python - 用 Python 的 numpy 计算均方根偏差（RMSD）

Question

我将两个原子的坐标转换成一个数组：coord

而且我必须计算这两组坐标之间的均方根偏差 (RMSD)。

为此，我有：

def cal_rmsd_numpy(coord_1, coord_2):
    rmsd = np.sqrt(((coord_1 - coord_2) ** 2).mean())    ## this would be the formula
    return rmsd

rmsd = cal_rmsd_numpy(coord_1, coord_2)

print(rmsd)

但结果并没有给我正确的数字。我认为错误在公式中。有人可以帮我纠正我的错误吗？

RMSD 的公式为：

在此处输入图像描述

Answer 1

找到的解决方案：

rmsd = np.sqrt(((((coordenadas_1 - coordenadas_2)** 2))*3).mean())