r - 如何使用 R 中的 daisy (gower) 制作样本与特征聚类热图？

Question

我还在学习聚类方法。

我有一个混合类型的数据集：连续的、二进制的、分类的。我读过一些文章，使用“gower”是混合类型数据的一个很好的聚类距离。所以我想尝试一下并制作一个探索性的热图。

但我不知道如何制作热图，从菊花函数中采样与特征。

library(cluster)
data(agriculture)
gower_dist <- daisy(agriculture, metric = "gower")

我从中得到的gower_dist是一个相异矩阵，但是如何在样本上使用高尔距离与使用 pheatmap 的特征热图？喜欢这篇文章中的热图吗？

谢谢！

Answer 1

可以选择提供距离矩阵（请参阅?pheatmap）：

clustering_distance_rows: distance measure used in clustering rows.
          Possible values are ‘"correlation"’ for Pearson correlation
          and all the distances supported by ‘dist’, such as
          ‘"euclidean"’, etc. If the value is none of the above it is
          assumed that a distance matrix is provided.

您可以尝试以下方法：

library(cluster)
data(agriculture)
gower_samples <- as.dist(as.matrix(daisy(agriculture, metric = "gower")))
gower_features <- as.dist(as.matrix(daisy(t(agriculture), metric = "gower")))

pheatmap(agriculture,
clustering_distance_rows=gower_samples,
clustering_distance_cols=gower_features)