python - 如何从 3D NIfti 卷中获取 2D 切片？

Question

我目前正在使用以下代码将 DCM 切片转换为 NIfti 图像：

import dicom2nifti
import os

dicom2nifti.convert_directory("input_path", "output_path", compression=True, reorient=True)

此代码将生成 3D NIfti 体积。

如何从这个 3D NIfti 卷中获取所有切片？

Answer 1

使用包nibabel。一个简单的工作示例将您的 NIfTI 文件打开为 numpy 3D 矩阵，可用于您的处理需求：

import nibabel as nib
import numpy as np
import matplotlib.plot as plt


my_nifti = nib.load('YOURNIFTIFILE.nii').get_fdata()

# get the shape of your NIfTI
my_nifti.shape

# access it as 3D numpy array
nifti_slice = my_nifti[:,:,59]

# display the slice
plt.imshow(nifti_slice)
plt.show()