variant - 使用等位基因特定注释运行 gatk HaplotypeCaller 时出错

Question

我已经让 HaplotypeCaller 在标准模式下运行良好，如下所示：

# Run haplotypcaller
gatk --java-options "-Xmx4g" HaplotypeCaller \
      --intervals "$INTERVALS" \
      -R "$REF" \
      -I "$OUT"/results/alignment/${SN}_sorted_marked_recalibrated.bam \
      -O "$OUT"/results/variants/${SN}_g.vcf.gz \
      -ERC GVCF

但是当我在等位基因特定模式下尝试时，我收到以下错误。我所做的只是在最后添加 -G 注释，如此处所建议的。

# Haplytype caller with allele-specific annotations
gatk --java-options "-Xmx4g" HaplotypeCaller \
      --intervals "$INTERVALS" \
      -R "$REF" \
      -I "$OUT"/results/alignment/${SN}_sorted_marked_recalibrated.bam \
      -O "$OUT"/results/variants/${SN}_g.vcf.gz \
      -ERC GVCF \
      -G Standard \
      -G AS_Standard

这是错误：

***********************************************************************

A USER ERROR has occurred: Unrecognized annotation group name: Standard

***********************************************************************