0

我正在尝试使用 ggbio 包中的 geom_alignment 来绘制一段基因，并且我想在每个基因下显示标签。geom_alignment 的文档说这是通过指定 label = TRUE 并在 names.expr 中提供标签向量来完成的。问题是它似乎不起作用，并且它没有抛出任何可能包含线索的错误消息。

  gr <- GRanges(seqnames="test",
      IRanges(start=c(10,40,60),
      end=c(25,55,70),
      names=c("A","B","C"),
      group = "groupA")
    )

ggplot(gr) + geom_alignment(aes(fill=group,col=group), gap.geom = "segment", label = TRUE,names.expr = names(gr))

在此处输入图像描述

所以它完全按照预期绘制了段，但没有标注。我在这里错过了什么吗？

有一个与此类似的较早问题： Adding Labels to Individual Genes with ggbio and ggplot2

那里建议的答案涉及在绘图之前将 Granges 对象拆分到 group 变量上，但是我需要将 Granges 对象的各个部分保持在一起，无论如何，这个修复似乎没有按建议工作。

这是我的会话信息：

R version 4.1.2 (2021-11-01)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 20.04.3 LTS

Matrix products: default
BLAS:   /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.9.0
LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.9.0

Random number generation:
 RNG:     Mersenne-Twister 
 Normal:  Inversion 
 Sample:  Rounding 
 
locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8    LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats4    stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
 [1] ggbio_1.42.0         stringr_1.4.0        gplots_3.1.1         rtracklayer_1.54.0   ggplot2_3.3.5       
 [6] GenomicRanges_1.46.1 GenomeInfoDb_1.30.0  IRanges_2.28.0       S4Vectors_0.32.3     BiocGenerics_0.40.0 
[11] dplyr_1.0.7          readr_2.1.0          vcfR_1.12.0          ballgown_2.26.0
4

0 回答 0