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我正在使用 python mne 分析 MEG 数据。为了自动检测坏纪元，我想使用基于 scikit-learn ( http://autoreject.github.io/ ) 的 autoreject 包。

我已经创建了我的时代，并根据自动拒绝页面上给出的示例调整了代码，所以它看起来像这样：

n_interpolates = np.array([1, 4, 32])
consensus_percs = np.linspace(0, 1.0, 11)
picks = mne.pick_types(raw.info, meg='mag', stim=False, include=[], exclude=[])
ar = AutoReject(n_interpolates, consensus_percs, picks=picks,
            thresh_method='random_search', random_state=42)
epochs_clean = ar.fit_transform(epochs)

但是，如果我运行最后一行以将自动拒绝应用于我的时代，我会收到以下错误消息：

_setup_dots() missing 1 required positional argument: 'ch_type'

完整的追溯在这里：

> epochs_clean = ar.fit_transform(epochs) 105 coil definitions read Traceback (most recent call last):

  File "<ipython-input-57-ae1b953bbd77>", line 1, in <module>
    epochs_clean = ar.fit_transform(epochs)

  File "/home/xxx/.local/lib/python3.8/site-packages/autoreject/autoreject.py", line 1110, in fit_transform
    return self.fit(epochs).transform(epochs, return_log=return_log)

  File "/home/xxx/.local/lib/python3.8/site-packages/autoreject/autoreject.py", line 960, in fit
    self.dots = _compute_dots(this_info)

  File "/home/xxx/.local/lib/python3.8/site-packages/autoreject/utils.py", line 426, in _compute_dots
    int_rad, noise, lut_fun, n_fact = _setup_dots(mode, coils, 'meg')

TypeError: _setup_dots() missing 1 required positional argument: 'ch_type'
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我发现了这个问题，以防其他人为此苦苦挣扎：

显然，通过安装的 autoreject 版本$ pip install -U autoreject有一些错误（util.py 文件中的某些函数需要比 autoreject.py 中的函数提供的变量更多的变量）。

无论如何，可以按如下方式安装运行良好的更新版本：

$ pip install https://api.github.com/repos/autoreject/autoreject/zipball/master

于 2021-11-30T20:51:23.587 回答