python - RDKit 的分子指纹：Fingerprints.FingerprintMols 和 Chem.RDKFingerprint 有什么区别？

Question

谁能告诉我什么时候应该使用FingerprintMols.FingerprintMol而不是Chem.RDKFingerprint制作分子指纹？这是两个选项：

fps = [FingerprintMols.FingerprintMol(x, minPath=1, maxPath=7, fpSize=2048,
                               bitsPerHash=2, useHs=True, tgtDensity=0.0,
                               minSize=128, fingerprinter=Chem.RDKFingerprint) for x in ms]


fps = [Chem.RDKFingerprint(x, ) for x in ms]

FingerprintMols.FingerprintMol更有效率吗？

Answer 1

我不太确定您对更高效的定义是什么？但准确地说，FingerprintMol是一个小包装器，最多是为了处理 Java 和 PostgreSQL 而实现的。您可以从文档中看到它：utility functionality for fingerprinting sets of molecules includes a command line app for working with fingerprints and databases