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我正在尝试在 hpc 环境中运行此脚本，目的是将环境中可用的所有模块写入文本文件。使用的模块系统是 lmod。

该脚本对于我尝试过的任何常规 bash 命令（例如echoor ）都按预期工作ls，但是当我尝试使用如下所示的任何模块命令时，我将结果输出到我的终端并且没有写入文本文件。

我曾尝试使用 os 模块，os.popen但stream.read()遇到了同样的问题。

#!/usr/bin/python

import subprocess

def shell_cmd(command):
    """Executes the given command within terminal and returns the output as a string

    :param command: the command that will be executed in the shell
    :type command: str

    :return: the output of the command
    :rtype: str
    """
    process = subprocess.run([command], stdout=subprocess.PIPE, shell=True, universal_newlines=True)
    
    return process
    



#runs command
cmd = 'module avail'
out = shell_cmd(cmd)
output = out.stdout

# write output to text file
with open('output.txt', 'w+') as file:
    file.write(output)
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1 回答 1

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Lmod（和环境模块）将它们的输出发送到 STDERR，而不是 STDOUT，所以我认为您应该将脚本修改为：

#!/usr/bin/env python

import subprocess

def shell_cmd(command):
    """Executes the given command within terminal and returns the output as a string

    :param command: the command that will be executed in the shell
    :type command: str

    :return: the output of the command
    :rtype: str
    """
    process = subprocess.run([command], stderr=subprocess.PIPE, shell=True, universal_newlines=True)
    
    return process
    



#runs command
cmd = 'module avail'
out = shell_cmd(cmd)
output = out.stderr

# write output to text file
with open('output.txt', 'w+') as file:
    file.write(output)

它应该工作（它在我测试的系统上工作）。

于 2022-02-04T16:45:46.420 回答