharma 工作时，我见过 SAS、SPlus、StatXact、NQuery 等。
也就是说，越来越多的人转向 Linux。例如，R 编程可用于多个操作系统。我怀疑由于最终用户熟悉系统，渗透速度较慢。
于 2009-04-22T15:41:05.990 回答
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看看Linux！！它不仅是一个操作系统，而且是一个由一群人生产和维护的软件项目，包括所有部分（从内核到各种程序）。
如果您长期使用 Linux（一两年），您将学习如何生活并为社区做出贡献，这对科学家来说非常有用。
从技术角度来看，Linux 是 Unix 系统的免费克隆，这意味着它有很好的支持在命令行（bash）下工作，以及许多管理平面文件的工具（sed、awk , grep)，这将使您能够对文本文件执行操作，而无需直接打开它们。此外，它还有很好的工具，可以让您管理系统中安装的程序，并通过单击下载和安装新程序。它可能缺少一些高级专有程序，但另一方面，您有很多免费工具和良好的文档。
我已经使用 Linux 4 年了，我一点也不怀念其他操作系统。
于 2009-07-23T17:29:03.343 回答
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Mac OS X，您可以在虚拟机中安装 Windows，并且是 Unix。然后是 Linux 的所有优点（带有“端口”一个包管理程序）。
只是我的 0.02 美元。
于 2009-04-22T15:48:57.143 回答
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在生物信息学和类似领域，您可以在工具集中进行选择，这些工具集通常涉及多个主机/来宾/目标操作系统。您使用的操作系统主要取决于您在哪里/如何工作。
我曾在许多不同的工作环境中工作过，从纯 Linux 到“纯”Windows (hel-lo Cygwin)。我从未在 Mac OS X 中工作过，但也知道那些专门从事此工作的人。
如果您要开发广泛分布的 FOSS 应用程序，那么Linux、ANSI C、Perl/Python、Apache/MySQL（即 LAMP 堆栈）是您的最佳选择。此外，Windows 也有类似的“WAMP”堆栈，使用 Cygwin 有人可以编译和使用在 Linux 中开发的许多工具。据我所知，许多 Linux 应用程序也可以在 Mac OS X 上构建/运行。
对于数据分析/可视化，流行的商业甚至许多 OSS 工具在Windows中运行，无论是原生版本还是 Java 版本。因此，最好的设置可能是本机 Windows XP 机器和对 Linux 的真实/虚拟实例的 [xhosted] 访问。
于 2009-04-27T12:00:06.157 回答
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Windows 是一个不错的选择，您可能需要大量非常标准的应用程序，例如 AnnHyb、MeltSim、Base Pad 和 Winblast。
于 2009-04-27T12:33:27.963 回答
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我在大学学习了生物信息学课程，我们在 Windows、Linux、Solaris 和一些基于 Web 的工具上使用了各种工具。
我认为简短的回答是您需要访问上述任何内容。虽然你应该能够应付 windows 或 linux。它只是限制您使用该平台上可用的工具。
根据我的经验（这是粗略的），生物信息学工具通常是用 perl 或 java 编写的，我认为最近是 Python，所以这主要是平台无关的。
有一些工具将用 c 编写，因此要使用它们，您需要拥有它为可用的任何平台，或者为您选择的任何平台找到一个构建。
于 2009-10-07T11:12:14.400 回答