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我正在尝试从 R Studio 中的脚本运行已编译的程序(idemp - https://github.com/yhwu/idemp)。四天前,我在 2021 年 11 月 15 日刚刚安装了最新版本的 R studio 和 R。

我按照 idemp 页面上的说明在 Windows 10 的 Ubuntu(Linux 的 Windows 子系统)中下载和编译 idemp。我可以在 idemp 的正确路径中看到文件。

R Studio 似乎没有运行任何东西。这是我正在尝试的代码:

idemp <- "C:/Users/User/Downloads/idemp-master/idemp"
system2(idemp)

RStudio 控制台没有输出。

然后我设置了参数并尝试使用参数运行,但 RStudio 控制台没有输出,并且 RStudio 控制台的右上角没有出现“运行”停止标志。

flags = paste("-b", barcode, "-I1", I1, "-R1", R1, "-R2", R2, "-o", demultiplexed_path)
system2(idemp, args = flags)

谁能建议我如何让 RStudio 运行 idemp?

我知道这system2()会起作用,因为它可以在这个脚本中使用不同的程序按预期工作。

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1 回答 1

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我最终弄清楚了我的问题。我认为system2()正在尝试运行 Windows 程序。Idemp 是一个命令行程序。
我使用以下方法使其工作:

system('bash -c idemp')
于 2022-01-05T20:26:28.577 回答