protein-database - pdb 蛋白质库格式 - 去除配体

Question

我想从 PDB 记录中删除各种配体。删除 HET、HETNAM、HETATM.... 是否就足够了，即。那些，化合物在哪里用它的 3letter 代码标识，或者是否有必要清理其他一些字段？

是否已经为此目的编写了任何 python|perl 脚本？

Answer 1

open(FILE,"file.pdb");
@file=<FILE>;
foreach (@file){
if (/^HETATM/){
print $_,"\n";
}}

这会分离出配体。删除配体，保持不等于正则表达式的前面。