如何将树（这是我的 Java 程序的输出）转换为 R 中的树状图？
目前，我正在使用此处给出的建议将树转换为 Newick 格式。然后我使用apeR 中的包来读取 Newick 格式的树：
library("ape")
cPhylo <- read.tree(file = "gc.tree")
最后，我as.hclust在 R 中使用将树转换为树状图：
dendrogram <- as.hclust(gcPhylo)
但是，树状图需要分支长度。尽管我插入了分支长度，但我收到一条错误消息，指出树不是超度量的：
as.hclust.phylo(gcPhylo) 中的错误：树不是超度量的
我想我在插入分支长度时做错了。
我还有其他方法可以遵循吗？或者如何在将树转换为 Newick 格式时插入分支长度？相等的分支长度会很好。
这是一个古老的问题，但到目前为止还没有足够的答案。由于我遇到了同样的问题，而且我的 googlefoo 在找到答案时遇到了问题，所以你去：
library("ape")
cPhylo <- read.tree(file = "gc.tree")
dendrogram <- chronos(cPhylo)
这是一个老问题，但所有先前的答案都要求在转换为树状图对象之前将树进行超度量。
您可以使用DECIPHER包从 Newick 格式的文件中读取树状图对象：
dend <- ReadDendrogram(path_to_newick_file)
我认为问题实际上在于您的“gc.tree”不是超度量。确保从根部到每个尖端的距离相同。以下代码有效：
library('ape')
tree <- read.tree(text='(((A:4.2,B:4.2):3.1,C:7.3):6.3,D:13.6);')
is.ultrametric(tree)
is.binary.tree(tree)
is.rooted(tree)
hc <- as.hclust.phylo(tree)
但使树非超测量（注意 D 的分支长度）：
tree <- read.tree(text='(((A:4.2,B:4.2):3.1,C:7.3):6.3,D:15);')
并且 as.hclust.phylo 会引发错误。